HCV 5′ UTR的位置位于病毒基因组ORF翻译起始位点上游，长度为319～341nt。5′UTR序列是HCV基因组中最为保守的序列，与瘟病毒属病毒有约50%的同源性。5′UTR区的核苷酸序列可形成复杂的二级结构，在病毒基因组翻译与复制中起关键作用。目前认为5′UTR区包含了4个主要的结构域，分别以SL Ⅰ、SL Ⅱ、SL Ⅲ、SL Ⅳ来命名，分别包含了不同序列的茎-环（stem-loop）结构和假结样（pseudoknot）结构。其中SL Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ与HCV核心蛋白（core）编码区的12～30nt序列共同组成了启动HCV翻译所必需的IRES结构。HCV的IRES能够形成稳定的转录前起始复合物（pre-initiation complex，PIC），无需常规的翻译起始因子即可直接与细胞的40S 核糖体亚基结合，以非帽依赖的方式启动HCV基因组RNA的翻译。

有研究显示，HCV IRES的功能可能存在组织选择性。HCV基因型1a 的H77毒株对人淋巴细胞株进行感染时会导致在5′UTR区出现核苷酸置换的准种的产生，与原始毒株相比，其翻译效率在人淋巴细胞株中比在单核细胞和粒细胞中会有2～2.5倍的增加。也有研究显示，从同一患者体内的不同类型细胞中分离到的不同HCV准种具有不同的翻译效率，这说明HCV IRES也具有一定的组织特异性，可通过与不同组织细胞中的细胞因子的相互作用调控病毒基因组RNA的翻译。

HCV 5′UTR区与多种宿主细胞蛋白之间存在相互作用，包括多聚嘧啶结合蛋白（polypyrimidine tractbinding protein，PTB）、核不均一核糖核蛋白L（heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L，hnRNP L）、La自身抗原（La autoantigen）、多聚rC结合蛋白2［poly（rC） -binding protein 2，PCP2］以及NS1联合蛋白1（NS1-associated protein 1，NSAP1）等。然而，目前对于这些蛋白与病毒RNA之间的相互作用的生物学功能的认识仍较有限。

HCV 3′UTR的长度约为225nt。包括3个区域，从5′端到3′端方向依次为一段大约30～40nt的与基因型相关的可变序列区，一段保守的poly（U） -poly（U/UC）尾序列，及一段高度保守的98nt的末端序列（3′ X 区），3′ X区包括3个分别命名为SL1、SL2和SL3非常稳定的的茎-环结构。研究显示，HCV的3′UTR 与NS5B蛋白存在相互作用，可与位于NS5B编码序列C端的4个茎-环结构中的2个进行相互作用。研究也显示，HCV 3′UTR的3′X区和上游poly（U/C）序列52nt的区域对于HCV基因组RNA的复制是必需的，删除上述区域序列可导致HCV无法进行复制。3′UTR其他部分的序列对HCV的复制可起到增强的作用。近来研究发现，3′UTR的3′X区的茎-环结构可结合宿主细胞的PTB，PTB可通过与5′UTR区中的IRES结构相互作用从而增强病毒基因组RNA的翻译效率。