治疗EMT首先要明确诊断，辨证与辨病相结合；应详细询问病史，根据其临床表现，结合妇科检查、超声检查、肿瘤标志物检查：CA125、CA199、抗子宫内膜抗体等实验室检查，并要定期复查，必要时可经腹腔镜或手术确诊。其次，必须抓住能体现疾病病理本质的主要症状。强调“取症不唯多，中肯而足，突出主症为其要”。且要围绕主症，进行辨证；EMT患者80%有明显的痛经；50%合并不孕；20%合并囊肿；15%～30%有月经过多、经期延长或淋漓不断。不同的主症代表着瘀血所形成的不同病理机转，代表了不同的证候属性，因瘀血停留，流注胞脉、胞络，致气血运行不畅，不通则痛，发为痛经；瘀积日久，聚则成癥；旧瘀不去，新血不得归经，妄行致月经不调；瘀血凝结下焦，肾气郁阻不畅，阳气无以温煦，以致肾亏精少，气机不利，不能摄精成孕而不孕。故在治疗过程中，需根据患者的主症，就诊目的，不同年龄及生育要求等确定具体的治疗原则，强调个体化用药原则，做到有的放矢。

本病的治疗，遵“血实者宜决之”，以活血化瘀为大法。但仅用此法是不够的，因为递进反复治疗，屡投活血祛瘀散结、清热解毒药，易使患者正气耗伤，治疗应时刻注意邪正关系，提倡“气以通为顺，血以调为补”，以祛邪为主，佐以扶正或攻补兼施，禁过施攻伐，遵循“大积大聚，衰其大半而止”的原则，对于正气尚盛之EMT患者，治疗以活血不动血为原则。对于正气极虚之患者，宗前人“养正积自除”之法。权衡邪正，关注患者脏腑、气血、阴阳的平衡。