前已述及，不同的给药途径，药物的吸收机制有所不同，故药物的吸收速度和程度也有很大的差异。一般来说，药物吸收速率的顺序为静脉注射＞吸入给药＞舌下给药＞直肠给药＞肌内注射＞口服给药＞皮下注射。此外，药物的理化性质、剂型因素以及给药部位的生理病理条件对药物的吸收也有很大的不同。

多数药物以溶解扩散的方式通过生物膜进行吸收，因此脂溶性是决定药物吸收的主要因素。脂溶性大的药物一般吸收较好，但脂溶性过强的药物可因难以从类脂膜中分配进入水性体液中而使药物吸收下降。通过细胞旁途径转运吸收的药物以及主动吸收的药物，其吸收与脂溶性无关。

药物的分子量也与吸收密切相关。对于以溶解扩散通过黏膜上皮细胞的药物，其分子量的平方根与扩散系数成反比，因此分子量越大，生物膜的渗透性越差。对于以微孔途径通过生物膜的药物，只有分子体积小于微孔的药物吸收快，大分子药物或与蛋白质结合的药物不能通过微孔途径吸收。

大多数药物为弱酸或弱碱，在体液中会呈现一定程度的离子化，以分子型和离子型两种形式存在，两者所占的比例由药物的解离常数p K _a和吸收部位的pH所决定。生物膜的类脂质结构使得脂溶性较大的未解离型分子容易通过，而解离后的离子型不易透过。因此，对弱酸性药物，提高吸收部位的pH，可减少分子型药物的比例，从而减少药物的吸收;对于弱碱性药物，提高吸收部位的pH，可增加分子型药物的比例，从而增加药物的吸收。

药物吸收的前提是必须溶解在体液中，故药物的溶解度和溶出速度对吸收有重要影响。对于难溶性药物或者溶出速度很慢的药物制剂，药物在胃肠道的溶出速度直接影响药物的起效时间、药效强度和作用持续时间，提高药物的溶出速度可显著改善药物的吸收。

有些药物可在吸收部位pH的条件下发生分解，或者在吸收部位酶的作用下发生酶解反应而失活，从而使药物吸收大大减少，药效显著降低。地高辛的血药浓度可因为合用大环内酯类抗生素而增加，这是因为地高辛口服后，约有40%被肠道菌还原并分解，这些菌群可被抗生素杀灭，从而使地高辛在肠道内的稳定性提高，故使其吸收增加。

吸收部位的pH对药物的稳定性、溶解度、解离度、溶出速度等都有重要影响，故对药物的吸收也有明显影响。如红霉素、青霉素等在酸性条件下不稳定，在胃液中会降解而使吸收减小，制备成肠溶制剂可提高其生物利用度。制酸剂、质子泵抑制剂、抗胆碱药等能抑制胃酸分泌，使得胃内pH上升，可改变一些药物的吸收。

药物在吸收部位的滞留时间越长，吸收越完全。由于多数药物在小肠吸收，故胃排空速率加快，药物到达小肠部位所需的时间缩短，有利于药物吸收，但对某些需要在胃部吸收的弱酸性药物不利。药物在小肠的停留时间较长，且小肠的表面积很大，故一般药物在小肠都能很好地吸收。对婴幼儿直肠给药时，由于受到不规则排便的影响，制剂在直肠处的滞留时间变异性较大，常导致药物吸收产生很大的波动。

非注射给药时，一般药物吸收的限速步骤为跨膜转运，故吸收部位的循环速度对药物的吸收影响很小。如果药物的膜通透能力很强，如高脂溶性药物和自由通过膜孔的小分子药物，其吸收的限速步骤则为体循环转运，故降低吸收部位的血流量可减少药物的吸收。如高强度的体育锻炼可使胃肠道内血流减少，使维生素A和3-甲基葡萄糖的吸收量明显减少。

皮下或肌内注射时，注射部位的血流状态可影响药物的吸收，血流丰富的部位吸收快。按摩和热敷注射部位，可使血管扩张，血流加快，促进药物吸收。肾上腺素可使注射部位的末梢血管收缩，故可降低合并使用药物的吸收速度。

吸收部位常存在着一些药物代谢酶，使得进入体循环的药物量减少。药物代谢酶CYP3A4在小肠细胞的微粒体中也有丰富表达，其活性接近肝脏CYP3A4活性的50%，此外肠道上皮细胞内还有葡萄糖醛酸结合酶、硫酸结合酶等Ⅱ相代谢酶。在胃内和小肠内远端含有少量的微生物，其内的酶可催化药物的还原和水解反应。直肠部位的酶活常比胃和小肠低，故可将直肠作为那些易受酶影响而失活的药物的吸收部位。