蛋白质序列分析基本原理为Edman化学降解法，即N末端氨基酸残基依次与衍生化试剂（异硫氰酸苯酯）作用，从蛋白质/多肽N末端按顺序切割下来，形成稳定的氨基酸后进行分析鉴定。适于各种方法制备蛋白样品的N端测序，包括电转移印迹法、PVDF膜上样品或HPLC等溶液样品。灵敏度可达fmol级样品，在确证新的蛋白、鉴定重组蛋白一级结构的正确性、确定多肽合成产物的结构等方面都具有重要的作用。所有用于序列分析的多肽/蛋白必须是高纯度的，去盐和去除其他干扰测序的成分，不含有与Edman降解相作用的物质如三羟甲基氨基甲烷、甘氨酸、胍、甘油、蔗糖、乙醇氨、十二烷基磺酸钠、曲通、吐温（Tween）、硫酸铵以及各种游离氨基酸等。作为重组蛋白和多肽的重要鉴定指标，要求至少每年测定一次。