堆酵操作方法与发酵相同,较之发酵时间短、料堆内温度低,其目的一是令原料充分吸水,二是令原料软化,三是可以使原料释放部分热量,该种堆酵多用于熟料生产,包括制种与栽培。基本操作方法是:基料拌好后建堆,在较短时间内进行发酵处理,现多采取每天翻堆的办法,一般料温可达40℃以上,很少超过50℃,基料营养损失较少,但某些杂菌孢子可以很好的萌发,然后经过灭菌处理,即可达到理想的灭菌效果。