在临床工作中，真正意义上的“纯粹的”创伤后障碍并不多见。事实上在创伤患者身上实际发生的障碍远比诊断手册中描述的要复杂和多样。因此，创伤障碍的鉴别诊断显得尤其重要。鉴别诊断：一是与器质性病变的鉴别，主要是脑部的器质性病变：脑炎、脑部占位性病变等；二是与其他精神障碍（PTSD）的鉴别，排除其他情感性精神障碍、神经症等；三是急性应激障碍（ASD）、创伤后应激障碍以及适应障碍之间的鉴别；四是对是否共病加以鉴别。对于共病问题，以布莱维（Brewin）为代表提出了双重表征理论，认为PTSD与共患的其他疾病间的区别主要在于可回忆情境记忆是否存在，是否处于激活状态。并给出了理解共患问题的共患性模式：遭遇创伤性事件的个体，处于焦虑反应状态，出现高警觉，并自发地诱发情绪麻木，这时如果个体处于可逃避情境，则个体出现恐惧或强迫思维；如果个体处于无法逃避情境，则出现躯体焦虑或恐慌；如果个体想恢复自我控制力，则个体表现出物质滥用与依赖。

就ASD和PTSD而言，其区别在于ASD的症状持续时间不能超过1个月，而PTSD症状持续至少1个月。其次，ASD强调分离症状群的核心地位。就ASD和适应障碍而言，两者的应激源不同，导致ASD的应激源对每个个体而言都是灾难性的、危及生命的，且往往是骤然发生的、意料之外的、始料不及的。而导致适应障碍的应激源可以说是一些个人生活中的重大变故，且应激源或其后果的存在是持续性的。在症状学上ASD以分离症状为核心症状。另外，在其他症状和有关诊断的时间上的界定也很不一样。就PTSD和适应障碍而言，二者常常可以并存，问题是我们必须注意到在诊断适应障碍的同时，不能忽略了PTSD的存在。其主要的方法就是学会认识有关PTSD的特征性症状，注意寻找适应不良行为模式后面的动机和个体生活中的创伤性事件。

创伤障碍可以与睡眠障碍、物质依赖、行为障碍及惊恐障碍等多种精神疾患共病。在临床中，下列一些情况我们应给予高度地关注，注意鉴别。对有睡眠障碍者要详细了解做梦情况，尤其是噩梦的细节。对有社会退缩的可疑患者要详细了解其对周围人的态度，与人相处时的情感体验，对亲人关怀的反应等，以确定患者有无本病特有的回避与情感麻木表现；有行为问题的可疑患者，要比较事件发生前后的变化，搞清摄食障碍、酒精或药物滥用是否是为了麻醉自己不去回想往事。创伤障碍与惊恐障碍有若干共同点，如交感神经系统激活、突然的焦虑暴发、惊恐发作、睡眠潜伏期增加、睡眠效率降低、睡眠期间活动增多、常伴发抑郁症等，也能使临床仅诊断为惊恐障碍而忽略PTSD。

创伤障碍患者中有部分患者与抑郁症共病，这两种疾病有一些相似症状容易混淆。如心情不好、自罪、悲伤、愉快感缺失、易激惹、社交退缩、失眠等，而抗抑郁药对两者都有效，因此，临床可能诊断为抑郁症而遗漏创伤障碍。注意PTSD与抑郁症的区别有助于确立PTSD的诊断。创伤障碍患者特有且并不见于抑郁症的特征有：创伤体验的闪回（创伤性刺激触发的创伤场面的重新体验）、心理生理激活反应和回避行为及创伤性刺激引发的情感麻木。

创伤障碍可以与高血压、支气管哮喘等心身疾病共病。慢性PTSD的远期结局可见心身疾病，如高血压病、冠心病、功能性肠病等，以及滥用酒精或药物引起的躯体问题。对应激事件的反应，有些人以心理反应为主，而有些人则以躯体反应为突出。躯体反应突出的患者多表现出疑病、心因性疼痛或转换性症状（如心悸、心律不齐、头痛、胸痛、腹痛、恶心、呕吐等心理生理性症状）；因此，对于那些就诊时主诉是一堆模糊的躯体不适而又回避提及创伤的患者，临床诊断应想到其有创伤障碍的可能，应对患者做全面深入地探查，加以鉴别以免误诊。

经历创伤性事件的儿童其应激障碍发病率与成人基本相同，考虑其症状的陈述方面的问题，其发病率甚至比成人还高。但儿童，尤其是学龄前儿童的创伤障碍表现特殊：包括不断地重复表演创伤性事件，反复地画，无目的的攻击行为，分离性焦虑，表现退行行为如遗尿等。而且，儿童的症状往往不典型、不完整、全部症状出现晚。尤其令人担忧的是这种状态还会影响儿童的发育，因此需要特别注意鉴别。标准可参考DSM-Ⅴ对于6岁以下的诊断的独立诊断标准。儿童的闯入症状，目前公认的是，儿童往往不表现出明显的痛苦感，附加条件必须是经常性和侵入性的事件，但不一定是令人痛苦的。回避症状以及负面认知和情绪的改变方面儿童只需要在每一类症状中满足其中1个，或玩耍减少和社会退缩。警觉性提高症状，现在包括极端发脾气。