MRI的物理基础与超声、CT或传统X线摄影有本质差异。与CT比较，MRI具有更好的软组织对比分辨率，可用于不能接受含碘造影剂检查的肾脏疾病，对肾癌的分期及评价肾移植术后的病变如鉴别急性排斥及环孢素中毒等。但MRI不能作为筛选性检查的手段，目前仍为一辅助技术。

正常肾的MRI解剖显示三个位置图像：冠状位、矢状位和轴位，可清晰显示血管结构。MRI可对肾先天性畸形做出诊断，但不作为首选方法；MRI可显示复杂性肾囊肿以诊断肾囊性病变的潜在危险性；MRI的典型参数和图像特征，对单纯肾囊肿的诊断正确性提供相当可靠信息；MRI可诊断血管平滑肌脂肪瘤、肾炎性疾病、早期肾癌、血管疾病等。