蛋白质的氨基酸组成不同，因而有不同的等电点（pI），等电点是测定重组蛋白生产工艺稳定性的重要指标。常用的等电点测定方法有等电聚焦电泳（IEF）及毛细管电泳（CE）。其中前者为药典法定方法。

依据各种蛋白质pI不同，以聚丙烯酰胺凝胶为电泳支持物，并在其中加入两性电解质载体。两性电解质载体在电场作用下，按各自pH形成从阳极到阴极逐渐增加的平滑和连续的pH梯度。在电场作用下，蛋白质在此pH梯度凝胶中泳动，当迁移至pH等于pI处时，不再泳动，电流达到最小，而被浓缩成狭窄的区带。根据标准品的pI对其相应的迁移距离作直线回归，将供试品的迁移距离代入直线回归方程，即可求得蛋白的等电点。

毛细管等电聚焦电泳，是通过内壁涂层使电渗流减到最小，再将样品和两性电解质混合进样，两个电极槽中分别为酸和碱，加高电压后，在毛细管内建立了pH梯度，溶质在毛细管中迁移至各自的等电点，形成明显区带，聚焦后用压力或改变检测器末端电极槽储液的pH使溶质通过检测器。具有分辨率高、简便快速等特点。