机体的许多功能和代谢过程甚至细胞内的一些反应，都是在酶的催化下进行的。药物对酶的干扰，可阻断其参与的正常的代谢过程而产生效应，即药物的效应是与酶在体内的特定活性有关。如磺胺类的抗菌作用就是通过这一机制:致病菌生长和繁殖需依赖人体内的对氨苯甲酸( p-aminobenzoic acid，PABA)经二氢叶酸合成酶合成二氢叶酸，最后合成核酸和蛋白质。磺胺类的化学结构与PABA相似，可竞争二氢叶酸合成酶而干扰了细菌合成二氢叶酸，以致抑制了细菌的生长和繁殖。从这一机制对于用药的启迪是在有脓液的情况下使用磺胺药将会降低疗效，因为脓液中含有大量的PABA;还有，磺胺药不能同局麻药普鲁卡因同用，因为普鲁卡因在体内可被代谢为PABA而拮抗磺胺药的抗菌作用。

体内的一些生理活性物质可被特定的酶灭活而失去活性，药物则可通过对这些酶的抑制而使这些生理活性物质相对地增加和活性延长。如胆碱酯酶抑制药能加强和延长乙酰胆碱的作用，单胺氧化酶抑制药可延长肾上腺素的作用。

体内有些重要的有生理活性的物质是在特定的酶的作用下生成的，对这些酶的抑制则可使该物质减少而改变其生理效应或病理作用，如血管紧张素转换酶抑制药(angiotensin converting enzyme inhibitors，ACEI)通过减少血管紧张素的生成而发挥降压作用。

细胞内有些第二信使(如cAMP)是在特定的酶(如腺苷酸环化酶)的作用下生成或在特定的酶(如磷酸二酯酶)的作用下灭活的，药物则可通过对该酶的抑制，改变了细胞内第二信使的含量而发挥作用。