蛋白质组是什么？

要完整认识生命还需要第3个网络，蛋白质的相互作用，有时候也称蛋白质相互作用组，或简称蛋白质组。在分子层面上，细胞中发生的一切几乎都是因为蛋白质与特定的某物结合。这个简单的思想构成了现代生物学观念的基础。酶特异性结合酶作用分子，基因调控源自转录因子与特定的DNA序列结合，RNA需要特定的结合蛋白才能发挥功能，建构细胞结构时是特定的蛋白质与蛋白质结合。

大部分蛋白质都与其他蛋白质结合。这种相互作用网络就是蛋白质组。一些蛋白质只与少数蛋白质交互，有些则与数百种交互。由于酶的活动不仅受小分子的交互影响，也受其他蛋白质的交互影响，因此酶就成为了蛋白质相互作用组和代谢网络的交叉点；而由于转录因子除了DNA还与其他蛋白质结合，因此基因调控网络与蛋白质组也相互交叉。因此，最好将这3个网络视为更大的超级网络的一个侧面。分析这个超级网络的结构和动力学对于认识细胞很重要；事实上，这就是细胞。由于这个超级网络是由蛋白质界定，而蛋白质又取决于DNA序列，因此这个网络的最终特性取决于DNA中编码的指令。DNA也是这个超级网络的组成部分，因为DNA是由蛋白质酶复制和修复，而且DNA还为基因调控网络提供了节点。