内侧前额叶皮质（mPFC）包括前扣带回皮质（anterior cingulate cortex，ACC）、胼胝体下皮质和内侧额叶回。mPFC与杏仁核联系，杏仁核发挥对刺激和情感反应的抑制性控制，mPFC通过对获得性的恐惧反应主动抑制进一步调控条件反射性恐惧的消退。PTSD患者的额叶皮质体积减少，包括ACC体积减少。最近一个双胞胎研究提示ACC体积缩小是与PTSD相关的后天获得性的。卡罗（Linda Carroll，2003）发现ACC在脑的情感调制过程中起到帮助患者注意到自身或环境的作用，而PTSD患者的ACC明显小于正常人群，ACC功能被削弱，还不能表明PTSD遭遇创伤前ACC就较小，但是一旦发生PTSD，ACC部分就会遭到侵袭，这可以帮助我们了解PTSD患者临床症状的产生。功能影像研究发现，当对某些刺激进行反应时PTSD患者的PFC活性下降，这些刺激包括创伤相关的剧本、战争画面及声音、创伤无关的消极的故事、恐惧面孔等。在一些研究中认为ACC体积减少与PTSD症状的严重程度有关，例如成功地用SSRIs治疗使mPFC活性恢复，说明mPFC活性下降与PTSD症状的严重程度相关。

另外，脑电图研究也表明：PTSD患者α波减少而β波增加，β-Ⅰ兴奋增加超过额叶正中皮质平面和左枕部的区域，β-Ⅱ兴奋增加表现在额叶，θ波范围超过额叶正中区，表明皮质的过度兴奋，延长觉醒时间，额叶对激活的调节失调，增加θ波兴奋可以帮助解释海马体积的改变，说明PTSD患者发生了神经生物学的改变。