目前，核酸修饰酶可包括三大类：碱性磷酸酶、T4多核苷酸激酶以及末端脱氧核苷酸转移酶。

碱性磷酸酶（alkaline phosphatase）主要有两种，一种来自大肠埃希菌称细菌碱性磷酸酶，另一种分离自小牛肠，称为小牛肠碱性磷酸酶。该酶是在碱性pH下具有活性的磷酸单酯酶，可除去DNA线性分子末端5'-磷酸基，以防止片段间彼此相连。克隆载体经限制性内切酶酶切后，为防止自身连接，需要用此酶处理脱去5'-磷酸基。DNA和RNA片段进行5'端标记前需要用该酶脱磷。

T4多核苷酸激酶（polynucleotide kinase）从T4噬菌体感染的大肠埃希菌中分离获得，是催化γ-磷酸基从ATP转移到DNA、RNA、寡核苷酸或核苷3'-磷酸等分子的5'-OH末端的酶。可用于DNA的5'-OH标记，使缺失5'-P末端的DNA或寡核苷酸磷酸化。

末端脱氧核苷酸转移酶（terminal deoxynucleotidyl transferase），简称末端转移酶（terminal transferase），在二甲胂酸缓冲液中，能够催化5'脱氧核苷三磷酸进行5'→3'方向的聚合作用，逐个地将脱氧核苷酸分子加到线性DNA分子的3'-OH末端。