细菌或病毒感染是慢阻肺急性加重的主要诱因，下呼吸道感染最为常见，细菌是主要的病原体。有研究表明，69% 慢阻肺急性加重患者其下呼吸道分泌物中可以分离到细菌，以流感嗜血杆菌最常见，其次是肺炎链球菌和卡他莫拉菌，铜绿假单胞菌和其他革兰阴性菌较少。
常见病毒感染有呼吸道合胞病毒、腺病毒、流感与副流感病毒等，特别是腺病毒亚属C（包括血清型1、2、5、6），通常引起不显性感染，又称非流行性感染，以腺病毒2型最常见。
