二、合刻本對《正義》的删削與日本學者的輯佚
司馬貞爲弘文館學士，張守節任東宫諸王侍讀，生當同世而略有後先，二人爲《史記》作注的底本同爲裴駰《集解》，徵引資料文獻同出唐室館閣祕書，雖各自爲書，但爲同一事典作注時，注文往往相同或相近。宋人合刻《史記》三家注時，以先刻行世的《史記集解索隱》爲本注，而以《正義》爲增注附刻於相應《史》文之《集解》《索隱》之後，凡《正義》注文與《索隱》相同或相近者大都削而不録。自《史記集解索隱正義》三家注合刻本風行於世，單本《史記正義》遂漸次湮没，明人已無緣復睹《史記正義》全貌。清代學者如四庫館臣、錢大昕、錢泰吉、張文虎等，注意到《史記正義》遺佚嚴重的狀態，並做過程度不同的探究與搜輯，但他們因無緣見讀流散海外的多種珍貴的《史記》宋元古板本、抄録本，難以較比，故總體成績並不理想。
《史記正義》大量遺佚亦引起東瀛學者的關注。日本瀧川資言博士（公元1865—1946年）於大正二年（公元1913年）在東北帝國大學所藏雨種古活字印本《史記》框郭外之標注中，發現被宋人《史記》三家注合刻者删削的《史記正義》佚文“一千二三百條”，手輯以爲《唐張守節史記正義佚存》二卷，遂啟《史記會注考證》“纂述之志”[11]。此後又費二十餘年之功，遍訪日本公、私所藏多種《史記》古板本、古活字印本欄外標注以及《史記》抄録本（京都建仁寺雨足院藏幻雲手澤《幻雲史記抄》），參互校訂，得到證實。瀧川氏撰著《史記會注考證》時，將所輯《正義》佚文編入相應《史》文之下。昭和九年（公元1934年）《史記會注考證》全書十册出齊，瀧川氏自謂“略復張氏之舊”，讀《史》者亦盛贊其便。但瀧川先生輯入《史記會注考證》中的《正義》佚文均未注明出處，故引起不少大陸學人的質疑。魯實先先生於民國二十六年（公元1937年）春夏之際閲讀《史記會注考證》後，撰寫一萬餘言的批評長信即寄瀧川博士，不久又擴寫並排印爲《史記會注考證駁議》二萬餘言隨附連和中序文，寄達東京帝國大學東洋文化研究所，在其封面題簽處親筆作書曰：“貴所發行之瀧川博士著《史記會注考證》一書，疵謬百出，絶無一善，請接僕此文之後，燬該書停止發行。否，對貴所刊行書報，予將加非常打擊，所失愈大。請貴所及瀧川博士火速回信。”[12]關於《史記會注考證》新增《正義》，《駁議》云：“殊不知正義佚文中土自有古籍可求，无庸取之三島。”[13]賀次君先生在1958年10月商務印書館出版的《史記書録》之《史記會注考證一百三十卷》題下，認爲瀧川氏所輯《正義》“余頗疑之，曾爲仔細查對，乃知其所補《正義》一千二三百條，非盡屬删佚之正義也”。爾後程金造先生在1960年第2期《新建設》發表的《史記會注考證新增正義之來源與真僞》文中更認爲十之八九出自日人僞託。以致半個多世紀以來，大陸學者在司馬遷與《史記》研究中，對瀧川資言輯得的一千餘條《正義》佚文依然不敢問津。
繼瀧川資言先生之後，水澤利忠教授（公元1918—2013年）爲補其闕，辛勤研討二十餘年，廣校日本現存各種《史記》古板本、古活字印本的欄外標注以及《史記》古抄録本，包括瀧川氏未見之現存最早的黄善夫《史記》三家注合刻本（即所謂的“南化本”）的校記，於公元1957—1970年間陸續刊行《史記會注考證校補》全九册，爲瀧川資言所輯《正義》佚文千百數十條（實爲一千四百十八條）以及水澤本人新獲“資言所未見佚文凡二百數十條”（實爲二百二十七條）“一一明所據”。此後，小澤賢二先生又繼水澤氏之業，涉十餘年之功，致力於《史記正義佚存》源流的探索，查明其藍本乃京都東福寺舊藏“栴室本”《史記》（又稱“心華和尚善本”）葉面框郭内外所標記的古注。此古注源自元亡明興之際，由日本五山臨濟學問僧從中國攜歸東瀛的單寫本《史記正義三十卷》。小澤賢二的成績爲《史記正義佚存訂補》，在瀧川、水澤二氏之外，又新發現《正義》佚文二十九條（共計一千六百七十四條）。此書收入日本史記正義研究會代表人水澤利忠教授所編《史記正義之研究》[14]。
筆者曾於公元2000年在臺灣大學《臺大歷史學報》二十五期發表《程金造之“〈史記正義佚存〉僞託説”平議》專論四萬餘言，指出：程金造先生認爲瀧川資言輯得的“這千三百條佚存，只有十分之一二是可靠的，絶大部分是讀者的雜抄和注解”，本此先入之見，從改制文本開始，做爲立論的前提，便有意將讀者引入歧途。他精心搜集的證例和所做的按斷，貌似“考證翔實”，然經仔細辨析，無不以真爲僞。程氏本末皆失，他所獨創的“《史記正義佚存》僞託説”，自應推翻，以免貽誤後學。而瀧川資言輯得的佚存《正義》實爲失傳已久的部分《正義》的重見天日。瀧川資言不愧爲守節功臣。
不過瀧川資言諸人對《史記正義》的輯佚，僅限日本現存之《史記》古板本、古活字本之欄外標注，以及《史記》古抄録本，卻未涉及《史記》三家注本以外的宋人著作。
筆者在做《史記》版本源流、敘事起迄與主題演變研究的過程中，曾對《史記》三家注本以外的《史記正義》的留存情況做過一番調查，發現宋人吕祖謙撰《大事記解題》、王應麟撰《玉海》《通鑑地理通釋》《詩地理考》、胡三省撰《新注資治通鑑》中，都大量徵引了單本《史記正義》，其中相當數量爲《史記》三家注合刻本所未載而成《正義》佚文。值得關注的是，吕祖謙、王應麟與胡三省三人的學術素養有先後師承關係。