推荐序

进化论的提出是科学史上的一次革命，就像杜布赞斯基说的“如果没有进化之光，生物学的一切都将无法理解”。有趣的是，作为进化关系最直观表述的系统发育树却早于进化论的诞生而被创造出来。人们通过整理达尔文留下的笔记发现，早在1837年达尔文还在为撰写《物种起源》整理旅行日记时，就在笔记本上绘制了第一张“生命之树”，用于描述物种的演变过程。因此可以说，系统发育树与进化论同根同源，既是进化论思想的呈现，又是创造进化论的思维工具。

达尔文的灵光乍现为生命科学的研究提供了一个强大的工具。今天，系统发育树的计算生成和可视化已经成为生命科学研究中不可或缺的分析技术。本书的作者余光创很早就致力于生物信息分析技术的研究，十余年间发布了近30个具有影响力的分析软件，其中很多已经成为生命科学研究中的经典分析工具。在系统发育树分析方面，由余光创团队开发的ggtree软件包获得了巨大成功，成为进化生物学、生态学等领域十分重要的分析工具。

本书详细地介绍了使用R语言及相关软件包进行系统发育树分析及可视化的方法。我相信，与书中介绍的各种知名软件包一样，这本书也将成为从事生命科学相关研究的科学家、研究生和生物信息工程师的必备工具，一定能帮助读者更好地绘制属于自己的“生命之树”。

伯晓晨

军事科学院军事医学研究院