少部分抽动障碍患儿出现无法克制的、严重的、反复的自伤行为，其发生率为17%～53%。自伤行为多种多样，表现为患儿自己咬伤自己或自己打自己、用头撞坚硬的物体、抓破皮肤、放手指在火炉上和接触热的物体等，严重者导致永久性自残损害。自伤行为与抽动障碍的严重程度呈正相关，自伤行为多发生于重症抽动障碍患者。抽动障碍伴发自伤行为的机制尚不清楚。早在1885年，Gilles de la Tourette在其最初的文章中就已报道过2例自伤行为的抽动障碍患者。此后，文献上不断有所报道，包括撞头、拳击头、抠眼、咬舌和毁容等。一项大样本调查表明，在466例抽动障碍患者中，33%有自伤行为，Nee等观察50例抽动障碍患者，48%有自伤行为，包括把削尖的铅笔反复用力插入耳道、用力按压眼球、持续咬嘴唇以致出血、把手指放在火炉上烧伤等。Robertson曾研究90名抽动障碍患者，70%为男性，平均年龄为23.7岁，平均起病年龄为7岁，其中30名（33%）有自伤行为。自伤类型共有23种，14名患者有一种以上的自伤方式，包括猛撞头部，用拳猛击头、面部或躯体，或将身体用力碰撞坚硬物体等为多见。Robertson还报道另外4名抽动障碍患者，3名因打击眼部发生持续性的视力损害，1名因用力撞头后发生硬脑膜下出血而死亡。于发平于2011年报道1例13岁男性患儿，除有明显抽动症状外，还伴有反复出现严重的自伤行为，如用手打自己脸，往门框上、树上碰头，自己先后将牙齿磕掉3颗，家长为防止其自伤时常将患儿双手反绑，但仍未果。

也有个别抽动障碍患儿啃掉或剥掉手指甲或脚趾甲。还有伴发拔毛癖（trichotillomania），是指不能克制地拔除自己毛发的冲动行为，导致毛发明显脱失。如拔头发、拔眉毛、拔睫毛、拔体毛、拔阴毛等，有些患儿把拔下的东西送入口中吞掉，严重者可能在胃肠道内形成粪球（bezoar）而导致肠梗阻。拔毛癖或许也是强迫行为的一种，被归为冲动控制障碍之列。