谷粒菌种瓶底有黄水，主要原因就是基质含水率偏高，自由水的下沉；有时候，完成发菌后，遇到偏高的温度，菌丝的自护作用也会分泌水分到菌丝表面，最后形成人们所看到的黄水。该两种黄水的出现，可对其淹没的部分菌种发生厌氧现象，使之失活。一般情况下，未被淹没的菌种，其活力照旧，仍可使用，但是，具体应看菌种的老化程度以及受热情况，也不能一概而论。
