组织体系是指按照一定的目的、任务和形式加以编制组成的紧密联系的体系。根据卫生应急物资保障管理客观规律要求，卫生应急物资保障管理体制必须有科学合理严密的组织系统，它是卫生应急物资保障管理的组织保证。比较健全的卫生应急物资保障管理体制，是由互相独立的分系统，即决策管理系统、综合论证咨询系统、生产采购系统、使用管理系统和维修保障系统等组成。这些系统的内部机构设置、职能划分和相互关系要科学合理，在构建时不能机构重叠、职能交叉、政出多门，但各个环节（研制、生产、采购、使用、维修等）必须互相联系，密切协同，紧密配合。从各国的情况来看，主要的组织系统构成如下：

卫生应急物资保障的领导决策机构是卫生应急物资保障管理的最高机构，由国家最高领导和最高权力机构组成。其主要职能是：确定卫生应急物资保障发展的基本方针政策、发展战略和总体目标、重大发展项目，决定卫生应急物资保障科研、生产的总体布局和规划，颁布卫生应急物资保障方面的基本法律、法规，以及解决卫生应急物资保障发展和使用等方面的重大问题。各国卫生应急物资保障领导决策机构，一般都是国家最高领导和最高权力机构。如美国的领导决策者和决策管理机构是总统和国会，总统以政府首脑和卫生部部长的身份，领导制定国家安全总体目标和重大应急政策，颁发国家安全指令，包括卫生应急物资保障科研与企业生产的方针政策及指示，国会是最高立法机构，负责审批卫生应急预算和重大卫生应急物资保障发展项目，并通过立法加强卫生应急物资保障科研和生产的控制。

这一机构是贯彻落实最高领导决策机构制定的方针、政策的组织，一般是由卫生部或有关的专门机构履行这一使命。其主要职能是：对卫生应急物资保障发展工作全面规划和组织领导，制定卫生应急物资保障发展战略与规划计划，组织协调卫生应急物资保障科研、生产、采购、使用、维修等各环节、各部门的关系，以及监督控制规划与计划的实施等。各国卫生应急物资保障采办组织管理机构，因国情不相同，西方国家卫生应急物资保障采办的组织管理机构大多是卫生部。

在卫生应急物资保障管理的这一层次中，主要包括科研、生产和采购三个具体实施机构。

科研管理机构主要负责卫生应急物资保障的技术调研、发展目标确定和计划制定，并对卫生应急物资保障进行基础研究和试验。各国科研的管理相对集中。由于各国的管理体制不同，科研管理机构设置也有区别，分为卫生部下属的科研管理机构、省市科研管理机构和基层科研管理机构等。

卫生应急物资保障生产管理机构由于各国的体制不同而有较大区别。实行高度市场经济的国家，在卫生应急物资保障生产管理上，主要是通过政府拨款、财政补贴、税收等宏观经济政策和法律手段调控整个卫生应急物资保障生产活动。非完全市场经济的国家，设有卫生应急物资保障生产管理机构，对卫生工业实行控制和管理，卫生工业完全或者是绝大部分是国有国营。

由于管理体制不同，各国在这一机构设置上也有所不同。如美国卫生应急物资保障采购是在卫生部负责采办与技术的副部长的指导下，由有关部门负责具体组织实施；俄罗斯是由装备部门负责组织实施；英国和法国分别由卫生部下属的装备采购部和装备总署，负责卫生装备采购计划并组织具体实施。

卫生应急救援队卫生应急物资保障调配和维修保障机构是指卫生应急救队承担卫生应急物资保障从接收起到退役报废止的各级装备管理部门。其主要职责是：装备的请领、补充、动用、封存、保管、维护、修理、转级、退役、报废和技术革新等。各级装备部门对卫生应急救援队卫生装备的使用管理实行统一计划、分级管理和领导负责的原则。统一计划是指对卫生应急救队的一切卫生应急物资保障，从配发至退役处理必须要实行统一计划管理。分级管理是指在卫生应急救队卫生应急物资保障管理工作中，分层次、按系统实施管理，其目的是为充分发挥各级管理机构的职能作用，调动各单位、各部门、各系统和全体人员的积极性，共同管好用好卫生应急物资保障。领导负责是指卫生应急救队所属单位的领导要对本级所属的卫生应急物资保障管理工作负完全责任。随着科学技术的飞速发展，新型卫生应急物资保障不断投入使用，卫生应急物资保障的使用管理越来越复杂，对使用管理机构的要求也越来越高。