药物治疗学的目的是能在复杂多变的病情中，指导和实施合理的个体化药物治疗方案。为了使患者能从药物治疗中获得最大效益，而将风险减至最小限度，单靠经验的医疗实践是远远不够的，必须提高理论水平。不但要关注疾病的临床表现、诊断、鉴别诊断和治疗处方，更要强调个体的药代/药效动力学特点，探索药物-机体-疾病三者间相互作用的机制，以获得优化的个体化给药方案和临床效应。临床药理学作为一门独立的新兴学科，其产生和发展有其必然规律。随着社会发展和技术在进步，各国药政部门需要加强药品管理;药品研制部门需要开发新药;临床医师需要提高医疗水平;临床药师需要指导合理用药;临床患者需要最佳的治疗效果;学术领域需要医药结合、合理用药的国内外交流与合作等。所以，没有药物治疗学的医疗实践，没有广泛的临床需求，也不可能产生临床药理学;而临床药理学一旦产生，就对药物治疗学起着巨大的推动作用。因此，药物治疗学是临床药理学的实践基础，临床药理学是药物治疗学的理论基础。临床药理学与药物治疗学两者之间形成相互依存、相互促进的辩证关系，实际上是将合理用药的理论与实践密切结合起来，更好地为临床患者服务。两者的相互渗透不但促进了这两门学科共同向前发展，同时也能促进其他相关学科共同向前发展，如基础医学、临床医学、临床药学、临床毒理学、药物经济学、药物遗传学、药物基因组学等，还有应用数学、化学、生物统计学、流行病学、循证医学、伦理学、社会学等。