HLH属于血液科危重症范畴，临床表现复杂多样，缺乏特异性。常见临床症状为：长期发热、脾肿大、全血或两系血细胞减少、淋巴结肿大、肝功能损伤、中枢神经系统、呼吸系统或消化系统症状等，所有症状不一定同时出现，不同患者累及器官也各不相同。HLH的发生存在一定因果关系和先后顺序，根据临床过程可以分为免疫缺陷、免疫激活及免疫病理（免疫反应引起组织损伤）。HLH主要临床特点：

以发热最常见，发生率90%~100%。HLH患儿发热主要由于炎性因子大量释放导致体温中枢调定点下移所致。对于治疗后的患者再次发热，要注意鉴别发热是HLH的病情反复还是感染所致。

活化的淋巴巨噬细胞导致组织浸润会引起肝、脾肿大，大量细胞因子也可直接对受累脏器组织产生毒性作用。

因为巨噬细胞过度增殖导致吞噬血细胞可以引起血细胞的减少，另外细胞因子风暴中多种细胞因子会抑制骨髓造血进一步导致血细胞的下降。

炎性渗出及低蛋白血症都会导致HLH患者多浆膜腔积液发生，出现胸腔积液、腹腔积液甚至心包积液。

HLH患儿出现肝炎是因为活化的巨噬细胞导致组织浸润引起肝、脾肿大，同时大量细胞活化及炎性细胞因子造成组织损伤，引起肝细胞功能的损害，从而出现转氨酶和胆红素增高。常见的肝脏病理表现为肝门和肝窦的CD3 ⁺CD8 ⁺T细胞以及B淋巴细胞浸润，其间混杂有吞噬现象的CD68 ⁺CD1a ⁺组织细胞，肝门和中央静脉内皮炎症和淋巴细胞介导的胆管损伤等。肝门和肝窦的淋巴组织细胞浸润和内皮炎症水平由轻到重，并与临床的严重程度相关。肝功能衰竭并发血细胞减少和炎症指标升高应考虑HLH，而肝功能指标正常的患者诊断HLH应该更为慎重。

HLH患者中枢神经系统症状发生率各中心报道不一，35%~73%之间都有报道，多见于侵袭性疾病发病过程。受累者脑脊液可有蛋白升高，细胞数增加，以淋巴细胞、单核细胞为主，有些患儿脑脊液中会发现噬血现象。Janka等认为中枢神经系统受累多为不可逆的，预后极差，疾病早期行腰穿、头颅CT及MRI等检查有助诊断。临床发现有一部分患者初始起病或复发仅仅表现中枢神经系统症状，给临床诊断带来一定困难。患者可能出现的神经系统症状，包括癫痫发作、神志欠清、脑神经麻痹、神经运动性障碍、共济失调、兴奋或肌张力减退等，以及巨噬细胞导致的髓鞘破坏继发周围神经病造成的疼痛和虚弱等。虽然神经系统表现不是当前诊断标准的指标之一，但其相对常见并且是许多HLH患者的一种特异性临床特征。脑脊液检测对于确定HLH的中枢神经受累是非常重要的，50%以上的HLH出现脑脊液异常。一部分HLH累及中枢的患者会出现影像学的异常。磁共振成像（MRI）表现多变，包括单发病变、脱髓鞘病变、软脑膜增强或水肿等与神经系统症状相关的影像学改变。Deiva等研究46例原发HLH儿童患者，9例（63%）有神经系统症状，7例（15%）有小头畸形，23例（50%）脑脊液异常，15例（33%）头颅MRI异常。至随访结束（3.6年），28例生存患儿中17例神经系统状态正常，5例（18%）有严重的神经系统症状，6例（21%）有轻度的认知障碍。神经系统的预后不受年龄或遗传缺陷类型影响，但是与发病时神经系统症状、MRI改变或脑脊液异常的严重程度相关。

HLH患者大量的活化巨噬细胞及淋巴细胞浸润或炎性细胞因子造成组织损伤，会导致肺部或肠道的炎性病变。HLH累及肺部可出现咳喘、血氧下降、呼吸困难等，肺部影像学表现没有特异性，可出现肺实质、间质性改变，以及肺不张、肺气肿、胸腔积液等。HLH性肠炎患者常表现腹痛、腹泻、腹胀，严重者可出现肠麻痹甚至肠道出血，年龄小的患者肠道症状更容易出现。