Bal.31核酸酶分离自海洋细菌埃氏替单胞菌（ Altreromonas espejiana），具有单链特异性的核酸内切酶活性，也具有双链特异性核酸外切酶活性。其可控制的3'-5'外切酶可产生3'端呈梯度切除的一系列DNA分子；此外该酶还具有核糖核酸酶活性，可催化核糖体和tRNA的降解，但不具双链特异的核酸外切酶活性。

S1核酸酶（S1 nuclease）是一种对单链高度特异的核酸内切酶，可催化RNA和单链DNA分子降解成为5'单核苷酸，也能作用于双链核酸分子的单链区，于此处切断核酸分子，单链区可小至仅有一个碱基。该酶在分子生物学中的主要用途是给RNA分子定位；也可用于检测核酸杂交程度、双链DNA二级结构差异，削平限制性内切酶切割产生的黏末端；还可以打开双链cDNA合成过程形成的发夹结构。

绿豆核酸酶（mung bean nuclease）来源于绿豆芽，降解单链DNA或RNA，产生带5'磷酸基的产物，在高浓度下也能自两端降解双链DNA，用于去除DNA突出末端。

核糖核酸酶（ribonuclease RNase）是水解核糖-磷酸主链中磷酸二酯键而降解核糖核酸的酶类。一些RNA酶只作用特异结构部位，如发夹、嘌呤碱基或嘧啶碱基，从而产生特异的RNA片段。RNA酶A来源于牛胰，为内切核糖核酸酶，作用于RNA嘧啶核苷酸的3'端磷酸，并切割磷酸二酯键；RNA酶T1分离自米曲霉，它特异作用于鸟苷酸3'端磷酸，并切割与相邻核苷酸相连的磷酸二酯键。这类酶在提取质粒DNA时用于除去RNA；从DNA-RNA杂交链中除去未杂交的RNA。

脱氧核糖核酸酶Ⅰ（DNaseⅠ）为内切核酸酶，优先作用于嘧啶核苷酸位置酶切单链或双链DNA，主要用于缺口平移法标记DNA、对蛋白-DNA复合物进行足迹法分析等。

核酸外切酶（exonuclease）是一类从线性DNA分子一端向另一端连续切割的酶，包括5'-3'外切酶和3'-5'外切酶，它们分别从5'端向3'端切割或者从3'端向5'端切割，每次只切去一个核苷酸，也可以类似方式切割RNA。

核酸外切酶Ⅲnew能专一从双链DNA3'端去除核苷酸，该酶有多种活性，对无嘌呤DNA特异的核酸内切酶活性、3'磷酸酶活性、3'核酸外切酶活性、RNase H活性。该酶可催化双链DNA从3'-OH端逐一释放5'单核苷酸。主要用于：在以Klenow酶制备特异探针时，通过其3'-5'外切酶活性使双链DNA产生单链区，作为标记的底物制备单向缺失DNA分子进行平末端连接克隆；在定点诱变时，用于特异降解模板链，提高突变率。