1.基因工程药物本身结构复杂，且分子质量越大，分子的稳定性越差　微球或微囊制备过程中，水、pH、有机溶剂、温度对基因工程药物的活性都有较大影响。多数基因工程药物在体内半衰期很短，体液中易降解，还易形成聚集体或吸附在容器表面而降低活性，以上问题可以通过衍生化方法得到稳定性高的分子，或加入适当的稳定剂，如人血白蛋白等方法予以解决。微球的释药主要有以下几种方式：①从聚合物表面释放；②从聚合物微球的膜孔扩散；③聚合物降解或溶蚀（erosion）后释药。大多数释药过程是上述多种方式的结合。微球的释药常存在双相（biphase）现象。第一相中镶嵌或松散结合在微球表面的药物分子快速释放，造成突释效应（burst effect），接下来为释药相对缓慢的稳定期，第二相释药从聚合物降解至分子质量小到某一阈值时才开始，此时微球骨架松散，水分大量渗入，释药速度加快。这种释药模式对疫苗类基因工程药物是十分有益的，可以省去第二次给予加强剂量的麻烦，但对多数药物而言，常发生突释比较严重，后期释放不完全的问题，应当设法消除或尽量避免。

2.给药模式设计较难　基因工程药物与化学合成药物在给药模式上有很大不同。以促黄体素释放素（LHRH）为例，该药间歇脉冲式（90分/次）小剂量给药的药理作用，与持续大剂量给药正好相反。当外源性LHRH或其类似物以生理脉冲频率（90/次）短期、小剂量给药时，对垂体-性腺系统起促进作用，临床用于治疗性功能低下、不排卵、青春期延缓等症状；而以非生理脉冲频率长期、大剂量给药时，可抑制垂体分泌黄体生成素（LH）和促卵泡激素（FSH），导致性腺分泌激素能力下降，性器官萎缩，临床用于治疗一些激素依赖性疾病，如前列腺癌、子宫肌瘤、乳腺癌、子宫内膜异位及青春期性早熟等。所以应根据临床治疗的不同需要制备不同剂量规格的制剂。

3.基因工程药物制剂体内、外检测的准确度与精密度难以测定　生物分析法灵敏度高但无特异性；免疫法特异性虽高，但只能检测出具有免疫活性的分子，不能测出不具有免疫活性但仍具有生物活性的分子，因此各分析方法对于微球或微囊中基因工程药物的检测各有优缺点，相关性差。

4.体内、外给药模型建立困难　由于基因工程药物稳定性差，在研制和生产其长效制剂时，体外给药模型的建立是一个棘手的问题，体内酶等多因素的影响使得检测其体内药代动力学就更为困难。

5.基因工程药物制备工艺条件苛刻，大规模生产重现性差，难以适应工业化生产的要求。