第一节 统一的实现
万历十一年（1583年），努尔哈赤以父、祖十三副遗甲起兵，逐渐统一女真诸部，于万历四十四年（1616年）在赫图阿拉举行登基大典，大臣上尊号为“承奉天命覆育列国英明汗”，简称“英明汗”，建元天命。万历四十六年（1618年），努尔哈赤以“七大恨”起兵反明，翌年取得萨尔浒大捷。其子皇太极锐意进取，“己巳之役”重挫明军，统一漠南蒙古，于崇祯九年（1636年）登基称帝，建国号为“大清”，改元为崇德。其后，皇太极亲征朝鲜，取得胜利后，开始全力与明朝进行较量。崇祯十七年（1644年），李自成率军攻破北京，清朝趁机整兵入关，“定鼎燕京”，放眼中原，力图实现“大一统”。经过顺治、康熙、雍正、乾隆四朝的不断努力，终在乾隆二十四年（1759年）以平定大小和卓为标志，实现了“大一统”的目标。
一 入主中原
（一）清军入关
清军入关是决定明末清初政局走向的重大事件，而其中起到关键作用的人物是多尔衮。多尔衮为清太祖努尔哈赤第十四子，万历四十年（1612年）生。皇太极即位时，多尔衮被封为贝勒，在此后数次针对蒙古的军事行动中，均展示出其出色的政治、军事才能，在满洲统治集团中建立了一定的威信。崇德八年（1643年）八月初九日，皇太极病逝，满洲贵族内部围绕皇位继承问题一直争斗不休。多尔衮为了顾全大局，提出拥立皇太极第三子、年仅六岁的福临即位，而以自己和郑亲王济尔哈朗共同摄政，实际掌管政务的方案。多尔衮的这个妥协方案随后为各方接受，皇太极幼子福临继位，改元顺治。清朝内部的权力纷争虽因此得到一定程度的缓解，但是并未彻底平息，只不过是被入关这个目标给暂时掩盖了。
入关是清初政权多年以来的既定目标，皇太极也一直“有志中原”[1]，试图统一天下。天聪七年（1633年）六月，皇太极曾就“征明及朝鲜、察哈尔三者何先”这一问题询问诸贝勒，多尔衮当即奏言：“宜整兵马，乘谷熟时，入边围燕京，截其援兵，毁其屯堡，为久驻计，可坐待其敝。”第二年五月，皇太极进攻明朝，占据保安、朔州等地。[2]祖可法也曾向皇太极谏言：“见今金、汉、蒙古、
喇、灰靶、鱼皮等兵，聚集我国。皇上日有斗金之费，趁此机会可以前进，以成大位，不负已往劳心矣。远者，北京乃是天下之首，得了此地，谁敢不服？近者，山海，得了屯驻兵马，金辽不攻，自然归顺。”[3]此入关目标因明朝的军事抵抗而迟迟未能实现，即便是在松锦决战之后，清军仍无法完全突破明朝的防线。此时的中原地区，由于接连发生饥荒、明朝政府普遍处于瘫痪状态等原因，农民大起义最终大范围爆发。崇祯十七年（1644年）三月十九日，李自成率大顺军攻占北京，崇祯皇帝自缢身亡。与此同时，清朝大学士范文程建议多尔衮等人立即率军入关，进取中原，多尔衮接受了范文程的建议，于顺治元年（1644年）四月初九以大将军的名义统领满洲、蒙古兵的三分之二，“及汉军恭顺等三王、续顺公兵，声炮起行”，[4]举全国之力，从沈阳出发，直奔中原而来。
然而，此时清军入关并非易事，明朝在山海关仍驻守有一支数万人的精锐部队，由吴三桂率领，是明朝在北部地区仅存的一支军事力量。对于吴三桂而言，其已处于大顺军、清军两大势力的夹缝之中，且兵力并不足以单独与其中任何一方正面抗衡，更不用说两面同时作战了，想要自存就只得选择归附某一势力。在此之前，皇太极已于崇德七年（1642年）六月、十一月、崇德八年（1643年）正月等多次颁敕招降吴三桂，均被吴三桂明确拒绝。此时，吴三桂的父亲吴襄已归降李自成，且明朝的文武官吏降者已达3000余人，在几经思考之后，吴三桂决定向大顺投降，将山海关转由李自成派往招抚的唐通镇守，自己则率军前往北京朝见李自成。然而，就在其前往朝见的途中却遇到北京吴府的家人来报，大顺军正在实行向明朝降官追赃助饷的政策，并因此拷掠了其父吴襄，就连爱妾陈圆圆也被大顺将官所夺。吴三桂听闻后愤懑不已，毅然决定中途折返，击败守将唐通，重新夺回山海关。[5]
李自成得知吴三桂降而复叛，便亲率大顺军主力前往山海关，拟再次招降吴三桂，如不从，则武力消灭。同时，将此视为进取中原良机的清军也在急速地靠近山海关。吴三桂自知无法对抗即将到来的大顺军主力，转而求助于清朝，四月十五日，派人到清军营中“泣血求助”，请多尔衮发兵与其合兵进讨“流寇”。四月二十日，清军行至连山，大顺军则已过永平。吴三桂再遣人至清营，敦促多尔衮“速整虎旅，直入山海”，[6]二十一日，大顺军早于清军抵达山海关，向吴军发起攻击。两军昼夜激战，吴军渐渐力不能支，吴三桂再次请求清军参战。多尔衮很清楚当时形势，了解吴三桂的窘境，一直作壁上观，待双方实力大损且吴三桂多次请求参战的情况下，才派清军入关参战。清军的加入，一举改变了战局，李自成大败，撤回北京，清军一路追击，五月初二即达北京，而此时的大顺军早已退至陕西地区。
清军抵达北京之后，就是否迁都北京引发了激烈争论。八王阿济格等反对迁都，认为应趁此机会“大肆屠戮，留置诸王以镇燕都，而大兵则或还守沈阳，或退保山海，可无后患”。但多尔衮认为“先皇帝尝言，若得北京，当即徙都，以图进取，况今人心未定，不可弃而东还”。[7]由此可见，在皇太极时，迁都北京就已成为既定方针，“以图进取”即完成“大一统”目标。最终摄政和硕睿亲王多尔衮与诸王贝勒大臣等商议后，决定迁都北京，并遣辅国公吞齐喀等人向顺治皇帝奏言：“仰荷天眷及皇上洪福，已克燕京，臣再三思维，燕京势踞形胜，乃自古兴王之地，有明建都之所。今既蒙天畀，皇上迁都于此，以定天下，则宅中图治，宇内朝宗，无不通达，可以慰天下仰望之心，可以锡四方和恒之福，伏祈皇上熟虑俯纳焉。”[8]
九月，顺治皇帝抵达北京，十月初一日举行登基大典，“仍用大清国号”，并以“‘顺治’纪元”[9]，此举具有重大意义，标志着清朝成为继明朝之后的全国性政权。
（二）中原一统
顺利入关、迁都北京仅是清朝实现“大一统”的第一步，具备了统一全国的先决条件。当时的中国形成了清、大顺、大西、南明等政权同时并存的格局，而清朝在军事、经济等实力上并不占据优势。清朝统治者决定采取逐个击破的策略，先行解决退据西北的大顺政权，再挥师南下。而大西和南明政权君臣苟且偷安的侥幸思想也使得清朝的这一策略能够顺利实施。
顺治元年（1644年）夏季以后，河南成为大顺、清朝和南明争夺的焦点地区。此前大顺已在该地遍设官员，但是在其西撤之后真正能够控制的只有豫西地区。清朝乘虚而入，在稳固对畿辅地区统治的同时，把势力扩展到河南北部，控制了黄河以北的怀庆、彰德、卫辉三府，并立刻委任官员对其进行统治。
尽管南明一再致书清廷，试图“联虏平寇”，但是清朝并没有任何与南明联合的意图，反而多次否定南明政权的合法性，要求其无条件归降。顺治元年七月二十七日，多尔衮在给史可法的信中指责、讽刺南明遗臣无力铲除“闯贼”，为君父复仇，并劝其放弃国号，否则将率军剿灭，其言：“今若（南明）拥号称尊，便是天有二日，俨为劲敌”，并威胁讨伐之。[10]
不过南明与清之间的确在数月内没有爆发大规模战争，此时清军主力正在追剿大顺军。顺治元年十二月，清军追至陕州。二十九日，极具战略决战意义的潼关战役开始，大顺军主将刘宗敏先战，失利。顺治二年（1645年）正月初四，刘芳亮领兵千余人窥视清营，被清军护军统领图赖等人率军击退。李自成听闻败讯，亲自率领马、步兵迎战；清朝调集镶黄、正蓝、正白三旗兵协力并进，全歼李自成所率步兵，骑兵也各自奔窜。初五、初六夜间，李自成部率众进犯，均被清军所败。十一日，清军进逼潼关口，以红衣大炮轰击城墙，大顺军震恐，清军“相继冲入，诛斩无算”，李自成见势只得率军撤回西安。十二日，护军统领阿济格、尼堪等领兵渡潼关濠口，大顺军望风奔溃，潼关守将马世尧率所部七千余众迎降，潼关失守。十六日清军自潼关起行，十八日师至西安，而李自成自知无法抵御，早已于十三日焚其宫室，带领兵马、部分文职官员、家属和财物由西安经蓝田、商洛向河南撤退。[11]
顺治二年（1645年）正月十八日，清军多铎部占领西安。不久，阿济格部也到达西安。鉴于此时大顺军已多次兵败，势穷力弱，多尔衮决定派遣多铎部南下，攻取南京，由阿济格部继续负责追剿大顺军。大顺军放弃西北地区南撤之后，李自成率领的主力部队大约在三月下旬到达湖北襄阳一带。当时，其麾下共有士卒二十万，其中十三万是从西安、河南带来的部队，另有七万是原先部署在襄阳、承天、德安、荆州四府所属各州县的守兵。李自成试图以此二十万兵力攻取南京，水陆并进。而清军也分水陆两路进行追击，两军屡次激战，清军大胜，“降者抚之，拒者诛之，穷追至贼老营”。[12]五月初，李自成行至湖北通山县境内九宫山，为了制定接下来的行军路线，亲自带领少数卫士勘探地形，却突然遭到地方地主武装的袭击，身边仅有义子张鼐和二十余名士卒，在混战之中，李自成被击杀。李自成的死亡也标志着大顺政权的最终覆灭。[13]
大顺政权覆灭后，清军压力缓解，可以腾出手来攻打南明政权和张献忠的大西政权。
实际上，在追剿大顺军的后期，摄政王多尔衮即着手部署主力南下，调集三路大军进攻南明弘光朝廷。面对南下的清军，南明军队却显得毫无战意，不少将领在两军刚一接触便不战而降。四月二十五日，多铎部攻破扬州城，南明督师史可法因拒绝投降而被杀，扬州兵民尽被屠戮。五月初五日，清军进抵长江北岸，初十日，弘光皇帝仓皇逃离南京，十七日，清军顺利占领南京。十八日，清军占领徐州，并迅速接管了邳州、宿迁、睢宁、沭阳、桃源、清河等地。
五月中旬，出逃的弘光皇帝行至芜湖投奔黄得功部，不久后便被南明叛军活捉献给了清朝。六月初七日，南明群臣朝见邹太后（弘光皇帝朱由崧嫡母），请命潞王监国。随即，邹太后下发懿旨由潞王朱常淓在杭州监国。然而，六月十一日，清兵进抵钱塘江西岸，逼近杭州，马士英、阮大铖、朱大典等南明官员争相逃离，朱常淓也决意奉表降清。六月十四日，清军便顺利占领杭州。南明再一次面临择君即位的问题，闰六月二十七日，唐王朱聿键在福州称帝，改元隆武。隆武朝廷建立后，颁诏各地，得到了两广、赣南、湖南、四川、贵州、云南部分地区的承认。七月四日，清军破嘉定城大开杀戒，是为“嘉定三屠”。
顺治三年（1646年）二月十九日，清廷命多罗贝勒博洛为征南大将军，同固山额真图赖领兵南下，进攻浙江、福建。[14]五月十五日，博洛统率的军队经由苏州进抵杭州，随后兵分两路进攻，南明在钱塘江部署的防线顿时瓦解，各部明军损兵折将，纷纷逃窜，清军成功占据浙东地区的各府县，不久之后，郑芝龙等人便相继降清。
顺治三年（1646年）三月二十四日，清军攻克吉安，随即向赣南地区推进。六月初八日，清军前锋便已抵达赣州城下。由于赣南地区东连福建、西接湖南、南临广东，具有非常重要的战略地位，隆武政权也极力想挽救危局，但由于部署不当，赣州很快失守。八月二十七日，隆武皇帝到达福建汀州，次日被清军截杀。隆武朝覆亡。
为了加快统一的进度，八月十五日，清朝再次向南方地区增兵，任命恭顺王孔有德为平南大将军，与怀顺王耿仲明、续顺公沈志祥、右翼固山额真金砺、左翼梅勒章京屯泰一起统兵南下，进攻湖广、两广地区，并下发谕旨：“尔等同爵，今在军中不可不立主帅，同去王公、诸将等，凡事悉听恭顺王令行。”[15]次年二月，孔有德率军抵达湖南，几乎没有遇到任何抵抗就占领了湖南大部分地区。
九月，隆武皇帝遇害的消息传到湖广、广东、广西等地，再一次在南明官绅中引发了恐慌。十月十四日，桂王朱由榔在群臣的拥戴下进行监国，这便是永历政权。朱由榔在当时得到了大多数南明官绅的支持，但是与之同时建立的还有绍武政权，由大学士苏观生等人拥立的唐王朱聿鐭称帝，形成了争立的局面。这就给了清军可乘之机，绍武政权在永历朝和清朝的夹击之下很快覆灭，仅存在一个多月。永历皇帝也陷入危局，在清军的围追堵截之下，数次移跸，最终只得暂时驻守肇庆。
顺治六年（1649年）五月十九日，清廷下诏改封恭顺王孔有德为定南王、怀顺王耿仲明为靖南王、智顺王尚可喜为平南王，由三王统兵南下。令定南王孔有德率兵征广西；靖南王耿仲明、平南王尚可喜率兵前往征广东。[16]在南下的途中，有满洲官员揭发耿仲明、尚可喜收留“逃人”一千多名，触犯了清朝的“窝藏逃人法”，耿仲明畏罪自杀。清朝改由耿仲明之子耿继茂统率靖南王旧部，受尚可喜节制。
顺治七年（1650年）正月初三日，尚可喜、耿继茂率领清军由南雄出发，初六日抵韶州府，明守将弃城南逃，清军未遇抵抗便占领韶州。见此，朱由榔不顾群臣的反对，逃往梧州。十一月初二日，清军占领广州全城，此时，孔有德部也已经占领桂林。面对此局势，朱由榔只得带领少部分朝臣再次逃亡，部分坚持抗清的南明将领不得不退守广东、广西沿海地区。
此时一度经营云南、四川的大西政权在孙可望的率领下，决定联明抗清，奉永历朝为正统。大西政权内部此时也有深刻变化。顺治三年（1646年），多尔衮派肃亲王豪格领兵赴四川征讨张献忠部，“鳌拜等奋击，大破之，斩献忠于阵”[17]，此后，大西军由张献忠的四个养子孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇统领，但孙可望野心最大，试图“挟天子以令诸侯”，以永历皇帝为傀儡，达到其独断专行的目的。
顺治六年（1649年），孙可望派白文选率部进入贵阳；顺治七年（1650年），孙可望进至贵州铜仁，控制了贵州全境。然而，此时永历政权却在清军的猛烈攻势下岌岌可危，顺治八年（1651年），孙可望派遣贺九仪等率军赶赴南宁，护卫永历皇帝。十二月，南宁失守，永历皇帝只得暂驻贵州安龙府。但是，孙可望并不甘心对朱由榔俯首称臣，仅是想利用南明的号召力巩固自己的权力，实现专断独行的目的。这就与大西将领李定国、刘文秀等人存在激烈冲突，南明再次陷入内乱。顺治九年（1652年）春，清廷命定南王孔有德由桂林出河池，进攻贵州，命吴三桂进攻川南，对大西军形成两面夹击之势。但孔有德部进攻极不顺利，大西军在猛将李定国的率领下，不断对清军进行打击，并在七月初四日，攻取桂林，孔有德自焚而死。吴三桂部进展较为顺利，由于大西政权北路军主将刘文秀轻敌，于顺治九年十月在四川被吴三桂击败。孙可望趁机削夺刘文秀爵号，并拆散其部队，引起大西军诸将的不满。李定国立下赫赫战功，更引起孙可望的猜忌。顺治十四年（1657年）八月初一日，孙可望在贵阳誓师，亲自统率十四万兵马向云南进发，以白文选为征逆招讨大将军，由冯双礼留镇贵阳，欲图一举击败李定国等人。最终在李定国、刘文秀的联合攻击之下，孙可望大败，归降清朝。
南明的内乱和孙可望兵败降清，成为清朝进军西南、实现统一的良机。顺治十四年（1657年）十二月十五日，清廷正式下达三路进军西南的诏谕：其一任命平西王吴三桂为平西大将军，与固山额真墨勒根、侍卫李国翰率领所部由陕西汉中南下四川，进攻贵州；其二任命原定驻防江宁的固山额真赵布泰为征南将军，统兵南下湖南，由经略洪承畴拨给部分汉兵，取道广西，北攻贵州；其三任命固山额真、宗室罗托为宁南靖寇大将军，同固山额真济席哈等统兵前往湖南，会合洪承畴节制的汉兵一道由湖南进攻贵州。三路大军的进展都极为顺利，在顺治十五年（1658年）五月时，清军已占领了贵州的大部分地区。
顺治十六年（1659年）正月初三日，清军未遇抵抗即占领昆明，朱由榔流亡缅甸。顺治十七年（1660年）八月，在平西王吴三桂的请求下，清廷决定出兵缅甸，逼迫缅甸交出明永历皇帝，并试图消灭在云南边境地区继续抗清的李定国军。缅甸国王闻讯极为恐慌，于顺治十八年（1661年）十二月初一日执送朱由榔于军前。至此，永历政权覆灭。清朝也基本实现了对中原地区的统一。
二 康雍乾三朝的统一实践
顺治朝长达十余年的军事行动虽然剪除了当时中原地区能够极大威胁清朝实现“大一统”的主要势力，但是并未就此彻底消除影响统一的势力，特别是西南、台湾、新疆、西藏、外蒙古等边疆地区仍存在不小的隐患。随后的康熙、雍正、乾隆三朝均为此付出了巨大的努力，最终不仅得以维护中原一统的前期成果，而且进一步拓展了版图，完成了“大一统”的目标。
（一）平定“三藩”
清军入关前后，南明曾先后有几个藩王争立政权，清朝还曾以高官厚禄为条件招抚了大批明朝将官，清朝文献中以“前三藩”“后三藩”来指代这些手握重兵的藩王，即“国朝兵事大者曰前三藩、后三藩。前三藩：明福王、唐王、桂王也；后三藩：平西王吴三桂、平南王尚之信、靖南王耿精忠也”[18]。
清朝攻取西南和东南地区之后，派军驻守，吴三桂镇守云南，尚可喜镇守广东，耿仲明之孙耿精忠镇守福建，均统有数万精兵，由朝廷供给薪俸、军饷，巨额的俸饷开支给清朝的财政造成了巨大的压力。顺治十七年（1660年），据户部统计，平西王每年所需俸饷九百余万，再加上平南王、靖南王每年所需，“三藩”每年共需俸饷二千余万，以至于“天下财赋半耗于三藩”[19]。为了节省开支，朝廷提议召还满洲兵，裁撤部分绿营兵，均被吴三桂以“边疆未靖，兵力难减”为由加以拒绝。
康熙皇帝对“三藩”势力洞若观火，他早有裁撤“三藩”的决心，自年少时就认为“三藩”不可不撤，亲政以后，他以“三藩及河务、漕运为三大事，夙夜廑念，曾书而悬之宫中柱上”[20]。康熙十二年（1673年）三月，尚可喜奏称因年老多病，愿归老辽东，并请留其子尚之信袭爵镇守广东。尚可喜的请求，为康熙皇帝提供了撤藩契机，康熙皇帝毅然决定撤藩，令其回籍。
吴三桂、耿精忠二藩对尚可喜被撤藩一事深感不安，被迫于康熙十二年（1673年）七月“疏请撤兵，以探朝旨”。吴、耿二藩，尤其是吴三桂要求撤藩，使清廷内部发生了分歧。以大学士索额图为主的多数大臣不同意撤藩，认为吴三桂镇守云南以来，“地方平定，总无乱萌”，如果令其迁移，沿途地方的民户势必受到骚扰，另外“滇、黔、苗、蛮反侧，若徙藩必遣禁旅驻防”[21]，开销花费众多，不如仍令吴三桂镇守云南。而唯有户部尚书米思翰、兵部尚书明珠、刑部尚书莫洛等官员“力请徙藩”，认为应该“将王（指吴三桂）本身并所属官兵家口，均行迁移，在山海关外，酌量安插”。[22]康熙皇帝进行最后决策，他深感“藩镇久握重兵，势成尾大，非国家利”[23]，决意撤藩。随后派遣折尔肯、傅达礼前往云南，梁清标前往广东，陈一炳前往福建，办理撤藩事宜。
吴三桂撤藩之请本就虚情假意，主要目的在探听虚实，见朝廷决意撤藩，便决定造反。康熙十二年（1673年）十一月二十一日，吴三桂起兵，扣留折尔肯、傅达礼等，并杀害云南巡抚朱国治，囚禁按察使以下不肯屈服的大小官员，自称“天下都招讨兵马大元帅”，改明年为周王元年，“蓄发易衣冠，旗帜皆白”。贵州巡抚曹申吉、贵州提督李本深、云南提督张国柱皆发兵响应吴三桂，而云贵总督甘文焜在贵阳听闻变故，试图派兵拒守，但所属绿营兵皆不为所动，仓促间只得带领骑兵十余名赶往镇远，十二月初八日抵达镇远府镇远桥，当地守将却早已归降吴三桂，甘文焜被围，自刎身亡。[24]
康熙十三年（1674年）春，吴三桂派兵攻占湖南，很快攻陷岳州、澄陵、衡阳等地。广西将军孙延龄、四川巡抚罗森等先后起兵响应；当年三月，耿精忠据福建反清；十二月，陕西提督王辅臣在吴三桂的诱引下反清，并迅速占据汉中、兴安之地，阻绝川陕栈道。如此一来，陕西、甘肃、四川、湖南、云南、贵州等省在数月之内均被吴三桂控制。
面对吴三桂、耿精忠的叛乱，部分清朝廷臣陷入恐慌，大学士索额图等人仍旧认为此叛乱是因撤藩所致，主张处死建议撤藩的官员，以此平息叛乱。然而，康熙皇帝断然拒绝了该请求，对群臣言：“此（撤藩）出自朕意，伊等何罪？”“朕自少时，以三藩势焰日炽，不可不撤，岂因吴三桂反叛遂诿过于人耶？”[25]显示其具有过人的政治担当和杰出的政治决断力。
得知吴三桂起兵后，康熙皇帝一方面公布吴三桂的罪状，处死其在京的儿子，另一方面对尚、耿二藩加以招抚，对其停止撤藩，并表示“精忠在京诸弟，照旧宽容”。甚至在此后耿精忠、王辅臣、尚之信等响应反清时，康熙皇帝仍旧对他们持招抚态度，对外宣称他们的变乱只是“无知被惑”，并称“朕之待尔，始终不渝，必不食言”。招抚政策对于清朝平定“三藩”之乱有着不小的作用，极大地缓解了前线的军事压力。
清朝从一开始便决定以主要兵力应对吴三桂的反叛，康熙皇帝迅速调集兵马，抢占战略要地。首先下令由前锋统领硕岱率兵兼程赶往“咽喉要地”荆州，并进据常德，在此建立防线，以遏吴三桂势力，稳住民心。为输送官兵、转运军需物资，清朝派遣户部官员于“每日宿处”备齐草豆，以使官兵快速进军。四川对于进取西南、防止吴三桂北上有着重要的战略意义，康熙皇帝便命西安将军瓦尔喀进驻四川，抢占四川的险隘要地设防。在清朝偏沅巡抚卢震弃长沙奔赴岳州后，康熙皇帝于康熙十三年正月派都统觉罗朱满领兵赶赴武昌，令其不必轻易出战，仅需固守该地，特下谕旨曰：“朕念武昌重地，不可不豫为防守，尔可率兵即往。如有贼至，务期保固地方；贼势倘众，勿轻与战。或武昌无警，即于岳州以北水路要地驻防。”[26]对于江南地区，康熙皇帝也做了一定的军事部署，命江宁将军额楚、镇海将军王之鼎各遣副都统一员，领兵千名，由水陆分路防守江南上游要地安庆，以防止吴三桂军顺流东下攻掠江南。江西东接福建、南界广东，西通湖广，为三省要地，为了防守江西，康熙十三年二月，康熙皇帝命副都统根特巴图鲁、副都统席布率兵速赴江西省城。正是由于清朝及时控制了各处战略要地，屯以重兵，清军才能将“三藩”和王辅臣的军队控制和隔绝在一定的范围内，有利于分而攻之。
康熙十三年四月，吴三桂在攻克湖南和四川后却转而试图与清朝划江而治，下令诸将“毋得进兵”，并送还了大臣折尔肯、傅达礼，企图压迫康熙皇帝和谈。双方陷入了短暂的僵持，就在此时，达赖喇嘛于康熙十四年（1675年）四月向康熙皇帝进言：“若（吴）三桂力穷，乞免其死罪；万一鸱张，莫若裂土罢兵。”康熙皇帝对此极为不认可，其言：“朕乃天下臣民之主，岂容裂土罢兵？但果悔罪来归，亦当待以不死。”[27]
当时各地叛军情况不一，有的叛军将领犹豫不决，康熙皇帝采取招抚为主、进剿为辅，并分而击之的方略，试图各个击破。
在广东地区，平南王尚可喜从战争一开始就坚定地效忠清朝，无奈他在激烈的战争中，精力日趋不济，逐渐无力统筹战事，广东地区的军事形势迅速恶化。其子尚之信趁机夺取权力，后在吴三桂的策反之下加入反清阵营。
在西北地区，清廷已数次招降在陕西反叛的王辅臣，并对“已往之事，一概不究”。王辅臣便于康熙十五年（1676年）清朝进军平凉时，率众出降。随后，清朝又派遣张勇屯兵甘州，进行防御，以防吴三桂与青海多尔济勾结，如此一来，清朝便基本平定了陕甘地区。
在东南地区，清军需要应对的就是耿精忠的叛乱。在吴三桂起兵两个月后，耿精忠将福建总督范承谟幽禁于福州，举兵叛乱，自称总统兵马大将军，分兵攻取衢州、温州、处州等地。康熙十三年六月，清廷遣奉命大将军杰书和宁海将军、固山贝子傅喇塔等南下浙江，不久便收复台州、处州府城。此后，虽然清军接连取得了不少战役的胜利，但是由浙江至福建的三条通道均被耿精忠屯以重兵，清军久攻不下，难以进取。
康熙十五年六月，清廷谕令奉命大将军杰书、宁海将军、固山贝子傅喇塔、浙江总督李之芳全力进军福建，“速剿闽寇，酌量招抚，勿坐失事机”[28]。七月，杰书在攻打衢州大溪滩后取道仙霞关、傅喇塔从处州攻取石塘岭，两军同时向福建进发。八月二十一日夜，傅喇塔率军对石塘岭的驻军发起猛攻，“三更至桑岭、张村口，伐木取路，五鼓已抵贼营”，耿精忠部猝不及防，争相逃亡，清军于是连破九寨；随后，耿精忠部重整队伍再战，傅喇塔亲自督战指挥，“乘势渡河，奋勇追击，焚贼营七，破贼栅二十八”，此战共斩首耿军七千余人，生擒将官四十九人。[29]石塘岭重创了耿精忠军，“贼为气夺”，九月二十七日，耿精忠便宣布投降，福建为清军收复。
耿精忠降清之后，康熙皇帝决定对其既往不咎，清朝的这一态度极大地影响到了尚之信。尚之信投降吴三桂后，并未真正得到吴三桂的信任。吴三桂仅是将其视为自己的藩属，屡次向广东地区征派粮饷，并任命自己的亲信董重民为两广总督，冯廷为广东巡抚，派遣马雄领兵进驻肇庆。吴三桂的所作所为引起了尚之信的极大不满，双方矛盾加剧。康熙十五年（1676年）十二月初九日，尚之信遣人至军前乞降。康熙皇帝降旨“将尔已往之罪，并尔属下官兵，概行赦免，倘能相机剿贼，立功自效，仍加恩优叙。尔当益竭悃诚，勉图后效，以副朕始终曲全至意”。[30]康熙十六年（1677年）三月，尚之信正式向清朝纳款投诚。
尚之信乞降后，清廷加紧了对广西孙延龄部的招抚，然而，孙延龄却因与吴三桂存在嫌隙，在康熙十六年（1677年）十月被吴三桂的兄孙吴世琮诱杀，得知此消息，清廷于康熙十七年（1678年）三月晓谕招抚广西各将官，孙延龄旧部孙彦明、徐洪镇等人归降，清朝逐渐恢复对广西的控制。
吴三桂在失去了陕西、福建、广东的援助之后，其势已只余云、贵、四川和湖南四省。康熙十六年（1677年）初，清军对湖南、四川、云贵已成合围之势，吴三桂只得由长沙退居湘潭，再加上长期战乱，吴三桂已面临府库空虚、军需拮据的窘况。为了维系人心，吴三桂于康熙十七年（1678年）三月在衡州（今衡阳）称帝，宣告改元“昭武”，以衡州为定天府。八月，清朝征南将军穆占接连攻破永兴、茶陵、安仁等城，兵逼衡州。吴三桂试图将云贵等地大军尽行调出，增援湖南，然而八月十七日，吴三桂却患赤痢而死，形势朝着向清朝有利的方向迅速发展。
康熙十七年（1678年）十一月，吴三桂孙吴世璠在云南即位，改元“洪化”。康熙十八年（1679年）初，清军先后攻占了岳州、长沙、衡阳，数月之后，湖南、广西、四川基本大局已定。清朝随即着手部署进兵云贵地区。康熙十九年（1680年）二月，清朝下令四川所在清军“乘此机会，速定云贵”，由将军吴丹、云贵总督赵良栋等人统领；二月初七日，又令“广西满洲、绿旗大兵休息日久，亦当乘机速进”，由简亲王喇布、将军莽依图等人领兵分道进取云贵；十一月，进取贵州的清军在攻占安顺、石阡、都匀、思南等府之后，也得以继续西进，与四川的清军、广西的清军一起并进，对云南形成了三路大军的合围之势。康熙二十年（1681年）二月，广西、湖广两路大军会师云南曲靖，合兵西进，开始围攻昆明。九月，勇略将军、云贵总督赵良栋在完成追剿四川叛军的任务之后，率宁夏等西北官兵抵达昆明，至此，清朝三路大军均已会师云南昆明。十月初八日，清军奉旨攻城，在围攻二十日之后，吴将纷纷出降，吴世璠自杀。
“三藩”之乱从康熙十二年（1673年）十一月起，至康熙二十年（1681年）十一月止，长达八年之久，波及八省之广，至此终于平定。
（二）统一台湾
自古以来，台湾与大陆民众就有很多交往。在长达千年以上的历史中，大陆断断续续派出的官员、军队以及出海的商人、渔民同岛上的居民都有过接触，福建沿海的居民移居澎湖、台湾的人数也逐渐增多。元朝和明朝在澎湖设立了巡检司，派驻军队，负责澎、台防务。万历三十二年（1604年）荷兰殖民者一度占据澎湖，被明朝都司沈有容率兵驱走。天启二年（1622年）七月，荷兰殖民者再次占领澎湖，在主岛上建立堡垒作为侵华基地。
顺治十八年（1661年）二月至五月，郑成功率军成功驱逐了荷兰殖民主义者，进驻台湾。郑成功死后，其子孙继续据守该地，共经营台湾长达23年。在此期间，因清朝忙于统一大陆，对郑氏集团主要施以招抚政策，但前期郑氏集团提出“仿朝鲜例”，不削发，不登岸，只是称臣纳贡，遭到清朝的反对。康熙皇帝说：“至于比朝鲜不剃发、愿进贡投诚之说，不便允从。朝鲜系从来所有之外国，郑经乃中国之人。若因居住台湾，不行剃发，则归顺悃诚，以何为据？”[31]清廷招抚未果。
康熙十二年（1673年），“三藩”之乱爆发，郑成功之子郑经乘机西进，先后夺取福建、广东七府之地。随后，清军大举反攻，郑经所得七府之地尽失，又退回厦门固守。康熙十六年（1677年）四月，清康亲王杰书遣使至厦门招抚，劝郑经“归顺本朝，共享茅土之封”，郑经不从，仍以“若照高丽、朝鲜例，则可从议”答复。七月，康亲王急于恢复沿海地方，就将郑经的归降条件上报朝廷，清廷此次做出让步，同意按“朝鲜事例”进行招抚。于是，康亲王再次遣人至厦门招抚，要郑经让出沿海各岛，东归台湾，彼此罢兵息民。郑经却又提出双方“各守岛屿”，拒不退出沿海诸岛，且请“四府裕饷”，即要清朝划出四府之地资给其大军所需的粮饷，乃肯罢兵息民。[32]郑经这次提出的条件，清朝无法接受，致使谈判无果而终。
康熙十九年（1680年）二月，清军攻克海坛、海澄，水陆并进，直逼厦门。郑经只得率军撤回台湾，沿海诸岛悉为清朝所有。郑经自大陆败归后，部将多有投降清朝者，台湾内部的局势也渐趋紧张。康熙二十年（1681年）正月，郑经死，集团内部又发生嗣位之争，侍卫冯锡范等人合谋袭杀郑经长子，拥戴郑经次子——年仅12岁的郑克塽嗣延平王位，仍称招讨大将军世子。
自郑经死后，主幼内虚，内外交困，兵民离心，台湾郑氏集团处于风雨飘摇之中，这对清朝来说正是武力进取台湾的良机。但是，对于是否武力统一台湾，清朝君臣却陷入争论。不少官员惮于海上用兵，认为台湾横绝大海，海上风涛不测，郑氏负固据守，如果兴兵冒险攻取，未必有制胜把握。因而当时“台湾难攻”“台湾不可取”之论甚盛，所谓“议者皆以为台湾实难攻克”“台湾之役，人皆谓不可取”。其时，主张台湾可取者唯有姚启圣、施琅及李光地等人。先是姚启圣积极主张攻打台湾，康熙十八年（1679年）九月，姚启圣即上疏呈请，建议清军克复金、厦两岛之后，乘胜直捣台湾。后来清军取金、厦两岛后，姚启圣又于康熙十九年（1680年）八月复疏言请，应乘胜进取澎湖、台湾，并“必欲亲率舟师剿灭台湾”。在探知郑经已死之后，康熙二十年（1681年）五月，姚启圣又“上疏请攻台湾”。同时，内阁学士李光地亦“奏台湾可取”。六月，康熙皇帝听闻郑经已死，在综合研判后，遂下定决心以武力攻取台湾。
攻取台湾取决于水战，水师提督一职责任至重，但现有福建水师提督万正色却上奏称“台湾断不可取”，康熙皇帝便有意另择人选担任水师提督一职。姚启圣就此曾多次上疏，一再推荐施琅，认为其可堪此任。李光地也曾向康熙皇帝举荐施琅。于是，康熙二十年（1681年）七月，康熙皇帝遂命施琅为福建水师提督。自此姚启圣与施琅便共同负责攻取台湾之事。
康熙二十年（1681年）十月，施琅抵达厦门，开始检视军务，整船练兵。他认为兵不在多而在精，“挑选精兵二万有奇，大小战海三百号，尽堪破贼”。[33]由于姚启圣、施琅在此后的两年间渐生嫌隙，为避免作战时互为掣肘，康熙皇帝决定给予施琅领兵专征之权，姚启圣则负责议定招抚事宜。康熙二十二年（1683年）六月十四日，施琅统领大小战舰三百艘，水师二万余人，自铜山出海，十五日抵达澎湖，停泊于南面诸屿。郑氏大将刘国轩亲守澎湖，驻扎娘妈宫，有大小战船二百余艘，兵士二万余人，修筑炮城、炮台十数座，守御甚严。唯南面诸屿有礁石沙线，仅设哨船，守兵无几，所以施琅所率船只得停泊于此。十六日，施琅进攻澎湖岛，稍受挫。当时有澎湖六月多飓风之说，俗云“六月三十日有三十六飓”。刘国轩有恃于此，部将屡请乘隙出击，而皆不允，下令唯谨守门户而已。因而，刘国轩始终在等候风起，而不主动出击，这就给了施琅窥探形势、从容布兵的机会。
澎湖六月每多飓风确实是常例，但是事情总有例外，刘国轩所期待的飓风并没有如期而至。施琅所率船只在海上停泊数日，竟然浪静风恬，安然无恙。至二十二日，施琅已部署完毕，便大举进攻澎湖岛，与刘国轩决战。船队分为三路进攻，经过激烈战斗之后，刘国轩大败，几乎全军覆没，大小战船被焚被获者一百九十余只，兵士死亡者一万二千余人，投降者四千八百余人，其仅率残部突围，退归台湾。施琅率领的清军大获全胜。施琅在攻克澎湖后，一方面张贴告示，以安民心，休劳将士，整顿军队；另一方面加紧修葺船只，准备一鼓作气进取台湾。
而郑氏集团在经历澎湖一战之后，精锐丧尽，军民异心，诸将多有思叛者。且澎湖素为台湾之门户，门户既破，台湾岛便岌岌可危。刘国轩见大势已去，便决意向清朝投降，并派兵监视郑氏统治集团，郑克塽、冯锡范等人也只得上表投降。由此台湾平定。
然而，清朝既得台湾却又对其价值认识不够充分，以至于朝廷内部出现了台湾弃守之争。其时，朝臣多主张将台湾居民尽行迁回大陆，放弃台湾，仅守澎湖。作为统一台湾的功臣，施琅再次力排众议，在康熙二十二年（1683年）十二月上《陈台湾弃留利害疏》[34]，直言台湾必守而不可弃，其立论主要有以下三点：其一，台湾在海防上极其重要，实乃大陆东南半壁之屏障，关乎东南沿海数省之安危，“此诚天以未辟之方舆资东南之保障，永绝边海之祸患，岂人力所能致哉？”其二，将居民尽数迁徙不仅耗时费力，且关乎民众生计，难免使其失业、流离失所，“今台湾人居稠密，户口繁息，农工商贾各遂其生，一行徙弃，安土重迁，失业流离，殊费经营，实非长策。况以有限之船渡无限之民，非阅数年难以报竣，使渡载不尽，苟且塞责”。其三，台湾为荷兰所窥视，弃之必为其所据，将遗祸于沿海各省，“此地原为红毛住处，无时不在涎贪。该夷赋性狡黠，所到之处善为鼓（蛊）惑人心，重以夹版船只，制作精坚，从来无敌于海外。未有土地可以托足，尚无伎俩，若坐弃数千里之膏腴，以资其停泊，必倡合党与窃窥边场，逼近门庭，沿边诸省断难晏然无虞”。施琅此疏极其重要，其所论事理足以令人信服，因而此疏一出，影响极大，朝议为之一变，施琅的建议终被采纳，弃守之争结束，台湾得以保全。
清朝在台湾设一府三县——台湾府和台湾、凤山、诸罗三县，隶于福建省，并在台湾设总兵一员，驻兵八千，在澎湖设副将一员，驻兵两千。
台湾重新回到祖国统一的多民族大家庭中，是清朝完成“大一统”目标的关键一步，具有重要意义，对于台湾的经济社会发展也有重要意义，从此，台湾进入发展的快车道。
（三）统一漠北蒙古
漠北喀尔喀蒙古，为元太祖后裔，“以在漠北，故谓之外蒙古”[35]，初有三部，即土谢图汗部、车臣汗部、扎萨克图汗部，后于雍正三年（1725年）设立了赛音诺颜部。漠北喀尔喀蒙古虽然同出一源，但并无汗号，16世纪末17世纪初，因为藏传佛教的传入等因素，促使喀尔喀三汗的登场，造成三汗鼎立的局面。[36]
清朝极为重视蒙古地区，清太宗崇德元年（1636年）统一漠南蒙古地区后，虽然把注意力集中到了中原地区，但一直对漠北喀尔喀部进行渗透。崇德三年（1638年），清廷诏喀尔喀部 “岁贡白驼一、白马八，谓之‘九白之贡’”[37]，以象征性的姿态表明喀尔喀部的臣服。但喀尔喀部试图抵抗，崇德五年（1640年），联合盘踞在今天新疆的漠西蒙古卫拉特部，制定了《蒙古卫拉特法典》。清廷入关后，喀尔喀部于顺治三年（1646年）策动漠南蒙古苏尼特部首领腾机思反叛，清廷派豫亲王多铎进剿，腾机思失败后逃往喀尔喀部，土谢图汗衮布等派兵五万余援助腾机思，不想很快崩溃。这次抵抗失败使得喀尔喀蒙古认识到了清朝的强大，纷纷遣使谢罪。顺治十二年（1655年），清朝在喀尔喀分左右翼设立八扎萨克，这为此后在喀尔喀部设立盟旗制度奠定了基础。但是“八扎萨克与九白年贡，象征着清朝和喀尔喀之间具有了名义上的而不是实际的臣属关系”。[38]
实际上，这一时期的清朝面对全国各地的抗清势力，实行的是剿抚并举、以抚为主的策略。顺治九年（1652年），五世达赖喇嘛赴京，顺治皇帝待之优隆，达赖喇嘛返回时，又按照前朝模式，遣官封赐达赖喇嘛。这一行为对信仰藏传佛教格鲁派的漠北喀尔喀蒙古来说造成了震动。顺治十四年（1657年），顺治皇帝遣官赍敕，谕喀尔喀部落车臣汗、土谢图汗、丹津喇嘛、墨尔根诺颜等：“朕观尔等审知天命，凡一诏下，靡不敬从……每年贡献方物，遣使来朝，朕甚嘉悦……自兹以往，其益加恪顺，以效忠贞……以慰朕柔远至意，果中诚罔懈，以获天眷，以承国恩，奕世永享太平之福矣。”[39]清朝的这个政策起到了效果，喀尔喀每岁朝贡，态度恭谨。
促使清朝彻底统一喀尔喀的，是喀尔喀部的内乱，以及漠西蒙古准噶尔部的东侵。17世纪50年代末期，随着老一代部长们的辞世，喀尔喀各部之间因为争夺游牧地、汗位、人畜等发生内乱，征战不已。盘踞在今天新疆的准噶尔蒙古此时已经崛起，并占据了天山南北，其领袖噶尔丹试图利用喀尔喀的内讧，以武力征服喀尔喀蒙古，以与清朝抗衡，甚至挺进中原。
康熙二十七年（1688年）初，土谢图汗之子噶尔旦多尔济击杀了噶尔丹胞弟多尔济扎卜，这为噶尔丹入侵喀尔喀提供了极好的借口，噶尔丹由此引兵三万，进攻土谢图汗的儿子噶尔旦多尔济。噶尔旦多尔济率五千人迎战，在忒木尔地方被噶尔丹打败，噶尔旦多尔济仅以身免。
噶尔丹又派遣其侄子丹津俄木布、丹济拉、杜噶尔阿喇布坦率领另一支军队直取左翼的额尔德尼召，并占领土谢图汗的驻地。土谢图汗向南移至翁音，外蒙古宗教领袖哲布尊丹巴偕土谢图汗之妻子、儿女、喇嘛及下级僧侣共三百人仓皇出逃夜遁至额古穆台地方。[40]准噶尔军放火焚烧了额尔德尼召，并将典籍佛像毁坏殆尽。噶尔丹东趋克鲁伦河，追击到车臣汗部境内，车臣汗部众一触即溃，舍克鲁伦河南向内蒙古苏尼特奔逃而来。准噶尔的进攻使喀尔喀部纷纷南逃，“三部落数十万众瓦解，先后东奔”[41]，各部“弃其庐帐、器物、马驼牛羊，纷纷南窜，昼夜不绝”[42]。
康熙皇帝在得知这个消息后，在严密观察态势并加强边塞地方防守的同时，积极思考应对之策，以图局势向利于清朝的方向发展。一开始康熙皇帝的策略是请达赖喇嘛尽快派人到噶尔丹和土谢图汗处斡旋，以不发动战争、维持现状为要，但为时已晚，面对喀尔喀节节失败的现状，康熙皇帝下了一盘大棋，面对哲布尊丹巴和土谢图汗屡屡请求清朝出兵相助的现状，康熙皇帝按兵不动，并阻止他人援助喀尔喀，如西套蒙古首领和啰理“欲往援察珲多尔济，乞师于朝”，康熙皇帝“诏不允和啰理请”；而罗卜藏衮布阿喇布坦亲自率兵前往援助喀尔喀，遇清朝使臣于道，在宣谕康熙皇帝旨意后，“亦撤归布隆吉尔”。[43]康熙皇帝的意图很明显，就是让喀尔喀部在噶尔丹的打击下，彻底归附。
康熙二十七年（1688年）八月初三日，噶尔丹与土谢图汗的军队相遇于鄂罗会诺尔地方，鏖战三日。准噶尔军夜袭善巴额尔克戴青之营地，大破之，喀尔喀属下诸台吉星散逃遁。土谢图汗势单力薄，无力与噶尔丹继续战斗，只好南越瀚海，“奔至泽卜尊丹巴所”。[44]至此，准噶尔与喀尔喀战争以准噶尔的胜利宣告结束，整个喀尔喀被噶尔丹占领。九月，哲布尊丹巴、土谢图汗与其弟西弟什里巴图尔洪台吉，率左右两翼台吉等向清朝请求内附。土谢图汗与哲布尊丹巴表示：“我等为厄鲁特所败，奔进汛界，永归圣主，乞救余生。作何安插，一惟上裁。”[45]对于这个结果，清朝早有预见，欣然应允，并赐牧土谢图汗部众于苏尼特、车臣汗部众于乌珠穆沁、赛因诺颜部众于乌拉特，共计十余万人。清廷对这些人妥善安置，多次给予赈济，其中一次由领侍卫内大臣费扬古采买了价值近三万两白银的牛羊，计牛10334头，羊56810只，全部分给了土谢图汗、哲布尊丹巴等属民[46]，土谢图汗等“俱南向叩首，仰谢天恩”[47]。
清朝在安抚归顺的喀尔喀难民的同时，也开始积极备战噶尔丹，经过康熙二十九年（1690年）的乌兰布通之战，噶尔丹的主力折损大半，再也无力组织大规模的进攻。
康熙三十年（1691年）正月，康熙皇帝决定在清明前后亲自主持与漠北蒙古喀尔喀部会盟，彻底解决喀尔喀部问题。四月，发布上谕：“以喀尔喀新附数十万众，必训以法度，俾知礼义，特命行会阅礼于上都多伦诺尔之地。”清朝决定在水草丰美而又方便内外蒙古会盟的多伦诺尔地方举行会盟，由漠南蒙古四十九旗扎萨克王公与喀尔喀各部首领共同参加。会盟前期，康熙皇帝令大臣们进行了会盟礼仪、喀尔喀座次、各部在何处安插等具体的准备工作。命漠北喀尔喀蒙古各部，漠南蒙古四十九旗的亲王、台吉都列屯于多伦诺尔百里之外，康熙皇帝亲临多伦诺尔，布设十八营，分二十八汛，各设庐帐，绕营而屯。
五月初二日，举行了盛大的会盟典礼。喀尔喀总计近一千人参加。康熙皇帝先进行了阅兵仪式，“将士进退，赫奕威严，行伍布列，整齐壮丽，众喀尔喀等皆畏惧，无不骇愕赞美”。[48]随后康熙皇帝敕谕喀尔喀部，指出由于土谢图汗违誓兴兵，喀尔喀内乱加剧，导致被噶尔丹攻破的境地，但因为土谢图汗对清朝一直十分恭顺，今又自陈罪过，可以宽宥其罪，仍留土谢图汗、车臣汗之号，同时，宣布封扎萨克图汗沙喇之弟策妄扎布为亲王。另外，将喀尔喀与内扎萨克四十九旗例编设，“照四十九旗，编为旗队，给地安插”，任命扎萨克，编旗设佐。而其名号也与四十九旗相同，将喀尔喀蒙古各部的济农、诺颜旧号全部废除，授予其王公、贝勒、台吉等爵。清朝还特意申明法令：“自今以往，尔等体朕爱养之恩，各守法度，力行恭顺，如此则尔等生计渐蕃，福及子孙，世世被泽。若违法妄行，则尔等生计既坏，且国法具在，凡事必依所犯之法治罪。”[49]
多伦会盟标志着漠北喀尔喀蒙古各部正式纳入清朝统治体系。漠北喀尔喀部的完全归附，体现了康熙皇帝高超的政治智慧，对实现和巩固清代多民族国家的统一具有积极意义。
（四）实现对准噶尔的统一
盘踞在西北的卫拉特蒙古，在17世纪40年代随着准噶尔的崛起，而获得长足发展。其地理位置非常重要，“东捍长城，北蔽蒙古，南连卫藏，西倚葱岭，以为固居神洲大陆之脊，势若高屋之建瓴，得之则足以屏卫中国，巩我藩篱，不得则关陇隘其封，河湟失其险，一举足而中原为之动摇”。[50]
准噶尔领袖噶尔丹崛起之时，也正是清朝忙于统一中原之时，双方处理关系的基准是：“谨慎处理双方之间的大小事件，尽量避免任何麻烦与摩擦。”[51]双方正常进行贸易，一直到康熙二十七年（1688年）噶尔丹东侵喀尔喀，喀尔喀部被迫归附清朝为止。
喀尔喀归附清朝后，准噶尔和喀尔喀之间战争的性质就变了，变成清朝与准噶尔的战争，“其实质是国家统一与割据势力之间的矛盾和斗争”[52]。清朝立刻调整策略，先是阻止噶尔丹南下，腾出手来处理喀尔喀民众归附与安置问题，之后于康熙二十八年（1689年）派遣理藩院尚书阿喇尼为首的使团出使准噶尔部，向噶尔丹申明“永息战争”之旨，以探听虚实。尤为注意的是，在这次出使之前，康熙皇帝君臣在猜测噶尔丹的态度以做应对时，就提出“噶尔丹倘不奉诏，则绝尔等每年进贡贸易之路，厄鲁特人众必大失利矣”[53]。可以说，清朝统治者洞悉对手弱点，尤其洞悉对手对于清朝这个大国经济上的依赖性，而以贸易制裁的方式来达到政治目的。在清前期，贸易制裁的手段屡试不爽，在与俄罗斯、缅甸等国的博弈中都曾用到过。
阿喇尼使团此次出使收获较大，确认了噶尔丹的立场，即噶尔丹坚决要求清朝交出土谢图汗、哲布尊丹巴，为此他不排除诉诸武力。由此使康熙皇帝坚定了以武力平定准噶尔的决心。至此，进入“武力平定”准噶尔的阶段。[54]
清廷为此进行了多方准备，先是于康熙二十八年（1689年）七月，与俄罗斯签订了《尼布楚条约》，以绝后患。然后侦知噶尔丹于十二月第二次东侵喀尔喀后，调兵遣将，派理藩院尚书阿喇尼率兵积极迎战。康熙二十九年（1690年）六月，双方遭遇于今内蒙古乌珠穆沁左翼旗境内的乌尔会河，清军失利，噶尔丹继续南下，进逼距北京仅700里的今内蒙古赤峰市克什克腾旗乌兰布统地方，引起京师恐慌。七月二日，康熙皇帝命皇兄和硕裕亲王福全为抚远大将军，皇长子胤禔副之，率一路大军出古北口；命皇弟和硕恭亲王常宁为安北大将军，和硕简亲王雅布、多罗信郡王鄂札副之，率另一路大军出喜峰口。两路大军共十万人，于七月六日出发，康熙皇帝本来拟亲征噶尔丹，但走到半路因病返回。
清朝吸取乌尔会河之战失败的教训，严禁前锋军队自行开战。八月一日，两军在乌兰布通展开决战。据抚远大将军、和硕裕亲王福全奏报，战争经过如下：
七月二十九日，臣等闻厄鲁特屯于乌兰布通，即整列队伍。八月初一日黎明前进，日中见敌，设鹿角枪炮，列兵徐进。未时临敌，发枪炮击之。至山下，见厄鲁特于林内隔河高岸相拒，横卧骆驼，以为障蔽。自未时交战，至掌灯时，左翼由山腰卷入，大败之，斩杀甚多。右翼进击，为河崖淖泥所阻，回至原处而立。本欲尽灭余贼，但昏夜地险，收兵徐退。其噶尔丹死于乱兵与否，俟后查明另奏外，事关大败贼众，谨以奏闻。[55]
福全的奏报真真假假，后世史家多有怀疑。事实上，乌兰布通之战双方互有伤亡，根据当时传教士的记载，战争的真相应该是战争开始时准噶尔军遭到清军炮击，损失严重，但战争结束时，双方力量形成对峙，未能分出胜负。[56]后来康熙皇帝也说“左翼军虽能胜敌，而右翼军不能制胜。大臣而下，以至军士，阵亡被创者甚众”[57]，连清军副将军、国舅、内大臣佟国纲都饮弹身亡。
但噶尔丹损失也很大，在此情况下，噶尔丹主动遣使讲和，然后趁清军不备，急速撤退，在北撤途中，遭遇瘟疫，队伍大量减员，两万余人仅剩数千，此后噶尔丹实力大损，再也无力南下。康熙皇帝认真总结乌兰布通之战的教训，经过长达六年的准备后，康熙三十五年（1696年）至三十六年（1697年）连续三次亲征噶尔丹，噶尔丹此时内外交困，在其后方，其侄子策妄阿喇布坦发动政变，阻击噶尔丹于阿尔泰山，并希图与清军配合；在前方，清军封锁了噶尔丹的各处逃路，并且康熙皇帝亲自指挥大军进剿，噶尔丹就在如此境地下，于康熙三十六年病逝。
噶尔丹败亡后，噶尔丹的侄子、僧格之子策妄阿喇布坦登上了准噶尔汗位，他为恢复元气，一直与清朝保持友好贸易关系，直至康熙五十六年（1717年）清朝再次用兵准噶尔，双方维持了二十年的稳定、和平局面。
准噶尔部信仰藏传佛教格鲁派，而且深知宗教的力量非常强大，策妄阿喇布坦时期，藏传佛教格鲁派在准噶尔达到了前所未有的发展，而随着其统治地域的扩大以及经济实力的增强，便开始对藏传佛教的中心——西藏采取行动，试图挟达赖以控众蒙古，从而抵抗清朝，这是策妄阿喇布坦的既定方针，为此他时刻在关注着西藏的局势。[58]
崇德七年（1642年），卫拉特蒙古和硕特部领袖固始汗与藏传佛教格鲁派领袖五世达赖喇嘛建立了蒙藏联合政权。顺治九年（1652年），五世达赖喇嘛入京朝见顺治帝，清廷对五世达赖和固始汗分别进行册封。固始汗去世后，僧俗之间斗争日趋激烈。康熙四十年（1701年），固始汗之孙达赖汗去世后，其子拉藏汗即位。拉藏汗长期不满于和硕特汗位不断被格鲁派所侵夺的现状，在掌握汗权后，急于夺回权力。他以武力打败了第巴桑结嘉措，并废黜了桑结嘉措所选立的六世达赖喇嘛仓央嘉措，另立哲蚌寺僧人波克塔胡必尔汗为五世达赖的转世灵童，取法名益西嘉措，但遭到西藏僧俗的普遍不满，尤其是康熙四十五年（1706年）冬天，仓央嘉措在押解北京途中，突然病逝，更引起了西藏色拉、哲蚌和甘丹寺三大寺和青海蒙古诸台吉的不满和反对，三大寺僧人派人到北京面见康熙皇帝告发拉藏汗，说益西嘉措是假达赖，并宣称在康区的理塘找到了仓央嘉措真正的呼毕勒罕格桑嘉措。
远在西北的准噶尔策妄阿喇布坦一直在布局。他表面上假意通过与拉藏汗联姻的关系，先娶拉藏汗姐姐为妻，而后又招拉藏汗长子噶尔丹丹衷为婿，借以麻痹拉藏汗的警觉。另一方面却暗地同西藏三大寺的喇嘛取得联系，拉拢拉藏汗的一些部下和侍从倒向自己一方。康熙五十五年（1716年）十月，策妄阿喇布坦以送丹衷夫妇返藏为由，派遣其堂弟大策零敦多布等人率领一支军队去进攻西藏的拉藏汗，以“为黄教，定拉藏汗投降红教之名”[59]为旗号。另派一支三百人的小部队穿越新疆东部地方前往青海塔尔寺，企图劫持达赖喇嘛转世灵童格桑嘉措，两支军队同时出发。大策零敦多布所率领的这支准噶尔军队入藏路线极为隐蔽，骗过了拉藏汗，突然对拉藏汗发起进攻，康熙五十六年（1717年）十一月初一日，准噶尔军攻破布达拉宫，拉藏汗被准噶尔军杀害，标志着和硕特蒙古贵族统治西藏的结束。[60]
康熙五十七年（1718年）二月，康熙皇帝收到拉藏汗的求救信，称：“交战两月，虽并无胜负，而敌兵复又入招，臣现在率兵守护招地，但土伯特兵少，甚属可虑。若将喀木危藏之地，被伊踞去，将使黄教殄灭。为此恳求皇上圣鉴，速发救兵，并青海之兵，即来策应。”[61]但此时离拉藏汗遇害已经有近四个月了。清朝收到拉藏汗的紧急求救疏报后，考虑到川、滇、甘、青的安危，便于二月十三日派兵救援，“以西安将军额伦特以军数千赴援，而遣侍卫色棱宣谕青海蒙古备兵”，同时令西部边防方面“两路兴兵，扼要驻扎”，做好大举进攻的准备工作。然而，此次用兵却因清朝君臣的盲目乐观和草率轻敌而大败。
出师不利的消息使部分朝臣开始退缩，皆言藏地险远，不主张进兵。康熙皇帝则力排众臣不宜用兵的意见，认为西藏屏蔽青海、云南、四川，战略地位相当重要，如果被准噶尔所据，边疆将再无宁日，决意再次出兵。
康熙五十七年（1718年），康熙皇帝派三路大军进攻准噶尔。第一路军队进攻哈密、阿尔泰，以牵制准噶尔力量，在平定吐鲁番之后，再相机进剿策妄阿喇布坦；第二路由皇十四子允禵为抚远大将军，驻军西宁，统率进藏诸师，于康熙五十七年（1718年）十二月起程；第三路则以年羹尧为四川总督，协助办理军务。
康熙五十九年（1720年）正月，清军三路大军全线出击，分北、中、南三路分别进攻准噶尔、青海、西藏。八月，三路大军分别进入乌鲁木齐、西宁、拉萨。至此策妄阿喇布坦试图利用达赖喇嘛和格鲁派势力来扩张自己权势的希望破灭。
雍正皇帝即位后，清朝欲先稳定朝局，希望能够与准噶尔停战，准噶尔方面当时也无力应对来自清朝的军事压力，于是双方进入和平谈判时期。雍正五年（1727年），策妄阿喇布坦去世，双方的谈判遂告终止。
策妄阿喇布坦去世后，其子噶尔丹策零即位。雍正皇帝认为噶尔丹策零心志诡谲，言辞诞妄，“若不迅行扑灭，将来必为蒙古之巨害，贻中国之隐忧”，[62]便以向噶尔丹策零索要因叛乱而逃到准噶尔的青海蒙古首领罗卜藏丹津为由，出兵准噶尔。
雍正七年（1729年）三月，雍正皇帝命“领侍卫内大臣三等公傅尔丹为靖边大将军，北路出师；川陕总督三等公岳钟琪为宁远大将军，西路出师，征讨准噶尔噶尔丹策零”[63]，由此拉开了清准五年战争的序幕。雍正九年（1731年）七月，准噶尔部进攻北路的博克托岭和通淖尔，重兵围困清朝靖边大将军傅尔丹，准噶尔兵大获全胜。和通淖尔之战后，准噶尔军势大张，一度攻至喀尔喀境内，在喀尔喀驻防兵统帅策零的属地上进行掳掠，破其营寨，掳其妻子。准噶尔这一行径彻底激怒了策零，决定调集三万大军与准噶尔军决一死战。喀尔喀军队与清朝八旗军相互配合，在额尔德尼昭大败准噶尔军。此战也成为清准战争的重要转折点，此后，准噶尔势力渐衰，不再扰边。
雍正十一年（1733年），两军劳师糜饷，开始谋求议和，议和的中心议题是划定准噶尔与喀尔喀的游牧区。经过几年的谈判，乾隆四年（1739年）终于商定，准噶尔部与喀尔喀部仍以阿尔泰山为界，“厄鲁特游牧毋得越过阿勒泰南北山梁，山阳喀尔喀则仍居扎布堪等处”，清廷仍保留托尔和、布延图两个卡伦原位不动。[64]此后双方进入和平时期，准噶尔与清朝互相贸易，并在清朝军队的护卫下，准噶尔进行了三次入藏熬茶活动。[65]
乾隆十年（1745年），噶尔丹策零死，其次子策旺多尔济那木扎勒继位，准噶尔从此陷入内讧。先是，策旺多尔济那木扎勒被其属下赛音伯勒克、宰桑厄尔锥音等杀害，其兄喇嘛达尔扎篡夺汗位，后又击杀其幼弟策旺达什，遭到贵族们的不满。乾隆十七年（1752年）底，准噶尔名将大策零敦多布之孙达瓦齐与辉特台吉阿睦尔撒纳突袭伊犁，将喇嘛达尔扎的营地包围，随后将喇嘛达尔扎杀害，达瓦齐遂为台吉。
准噶尔的内乱也导致部属纷纷离散，很多贵族率领属民逃往清朝。乾隆十八年（1753年）冬，杜尔伯特部首领车凌率部众3170余户，一万余口，车凌乌巴什率1200余户，车凌蒙克率700余户归附清朝，被安置在喀尔喀境内的推河、拜达里克等处。乾隆十九年（1754年）清廷在杜尔伯特部编旗设佐，设赛因济雅哈图盟，任命车凌为盟长，车凌乌巴什为副盟长。
乾隆十九年春（1754年），羽翼渐丰的阿睦尔撒纳又挑起战争，进攻达瓦齐，失败后，投降清朝。
清朝方面一直在关注准噶尔的内乱。乾隆十九年三月，钦差尚书舒赫德等提议：“准噶尔频年内乱，至今阿睦尔撒纳等相争未定。虽无力侵犯喀尔喀地方，而防守不可稍疏。”[66]秋天，阿睦尔撒纳投降，并请求清朝出兵讨伐达瓦齐，这一建议正中乾隆皇帝下怀，遂决定于乾隆二十年（1755年）出兵，拟一举解决西北问题。乾隆皇帝的用兵计划，在清廷内部引起了激烈的争论。不少朝臣存在畏怯退缩、恐生事端的心理，对此，乾隆皇帝坚持认为：“此正可乘之机，若失此不图，再阅数年，伊事势稍定，必将故智复萌，然后仓猝备御，其劳费必且更倍于今。”[67]乾隆二十年（1755年）正月，乾隆皇帝谕令军机大臣等部署两路兵力，北路由定边左副将军阿睦尔撒纳带领哨探兵进剿；西路由定边右副将军萨喇勒带领哨探兵进剿。两路各拥兵25000人，马70000匹，北路出兵乌里雅苏台，西路出兵巴里坤，约定会师于博罗塔拉后，进攻伊犁。
此战清朝大获全胜，乾隆二十年（1755年）六月二十四日，达瓦齐被擒获，后被押解京城。乾隆皇帝试图以此解决准噶尔问题，“欲按其四部，分封四汗”，即分封车凌、阿睦尔撒纳、班珠尔和噶勒藏多尔济为汗，“众建而分其势，俾之各自为守，以奉中国号令，聊示羁縻而已”[68]，乾隆皇帝处理准噶尔问题的方针是“众建以分其势”，给予一定的自治权，以羁縻政策对之。不想阿睦尔撒纳虽被封为双亲王，但他一开始投降清朝的目的就是借助清朝的力量铲除异己，称霸准噶尔。
抓获达瓦齐后，清朝两路大军撤回，仅留班第、鄂容安率500人镇守伊犁，与阿睦尔撒纳一起处理善后事宜。阿睦尔撒纳渐渐无所忌惮，常以总汗自处，“处事多不禀承将军，生杀自专，置副将军印不用，用其国汗旧用小红钤记。发书邻部哈萨克及俄罗斯等国，皆不言降我朝，但谓率满洲、蒙古兵来定准噶尔。又使其党等流言不立阿逆为汗，终不得宁”[69]，引起了乾隆君臣对其意图的猜疑，乾隆皇帝谕令：阿睦尔撒纳“种种不法之处，图据准噶尔，已无疑义”。[70]乾隆二十年（1755年）八月，阿睦尔撒纳叛，包围班第的镇守军，班第、鄂容安自杀。清廷得知阿睦尔撒纳叛乱后，派两路大军进剿。此时在准噶尔内部，很多贵族也不满阿睦尔撒纳的做法，纷纷离散，乾隆二十年（1755年）冬，达什达瓦部所部8000人归附清朝，清朝妥为安置。
此时的清朝实力蒸蒸日上，而阿睦尔撒纳处于内忧外患的境地，难以抵抗清朝的进攻，节节败退，并逃亡到哈萨克和俄罗斯，于乾隆二十二年（1757年）秋病死在俄罗斯，至此，清朝统一了准噶尔地区。
远在伏尔加河流域游牧的土尔扈特部，一直关注着天山南北的局势。因为在俄罗斯遭受深重压迫和繁重兵役，加之康熙五十三年（1714年）和雍正九年（1731年），清廷曾两派使团联络过土尔扈特部，再加上信仰藏传佛教的因素，所以当得知准噶尔败亡后，土尔扈特部就酝酿东归。乾隆三十五年十二月（1771年1月），其领袖渥巴锡率33000余户、近17万人离开游牧地，奔向东方故土。待克服重重困难到达伊犁河畔时，人数损伤大半。清廷待了解土尔扈特部“归顺”的真实意图后，给予积极安置。乾隆皇帝在《御制土尔扈特全部师顺记》说：“始逆命而终徕服，谓之归降；弗加征而自臣属，谓之归顺。若今之土尔扈特，携全部，舍异域，投诚向化，跋涉万里而来，是归顺，非归降也。”[71]在土尔扈特部还未妥善安置好时，乾隆皇帝就谕令渥巴锡等人赴承德觐见。乾隆三十六年（1771年），乾隆皇帝在木兰围场的伊绵峪[72]接见渥巴锡，乾隆皇帝“亲以蒙古语垂询渥巴锡”，“诏分新旧二部，各设扎萨克，曰乌讷恩苏珠克图，旧土尔扈特部，以渥巴锡领之，称汗如故，诸台吉授亲王、郡王、贝勒、贝子、公、一等台吉有差；曰青色特启勒图，新土尔扈特，以舍棱领之，封郡王，别授贝子一”[73]。
乾隆皇帝认为，土尔扈特部的东归具有重要意义，“四卫拉特之众尽抚有之”，并作诗曰：“从今蒙古类，无一不王臣。”[74]土尔扈特部的东归和安置，不但意味着清朝向心力的提升，也是其综合国力的展现。
（五）抵御俄国扩张与签订条约
俄罗斯是一个欧洲国家，本不与中国接壤。其于明嘉靖二十六年（1547年）建立沙皇专制统治后，开始向外扩张，至17世纪后期，已在西伯利亚建立了数十个城寨，其中包括在勒拿河上建立的雅库次克。清朝顺治六年（1649年），雅库次克长官派哈巴罗夫率兵450名从雅库次克出发，次年，侵占了中国的尼布楚和雅克萨等地，在那里构筑寨堡，设置军事工事，并将雅克萨命名为“阿尔巴津”，作为进一步侵略中国的重要据点。[75]
针对沙俄军队的侵略行径，中国黑龙江流域的各族民众奋起反击，并向清朝当地驻守军队示警。顺治九年（1652年），驻守在宁古塔的章京海色与捕牲翼长希福等奉命率军出击，与哈巴罗夫俄军战于乌扎拉村，在本来占据优势的情况下，因下令活捉这些侵略的哥萨克，由主动变为被动，最终失败。[76]清朝因此处死海色，希福革去翼长，鞭一百。但也正是因为这次战争，让哈巴罗夫意识到了清朝的决心以及战斗的实力，于是决定向黑龙江上游撤退，后回到莫斯科。
顺治十一年（1654年），沙俄又派遣一批哥萨克入侵中国黑龙江地区。清朝多次派军阻击，顺治十七年（1660年），基本肃清入侵的俄军。康熙四年（1665年）冬，俄国流放犯切尔尼戈夫斯基率领84名亡命徒侵入中国黑龙江上游地区，又占据并重建了雅克萨城。
东北是清朝的“龙兴之地”，所以清朝统治者格外重视东北地区，对于俄国的动向一直关注，但康熙皇帝亲政后，忙于平定“三藩之乱”，无暇北顾。在这种情况下，清朝一方面通过外交途径向沙俄提出抗议和交涉，力图阻止其对黑龙江地区的入侵；另一方面谕令宁古塔将军巴海修整战备，做好反击沙俄侵略者的准备。其谕令：“罗刹虽云投诚，尤当加意防御，操练士马，整备器械，毋堕狡计。”[77]然而，俄国不仅对清朝的抗议和警告置若罔闻，而且继续增兵雅克萨，调派由拜顿率领的600人的正规兵团向雅克萨进发，并任命具有丰富作战经验的托尔布津为雅克萨的军事长官，指挥黑龙江地区的沙俄侵略军。基于沙俄肆掠黑龙江边境等地的侵略行为，康熙皇帝命大理寺卿明爱等人谕令沙俄侵略军撤回，但是俄军“犹迁延不去，而恃雅克萨城为巢穴，于其四旁耕种渔猎，数扰索伦、赫哲、飞牙喀、奇勒尔居民，掠夺人口”。[78]
康熙二十年（1681年）平定“三藩之乱”后，康熙皇帝决心以武力驱逐沙俄侵略者。他于康熙二十一年（1682年）出巡东北，视察吉林等处防务，并谕令修造战船，调集熟悉水性之南方人充当水手。康熙二十二年（1683年），经过深思熟虑后，康熙皇帝设立了黑龙江将军，以防沙俄。他在几年之后的上谕里说：“曩者鄂罗斯渐次入犯，占据我打虎儿、索伦等处，扰害边疆四十余年，未经安辑。后备足军食，永戍黑龙江以困逼之，鄂罗斯遂窘迫至极，乃屡次求和……然（俄罗斯）或一二人、或十余人，陆续聚集于黑龙江、松花江之间，构造木城，盘踞其地，则我取之维艰，是鄂罗斯为主兵，而我反为客兵也。今我惟多贮粮食，永戍官兵，则我兵得逸，而鄂罗斯兵为劳矣。如此则鄂罗斯轻兵来犯，断所不能，欲大队侵入，则彼粮食何能挽运耶？若黑龙江我兵不行永戍，自松花江、黑龙江以外所居民人，皆非吾有矣。”[79]黑龙江将军的设立，标志着东北三将军分辖体制形成，并有力抵御了外来侵略。
经过周密的准备，康熙二十四年（1685年），清军发动了第一次雅克萨之战。在向雅克萨进发前，清朝作了最后一次外交努力，康熙皇帝向沙皇致信，要求俄军撤出雅克萨，否则将出兵征讨，但俄方仍置之不理。于是，康熙皇帝命都统彭春、副都统郎坦及首任黑龙江将军萨布素率领官兵及夫役等4000余人，携战舰、火炮、刀矛和盾牌等兵器，从瑷珲出发，分水陆两路向雅克萨开进。五月二十二日，清军抵达雅克萨城下，清军首先将一封用满、蒙古、俄三种文字写成的通牒书，送进雅克萨城。要求城内俄军放下武器，撤离雅克萨城，但这些侵略者却出言不逊，试图继续抵抗。
在彭春、萨布素等人的指挥下，清军开始围攻雅克萨城，用红衣大炮围攻雅克萨3天，城中的沙俄军队困顿不支。二十五日黎明，清军发炮轰击，沙俄侵略军伤亡甚重，清军歼敌200余人，俘虏200余人，俄军头目托尔布津率众乞降。双方在雅克萨城下举行了投降仪式，被俘的200余人均受到了清朝的宽大待遇，允许其携带武器和财产撤离雅克萨。
康熙皇帝在得知前线捷报后，非常高兴，认为这是“破四十年盘踞之鄂罗斯于数日之间，获雅克萨之城，克奏厥绩”。[80]康熙皇帝在谕旨中告诫：“至雅克萨城，虽已克取，防御决不可疏，应于何地永驻官兵弹压，此时即当定议。”[81]但遗憾的是，清军在焚毁雅克萨城后，便撤回到了瑷珲等地，并未建立完善的防御体系。
康熙二十四年（1685年）七月，在清军撤离不久后，托尔布津与俄国派遣的援军相遇，便率领旧部及增援的哥萨克返回，又一次侵占了雅克萨。
清朝得知沙俄侵略者重返雅克萨后，立即决定出兵反击。康熙皇帝颁发谕旨：“今罗刹复回雅克萨，筑城盘踞，若不速行扑剿，势必积粮坚守，图之不易。其令将军萨布素等……速修船舰，统领乌喇、宁古塔官兵，驰赴黑龙江城……率所部二千人，攻取雅克萨城。”[82]康熙二十五年（1686年）一月，清军发动第二次雅克萨之战。七月，黑龙江将军萨布素出兵2000多人再次围困雅克萨。清军在当地各族民众的配合下，在雅克萨城四周挖掘壕堑进行长期围困，断绝城中水源，并以大炮向城堡猛烈轰击。沙俄侵略军负隅顽抗，多次派人出城反扑，结果都被清军击败，前来增援的俄军也望风而逃。八月，清军开始攻城，托尔布津中弹身亡，拜顿代行指挥权，继续顽抗。由于雅克萨城堡坚固，清军缺乏火器，2000多人只有50支火枪，一时难以攻克。萨布素等人在综合研判后，制订了长期围困的计划，在雅克萨城的南、北、东三面掘壕围困，在城西河上派战舰巡逻，切断守敌外援。侵略军被困长达10个月之久，再加上坏血病在城内蔓延，最后弹尽粮绝，陷入绝境，被迫投降。当时，清军本应乘胜扩大战果，但由于西北边疆准噶尔部首领噶尔丹发动叛乱，清朝希望尽快腾出手来处理西北事务，便答应了沙俄的谈判请求。
清军击退雅克萨俄军之后，康熙皇帝于康熙二十五年（1686年）正月向大臣表达了欲以尼布楚为中俄边界的想法：“日者，大兵往征鄂罗斯、破雅克萨城，释鄂罗斯不诛，赦之使生还。其时不并取尼布潮地者，盖以尼布潮地画为疆索，使鄂罗斯不得越尼布潮界，界外听其捕牲也。”[83]
经过艰难的谈判，康熙二十八年（1689年）七月二十四日，双方缔结了中俄《尼布楚条约》，第一条规定：“从黑龙江支流格尔必齐河到外兴安岭直到海，岭南属于中国，岭北属于俄国。西以额尔古纳河为界，南属中国，北属俄国，额尔古纳河南岸之黑里勒克河口诸房舍，应悉迁移于北岸。”这是中国历史上第一次与外国签订的边界条约，主要解决中俄东部的边界问题，并规定了一些边境管理的原则，如正常的边民过界、贸易和越界问题的处理等：居住于雅克萨的俄民“应悉带其物用，尽数迁入俄境。两国猎户人等，不论因何事故，不得擅越已定边界”。“嗣后有逃亡者，各不收纳，并应械系遣还。”“现在俄民之在中国或华民之在俄国者，悉听如旧。”“自和约已定之日起，凡两国人民持有护照者，俱得过界来往，并许其贸易互市。”这些规定开启了清朝东北地区边境管理的基本原则，为以后中俄边界的各项管理奠定了基础。
由于《尼布楚条约》的签订，沙俄南下黑龙江流域的企图受到遏制，因而将矛头转向西伯利亚东北堪察加和太平洋沿岸，转向中俄未定界的其他领土。沙俄于康熙三十六年（1697年）占领堪察加，康熙五十二年（1713年）窥探千岛群岛，与此同时，俄国侵略军仍不断入侵中国外蒙古地区，掳掠人口，窃夺牛羊。
面对俄罗斯扩张带来的压力，清朝以划定两国中段边界为应对手段。对于俄国而言，《尼布楚条约》对中俄贸易仅有原则规定，沙俄政府要求进一步商定具体办法，因此决定再派使节来华谈判。康熙五十八年（1719年），沙俄政府“特派护驾大臣列夫·伊兹麦伊洛夫为使臣，持书前往，谒见博格德汗（清帝）”。[84]清朝明确表示在划分中俄外蒙古边界和交还越境边民问题获得解决之前，不考虑缔结中俄通商条约的问题。
雍正三年（1725年），萨瓦被任命为特遣驻华全权大使，率领阵容庞大的使团前往北京。雍正四年（1726年）十月，萨瓦等人抵达北京，随即与清朝举行边界谈判。清朝派遣的谈判使臣有吏部尚书察毕那、理藩院尚书特古忒、兵部侍郎图理琛等人。谈判历时半年，“会谈三十余次，先后提出的条约草案共达二十个。双方进行了长时间的争论，焦点是划界问题”。[85]但是，双方最终没有达成任何具体协议，清朝以此前没有使团在京缔约之例为由，中止了此次谈判，与俄国商定在布尔河继续进行谈判。
雍正五年（1727年），双方代表团先后到达布尔河畔，“至七月初一日，总共会议七次。因隆科多、萨瓦彼此固执己见，故尚未定论”。[86]七月初三日，雍正皇帝撤销隆科多的首席代表职务，由额附策零、伯四格会同图理琛继续谈判。策零上奏：“至哲得河，原虽属喀尔喀地方，然经噶尔丹之乱，我方人等再未居住，而由俄罗斯所属哈里雅特、布里雅特人居住多年，亦属事实。故可将哲得河划入俄罗斯，沿南梁为界。凡有越岭前来之俄罗斯人，议后当著其迁回。其东边之额尔古纳河，本爵虽不甚详知，然据隆科多与使臣萨瓦等议称，前内大臣索额图与俄罗斯使臣费奥多尔·阿列克谢议定时，将额尔古纳河为界。该河以北属俄罗斯，经询我喀尔喀车臣汗等属下，亦称并非伊等游牧之地。今与他国议事，显然无庸再议此地，应以额尔古纳河源沿我所设卡伦，斟酌其俄罗斯人住地之远近定界驻防为好，等语……奴才等与俄罗斯使臣萨瓦等会议两次，于本月十五日，已共同议结边界事务。”[87]雍正皇帝批准了策零的谈判方案，是年七月，中俄签订了《布连斯奇界约》，通过此界约清朝将恰克图以北的大片领土割让给了俄国。
《布连斯奇界约》签订后，中俄双方立即派出界务官，分组前往恰克图迤西和迤东，划定地段，勘分国界，设立界标。雍正五年（1727年）九月，双方订立了《阿巴哈依图界约》，确定从恰克图向东至额尔古纳河的边界，沿途设63个鄂博；九月，中俄签订《色楞格界约》，确定从恰克图向西至沙宾达巴哈的边境，沿途设48个鄂博。这两个界约是对《布连斯奇界约》条目的细化。
雍正五年九月初七日，中俄双方在此前北京、布尔河谈判的基础上，签订了《恰克图条约》。《恰克图条约》是在《布连斯奇界约》的基础上与俄国签订的一系列条约的汇总，主要解决了中俄中段边界的问题。双方除了划定从额尔古纳河到沙毕纳依岭的边界外，在边境管理、贸易、人员交往、文化交流等方面也有较多的规定。此后，清朝也是按照条约之规定对北部边境地区实施有效的管理。雍正七年（1729年）正月二十一日，黑龙江将军那苏图遣送俄国越境之人，“现将达尼拉交我官兵押送遣回。望尔等照定例治罪，并严令尔属人等嗣后务必遵守新约，断然不可私自越界”。[88]雍正十年（1732年）二月，贝子延楚布多尔济属下巴尔虎人哈克图等三百余人逃至俄境内。公沙克杜尔扎布旗之三吉扎布等率310名带撒袋之男人，劫掠吉尔伯勒卡伦兵丁之牲畜后，向俄国界内逃窜。清朝希望俄方按照条约规定，“不要收纳此等逃人并予以逐回，尤应将其为首之人拿获送交我界办事大臣”。[89]
康熙、雍正两朝与俄国分别签订了《尼布楚条约》《恰克图条约》及一系列子约，基本确定了中俄东段与中段的边界，明确了中国与俄罗斯的统治范围，遏制了沙俄的进一步侵略的企图。
相比于《尼布楚条约》，《恰克图条约》在内容上更为丰富。[90]但是，从两个条约签订的过程、内容及其影响看，清朝一直都被俄国殖民者所左右，中俄之间划界的过程也是清朝以牺牲局部利益换取国内局势稳定的过程，中方在划界方面吃亏不少，这是一个值得反思和需要研究的问题。俄国奉行利己的原则，按照西方殖民国家的思维行事，通过划界一方面贯彻了扩张的意图，将西方的划界理论成功运用于实践中，另一方面巩固了对远东中国领土的占领。而清朝仍然按照中国传统的管理和思维方式，对于疆土还没有明确的边界意识，还没有完全适应和透彻研究西方殖民心态和划界理论，尽管康熙皇帝曾经讲“朕以为尼布潮、雅克萨、黑龙江上下及通此江之一河一溪，皆我所属之地，不可少弃之于鄂罗斯”，[91]但从实践讲，他以及后继者雍正皇帝等所拥有的中国传统疆域观念仍然根深蒂固，从而在交往中损失了不少国家利益。[92]
（六）清朝对西藏的统治
明神宗万历六年（1578年），蒙古土默特部领袖俺答汗把藏传佛教格鲁派（因该派戴黄帽，俗称黄教）引入蒙古地区后，在蒙古地区迅速传播开来，深刻影响了蒙古社会的政治、经济、文化甚至民族性格。所以，在17世纪初崛起的后金政权，非常重视其重要盟友蒙古势力信仰的藏传佛教问题。
早在努尔哈赤时期，就规定：“任何人不得拆毁庙宇，不得于庙院内拴系马牛，不得于庙院内便溺。有违此言，拆毁庙宇，拴系马牛者，见即执而罪之。”[93]表达了对佛教尊重的态度。除此之外，努尔哈赤还特别优待大喇嘛，应该说，蒙古各部纷纷来投后金，与努尔哈赤采取的优待喇嘛的政策是有很大关系的。
至皇太极时期，亦尊崇藏传佛教，并“以外藩蒙古惟喇嘛之言是听，因往召达赖喇嘛”。[94]但在崇德二年（1637年），外蒙古喀尔喀部三汗亦想与清朝一同遣使赴西藏延请达赖喇嘛，并告知清朝“厄鲁特四部亦欲前往迎聘”[95]，这就造成清朝、外蒙古喀尔喀部、西蒙古卫拉特部都想要延请达赖喇嘛的局面，但喀尔喀扎萨克图汗与清朝关系不睦，故皇太极在崇德五年（1640年）十月给他去信说：“遣往图白忒部落喇嘛等，已至归化城，因尔言不果，是以不遣。”[96]
同年（1640年），达赖喇嘛派人从拉萨启程赴盛京谒见皇太极，至崇德七年（1642年）到达盛京。同年，蒙古和硕特部已经占领西藏，固始汗与五世达赖喇嘛组成甘丹颇章政权，为了使这个蒙藏联合政权得到外部的承认，以强化其合法性，固始汗和达赖喇嘛也需要新兴的清朝的承认与支持，所以“遣使贡方物达盛京，表称曼珠师利大皇帝，义取文殊佛号，且切音与满洲近也”，不过清朝方面也有深刻的观察，他们认为，固始汗只是“阳崇释教，阴自强”[97]。
在固始汗的引荐下，顺治九年（1652年），五世达赖喇嘛罗桑嘉措至北京朝见顺治皇帝，顺治皇帝册封达赖喇嘛为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，同时，还封“厄鲁特部落顾实汗，为‘遵行文义敏慧顾实汗’，赐之金册、金印，文用满、汉、蒙古字”。[98]
顺治十一年（1654年）六月，固始汗在随五世达赖喇嘛巡视前后藏的途中突然患病去世，五世达赖喇嘛趁机通过任命第巴继承人的机会将人事任免大权收归己有，掌握了僧俗大权。
康熙二十一年（1682年），五世达赖喇嘛圆寂，第巴桑结嘉措意识到宣布达赖喇嘛圆寂会对自己排斥蒙古汗王、独揽藏政非常不利，决定秘不发丧。
康熙三十五年（1696年），清朝击败噶尔丹，从俘虏的口中得知五世达赖喇嘛早已圆寂多年的消息，康熙皇帝大为震怒，遂于当年八月十一日派人前往西藏，给桑结嘉措送去一道措辞严厉的诏书，从几个方面对桑结嘉措进行谴责，包括：秘丧矫奏；又假称噶尔丹将要杀害班禅呼图克图，以阻止班禅应召来京；还派遣济隆呼图克图至噶尔丹处，助噶尔丹举兵反清，为其诵经等，“及噶尔丹败，又以讲和为词，贻误我军，使噶尔丹得以远遁”；“青海博硕克图济农潜与噶尔丹结姻，往来通使，而尔又不举发”。[99]康熙皇帝敕令第巴就此进行回应：“奏明达赖喇嘛已故始末，尊奉班禅库图克图，使主喇嘛之教，副朕之召，遣之使来，执济隆库图克图以畀我，解青海博硕克图济农所娶噶尔丹之女，朕仍前待汝以尊崇之礼；不然，数者或缺其一，朕必问尔诡诈欺达赖喇嘛、班禅库图克图，助噶尔丹之罪，发云南、四川、陕西等处大兵，如破噶尔丹之例，或朕亲行讨汝，或遣诸王大臣讨汝。尔向对朕使喇嘛言四厄鲁特为尔护法之主，尔其召四厄鲁特助汝，朕将观其助汝何如也。尔其速办此事，及正月星速来奏，否则后悔无及矣。”[100]
面对康熙皇帝的诘问，桑结嘉措很恐惧，一再遣使前往北京，以求获得康熙皇帝的谅解与认可。康熙皇帝最后决定对桑结嘉措“宽宥其罪”，桑结嘉措的地位暂且得以保全，但他并没有放弃将蒙古和硕特汗王势力驱逐出西藏的计划。
此时西藏的蒙古和硕特势力也发生了变化，康熙四十年（1701年）达赖汗病死，两年后其次子拉藏汗取得汗位。拉藏汗对于和硕特蒙古长期以来在甘丹颇章地方政权中的无权地位甚为不满，决定恢复其祖固始汗曾在西藏拥有过的实权，与第巴桑结嘉措的矛盾日益突出。康熙四十二年（1703年），双方矛盾公开化。经嘉木样协巴调解，桑结嘉措退位，由其子阿旺仁钦继任第巴，但仍由桑结嘉措在幕后实际掌权。两年后，在祈愿法会期间，双方爆发了军事冲突，桑结嘉措很快兵败，被处死在堆龙地方。至此，西藏地方蒙藏上层联合掌权的政治局面破裂，随之出现的是由蒙古首领单独控制西藏统治大权的政治局面。
拉藏汗击败桑结嘉措，控制军政大权后，即将矛头指向桑结嘉措所立的六世达赖喇嘛仓央嘉措。拉藏汗不顾一切地决定废黜仓央嘉措，他禀奏清朝，说仓央嘉措平日耽于酒色，不守清规，恳求予以废黜，另寻转世灵童。康熙皇帝闻讯便派护军统领席柱、学士舒兰为使封拉藏汗为“翊法恭顺汗”，同时下令将仓央嘉措解京。仓央嘉措在解往北京途中，行至青海病死。从此，拉藏汗不设第巴职位，自己独揽大权，并立益西嘉措为达赖喇嘛。康熙四十六年（1707年），益西嘉措举行了坐床典礼。但是，拉藏汗在未与西藏色拉、哲蚌和甘丹寺三大寺和青海蒙古诸台吉商议的情况下擅立达赖喇嘛，遭到他们的强烈不满和反对，三大寺僧人派人到北京面见康熙皇帝告发拉藏汗，说益西嘉措是假达赖。西藏三大寺的一些喇嘛始终不予承认新立的六世达赖喇嘛，他们宣称在康区的理塘找到了仓央嘉措真正的呼毕勒罕格桑嘉措，并得到青海蒙古的保护。
蒙古诸部的争斗愈加激烈，在此种情况下，康熙皇帝意识到西藏的局势一触即发，决定采取相应措施。康熙四十八年（1709年），派侍郎赫寿前往西藏，“协同拉藏办理事务”[101]。又于康熙五十二年（1713年），以册封达赖喇嘛的规格正式册封五世班禅洛桑益西为“班禅额尔德尼”，赐以册印[102]，以抬高班禅在西藏的社会地位，为可能即将来临的动乱做好准备，“如果西藏一旦发生意外变故，除开有争议的达赖喇嘛益希嘉措外，还可由清朝正式册封的班禅来主持格鲁派的事务”[103]。从此，班禅额尔德尼的封号被固定下来。
康熙五十六年（1717年），准噶尔将领大策零敦多布占据拉萨，拉藏汗败亡。准噶尔军队在西藏烧杀抢掠，“拆毁寺庙”，整个西藏笼罩在准噶尔的残暴统治之中。有鉴于此，清朝出于“平准以安藏”的目的而决定出兵西藏。
康熙五十七年（1718年），康熙皇帝命陕甘总督额伦特、侍卫色楞等率兵从青海进攻西藏，但轻敌冒进，被准噶尔击败。十月十二日，康熙皇帝任命皇十四子、固山贝子允禵为抚远大将军，统兵征讨西藏。在允禵赴西宁的途中，康熙皇帝认识到格桑嘉措得到大部分蒙古、西藏人士的支持，决定扶持格桑嘉措。康熙五十八年（1719年）三月二十一日，允禵率领皇族多人赴青海塔尔寺拜会格桑嘉措，康熙五十九年（1720年）四月二十日，允禵带着清廷颁发的金印金册以及大量礼品来到塔尔寺，正式册封格桑嘉措。康熙皇帝把新呼毕勒罕称为第六世达赖喇嘛，从而否认第巴桑结嘉措所认的灵童仓央嘉措以及拉藏汗所立的益西嘉措为六世达赖喇嘛的合法性，格桑嘉措系直接继承于五世达赖喇嘛的转世灵童。青海蒙古和西藏僧俗支持格桑嘉措的人很多，清朝册封格桑嘉措为达赖喇嘛，使在藏准噶尔部无理由抗拒不纳，而拥护灵童的青海蒙古诸部无不与清廷合作。[104]
在解决达赖喇嘛的问题后，清军全力为入藏做准备。康熙五十九年（1720年）八月，清军击败准噶尔军，进入拉萨，并采取了一些措施稳定了拉萨的局势，安定了社会秩序。九月十五日，在拉萨为格桑嘉措举行了隆重的坐床典礼。
清军进入拉萨后不久，清朝决定不再册封和硕特蒙古，而是创新了一种崭新的政体——噶伦[105]体制。陆续任命西藏上层贵族康济鼐、阿尔布巴、隆布鼐、颇罗鼐和扎尔鼐为噶伦，其中扎尔鼐是达赖喇嘛的强佐，代表格鲁派的利益。此后由这五名噶伦共同负责西藏行政，“于大召寺内设立公所，五人会办西藏大小事务”。[106]五名噶伦除共同商议、处理全藏政务外，各噶伦均有自己的明确的管辖范围：康济鼐管理后藏以西之北一带地方；阿尔布巴管理工布以东一带地方兵马事务；隆布鼐管理西藏东北一带地方兵马事宜；颇罗鼐管理后藏扎什隆布一带地方兵马事务；扎尔鼐管理藏内附近地方兵马事务。[107]这是和其原先的势力范围大体一致的。
较之以前的第巴制或汗王制，噶伦体制有四大优点。一是五名噶伦均为反对准噶尔、效忠清朝者，可以防范西藏内部亲准噶尔势力的东山再起，避免产生离心倾向；二是这五名噶伦可以相互牵制，不必担心形成一家独大的局面；三是五名噶伦均为藏人，由他们治理藏地，可以避免蒙古汗王治藏引发的蒙藏之间的民族矛盾；四是噶伦治藏，尽管扎尔鼐代表格鲁派的利益，但他的地位和实力有限，在噶伦政府中不居主要地位。噶伦政权基本维持了西藏政教分离的格局，便于中央控制。实行噶伦制，由过去的委托蒙古汗王间接管理过渡到了清朝任命藏族贵族直接管理，既防止了蒙古势力对西藏的控制，也在一定程度上抑制了格鲁派的权力过于膨胀。这是清朝治藏体制的一大转折，为清朝日后更加有效地管理和统治西藏打下了基础。[108]但清朝此举引起了和硕特蒙古亲王罗布藏丹津的不满，于是在雍正元年举兵作乱，企图以此恢复和硕特蒙古在西藏的统治权。一年之后，清朝平息叛乱，并制定《青海善后事宜十三条》，规定青海蒙古仿漠南蒙古，实行盟旗制度，另外一些地区实行土司制度，从而结束了藏族各部“惟知有蒙古，而不知有厅卫营武官员”的局面。
西藏的五名噶伦执政体制虽有诸多优点，但也有容易造成权力之争的弱点。雍正元年，清朝补授颇罗鼐和扎尔鼐为噶伦，形成五名噶伦共同掌政的局面，清廷原本希望西藏地方执政者势力均衡，彼此牵制，但是却因此引发了前后藏的权力之争。一派以前藏贵族阿尔布巴、隆布鼐、扎尔鼐为主，另一派以后藏贵族康济鼐、颇罗鼐为主，双方矛盾不断激化，终在雍正五年（1727年）爆发了前后藏之战。阿尔布巴等人抢先下手，杀死了康济鼐，又发兵往后藏攻击颇罗鼐，颇罗鼐一边抗击，一边奏报雍正皇帝。次年（1728年），颇罗鼐率兵攻入拉萨，擒获阿尔布巴等人，奏请清朝决断。
为稳定西藏局势，雍正五年（1727年），清朝决定向西藏派遣钦差大臣，“著内阁学士僧格、副都统马喇差往达赖喇嘛处”。[109]雍正六年（1728年），驻藏大臣衙门正式在拉萨设立，第一任驻藏大臣便是僧格和马喇，并且开始派遣军队，常驻西藏。清朝借助颇罗鼐的力量平定阿尔布巴之乱后，封平定有功的西藏贵族颇罗鼐为贝子，总理全藏事务，乾隆五年（1740年），晋封颇罗鼐为郡王。但此后，僧俗势力又明争暗斗，乾隆十二年（1747年），颇罗鼐病亡，其子珠尔默特那木扎勒袭位。乾隆十五年（1750年）十月，驻藏都统傅清、左都御史拉布敦奏称：“珠尔默特那木扎勒现在调兵防阻，有谋为不轨之意。”[110]十月十三日，珠尔默特那木扎勒刚刚回到拉萨，傅清、拉布敦便将其诱至衙门，在侍从的协助下将其诛杀，并宣布由班第达主持西藏事务。但珠尔默特那木扎勒的侍从罗布藏扎什逃出，聚集千余兵丁围攻衙门，致使两大臣罹难。此事之后，清廷决定彻底改革西藏政教事务，以“达赖喇嘛得以主持，驻藏大臣有所操纵，噶伦不致擅权”的改革原则，于乾隆十六年（1751年）制定了《酌定西藏善后章程》十三条，其内容旨在废除藏王制，建立一个在达赖喇嘛与驻藏大臣领导下的噶伦制，设立三俗一僧四个噶伦，成立噶厦，并明确划分了驻藏大臣与达赖喇嘛在行政、军政等方面的权责。该章程经乾隆皇帝批准后，钦差大臣策楞等向西藏地方晓谕颁布，得到西藏地方的广泛拥护，这一体制直至清末未发生大的变化。
（七）平定大小和卓叛乱
和卓一词为波斯语Khwaja的音译，在汉文文献中又译作“和加”“火者”“霍加”“霍扎”“霍卓”等，原为波斯一种官职名称，后为一种敬称。在清代我国新疆地区，“和卓”一词既可以被很多人用作人名的一部分，表示其人具有高贵身份之意（实际上未必如此），又可用来特指伊斯兰教中某一高等阶层之人。清代汉文文献中有时用“和卓木”来指称和卓家族之人，实为当地和卓信徒们对该家族成员之爱称的音译。[111]
乾隆二十年（1755年），清军兵分两路，出乌里雅苏台和巴里坤，远征准噶尔达瓦齐部，开始了统一西北边疆的军事行动。清军进入伊犁的时候，遇到被准噶尔长期囚禁的白山派和卓玛罕木特的两个儿子博罗尼都和霍集占，兄弟二人表示“情愿带领属下三十余户，投降大皇帝为臣仆”。因拟借助大小和卓在南疆的威望，利用宗教影响“招服叶尔羌、喀什噶尔人民”，于是乾隆皇帝准许其投降。正如《平定准噶尔方略》所言：“波罗泥都、霍集占兄弟……因系回部头目，令其仍归故土，安集所属，以承恩泽。”[112]
由于担心当地黑山派的反对，清朝还派遣了一支军队护送博罗尼都。小和卓霍集占则留在伊犁统领当地的维吾尔人。博罗尼都在经过阿克苏进入乌什的路上，得到当地望族霍集斯家族的支持，最后很轻易地就击败了黑山派的军队，并乘胜追击将黑山派和卓势力从叶尔羌驱逐出去。
起初，大小和卓对清朝还比较恭顺，但随着阿睦尔撒纳的叛乱，整个局势都发生了一定的变化。听闻阿睦尔撒纳聚众叛乱的消息后，尚在伊犁的小和卓霍集占积极响应，“率众助逆”，“阿睦尔撒纳与回人和卓木连合，共计兵四千有余，其势颇盛”。[113]而在乾隆二十一年（1756年）正月，眼见清军两路大军合力进剿，阿睦尔撒纳接连兵败的局势，霍集占立刻转变立场，带领数千名士兵在察卜齐里岭地方击败阿睦尔撒纳，以此造成协助清军进剿的假象，并趁乱率领属众逃往南疆。
清朝对当时的局势并非十分了解，也无法洞悉霍集占“遁归”南疆的真正意图。而此时霍集占在南疆也未有任何起兵叛乱的迹象，反而表现出恭顺的态度。当时大小和卓先后遣使赴京，以表达对清朝的感激之情，并且大小和卓收留和释放了被阿睦尔撒纳囚禁的清朝官员托伦泰。种种迹象都使清朝错误地估计了南疆的形势，使其停止了进军南疆的行动，转而实行晓谕招抚之策。
乾隆二十二年（1757年）三月，清朝派遣副都统阿敏道等人前往南疆招抚大小和卓，但大小和卓将阿敏道及其所带兵丁百余人全部杀害。[114]大小和卓自称“巴图尔汗”，开始公然叛乱。
对于大小和卓的叛乱，清朝决定以武力平定叛乱。乾隆二十三年（1758年）命雅尔哈善为靖逆将军，并任用对清朝表示恭顺的南疆土著势力，如吐鲁番伯克额敏和卓、哈密贝子玉素布、库车伯克鄂对等人协助平叛。另外，清朝也对大和卓博罗尼都采取招降的政策，以分化反叛势力。对于举兵叛清一事，兄弟二人一直存在分歧，在霍集占图谋之初，博罗尼都便出言劝阻：“我兄弟自祖父三世，俱被准噶尔囚禁，荷蒙天恩释放，仍为回部头目，受恩深重。尔若有负天朝，任尔自为，我必不能听从。”[115]“从前受辱于厄鲁特，非大国兵力，安能复归故土？恩不可负，即兵力亦断不能抗。”[116]
清朝利用大小和卓之间的分歧，决定对“颇图安静”的博罗尼都进行劝降，随后“以回酋霍集占罪状宣谕回部各城”，将霍集占与博罗尼都“分别处理”。清朝的这一政策取得了一定的效果，乾隆二十四年（1759年）闰六月，清朝得知博罗尼都“曾遣人与霍集占计议投降，霍集占不允”。[117]尽管博罗尼都最终也未能成功劝降霍集占，但是他的这一态度也的确为清朝平定叛乱减少了一定的阻力。[118]
在战争方面，清军的进展总体上较为顺利。原本在围攻库车之时清军便有机会将霍集占擒获，但由于靖逆将军雅尔哈善没有听从鄂对的建议，贻误了战机，霍集占得以逃脱。乾隆皇帝闻讯大怒，将雅尔哈善免职，委派兆惠代之。乾隆二十三年（1758年）十月，兆惠率领清军从乌什进抵叶尔羌城下，却被大小和卓的数万军队围困在叶尔羌河畔，叶尔羌河又名“喀喇乌苏”，为“黑水”之意，故清代史籍称此次作战为“黑水营之围”。黑水营清军只有三千多人，不过大小和卓的军队围攻了三个多月也未能将其攻破。
乾隆二十四年（1759年）正月，清朝援军赶到，在呼尔
之战中大胜叛军，解了黑水营之围。六月，清军兵分两路直取叶尔羌和喀什噶尔，大小和卓闻风后大肆抢劫当地百姓的财物，带领同党数千人逃往巴达克山。清军乘胜追捕，分别在霍斯库鲁克之战和伊西洱库尔淖尔之战中大败大小和卓，许多被他们裹挟的维吾尔人投奔清军，逃入巴达克山的大小和卓及其随从最后只有三四百人。七月二十八日，大小和卓被巴达克山的地方首领素勒坦沙生擒，后杀之，首级献给了清军。至此，大小和卓发动的叛乱随着西北边疆的统一而被平息。
平定大小和卓之乱后，清朝重新对新疆进行制度安排。对于那些在南疆颇有权势的家族想借此机会统辖准噶尔各部的要求，清朝已经变得极为警惕。例如，因擒献准噶尔台吉达瓦齐和助军平定大小和卓之乱而受到清朝重用的霍集斯，在表达了“俟招降叶尔羌、喀什噶尔后，令其总统各部”的要求后，清朝便决定消除这一潜在威胁，乾隆皇帝谕令“不可听其久留旧地”，令整个霍集斯家族迁往北京，彻底剪除了霍集斯在南疆的势力。对于乞降的喀喇玛特系和卓家族也采用此方法办理，清朝认为他们“系霍集占同族，又与布噜特相契，恐回人等又以伊等为和卓，妄行敬信，应于到京后请旨，将伊等或留京城，或安插安西、哈密等处”[119]。
大小和卓之乱被平定“不但标志着统一新疆战争的结束，同时也标志着清朝国家统一的最终完成，中华民族的团结与发展达到了一个新的高度”。[120]乾隆二十七年（1762年），清廷在新疆设立了伊犁将军，总统新疆南北两路事务。
从入关前一直到乾隆二十四年（1759年）实现“大一统”目标，清朝在全盘战略部署下，有计划有步骤地稳步行动，实现了国家统一，使国家疆域面积得到了极大的扩展。清朝的管辖范围，除内地十八省外，还有内蒙古、喀尔喀蒙古、青海蒙古、唐努乌梁海、西藏、新疆等广大地区，其疆域北至恰克图，南至南海诸岛，西至葱岭巴尔喀什湖，东至黑龙江库页岛，幅员极为辽阔。清朝之所以能够实现统一，统治者的雄才大略是关键。无论是入关前的努尔哈赤、皇太极，还是入关后的顺治、康熙、雍正、乾隆诸帝以及摄政王多尔衮，都具有雄才大略，能够正视民族和宗教问题，以“天下一家”的气魄，妥善处理民族和宗教的关系，由此才能联合蒙古、藏、汉等各族势力，实现“大一统”。另外，从世界范围来看，随着新航路的开辟和殖民扩张，欧洲人将贸易范围扩展到全世界，世界市场初步形成。他们通过三角贸易从美洲和非洲掠夺大量白银、黄金，并用来购买亚洲商品运回欧洲，中国是当时世界经济和贸易的中心地区之一，由此白银大量流向中国，增强了清朝的综合国力，其综合国力在世界范围内大体保持领先地位。正是经济实力的增长，使其有雄厚的经济基础来实现“大一统”目标。