一乘院与大乘院

治承·寿永内乱（也就是所谓的“源平合战”）结束后，在兴福寺别当信圆的奔走下，兴福寺得以重建。镰仓幕府成立后，大和国（今奈良县）不设守护⑪，兴福寺作为事实上的守护统治大和。

然而这时出现了新的问题，这就是摄关家的分裂。镰仓时代初期，摄关家分裂为近卫家和九条家，近卫家与九条家互为对手，都试图征服另一方，掌控兴福寺。结果，信圆掌握的大乘院、一乘院成为争夺的对象。其过程迂回曲折，最终近卫家子弟被送入一乘院，九条家子弟被送入大乘院，形成一种共存状态。此外，近卫家又进一步分出鹰司家，九条家又分出一条家和二条家（也就是“五摄家”），后来这些家族子弟也进入一乘院和大乘院。

一般认为，当时兴福寺有超过一百个院家⑫和坊舍⑬，摄关家子弟的出家地一乘院和大乘院在其中是特别的存在。天皇与摄关家子弟担任院主的院家称为“门迹”，在兴福寺中，一乘院与大乘院就是“门迹”，称为“两门迹（两门）”。几乎所有的院家、坊舍都从属于这两大门迹，形成了以门迹为中心的主从制门流组织。学界称其为“两门体制”。

于是，兴福寺的僧侣因为出身的不同，也被明显地区分开来。摄关家出身的称作“贵种”，他们以固定的节奏步步高升，最终成为门主（门迹之主）。比摄关家地位低的贵族清华家、名家出身的僧侣叫作“良家”。“良家”阶层的僧侣虽然也具备担任别当的资格，升迁速度却有天壤之别。举一个例子，出身贵种的大乘院寻尊二十七岁就做了别当，良家出身的东北院俊圆直到四十二岁才终于就任此职。这是因为贵种僧侣享受特别的优惠待遇（良家必须要先担任权别当才能成为别当，贵种则不需要，等等）。僧侣的地位与他们作为僧人的成绩、能力毫无关系，仅仅由血脉和家族出身决定。良家绝无法凌驾于贵种之上。此外，在良家之下还有“凡僧”。

摄关家子弟就任门主时，将会继承门迹庞大的财产。而且，他们还可以对下属的院家施加影响。贵种僧侣的门流统治的深化，导致门迹之间围绕庄园等利权发生利益争端。永仁元年（1293），因为近卫、九条、一条家的对立，一乘院与大乘院爆发冲突，经镰仓幕府介入，到永仁五年总算平息（永仁的南都斗乱）。此外观应二年（1351），为争夺喜多院的控制权，两门迹兵戎相见（观应的争端）。