最初的定居者

尼罗河文明的出土物，可以追溯至约一万二千年前的全新世。当时，温度比现在的温度低，雨水则更多。撒哈拉沙漠当时是狩猎采集者居住的热带稀树草原，人群跟随着草食动物群不断迁徙。根据不同的季节，他们在沙漠中几个非常固定的区域定居，这些地方被称为“海滩”——因为在几个月的时间里，雨水使这些地方形成了若干个时令湖。之后的一段时期，温度升高，降水逐渐稀少，这种生活方式便随之消亡。热带稀树草原逐渐让位于浩瀚的沙漠，海滩最终枯竭，终不可循。然而，学会了在撒哈拉沙漠中生活的人们被逼无奈，只得迁往这一地区的主要水源地——尼罗河。此时约为公元前6300年，但距第一个新石器时代文化出现在尼罗河谷尚有数百年时间。

在埃及北部地区，即下埃及地区，发现了这些原始文化的踪迹。三个新石器时代的遗址就是明证，它们具有多个共同特征：居住区存在季节性占用的情况，小麦和大麦混合种植，季节性的移动放牧养殖以及对河流地区植物产地进行开垦。

第一个遗址位于三角洲的西部地区，地处麦里姆达（Mérimdé，贝尼萨拉姆），第二个遗址位于法尤姆，不久之后又发掘出第三个遗址——介于两个遗址之间的奥玛里（El-Omari），位于其他两个站点之间。这些北方文化的特点，在于它们非常重视死者及其坟墓。因此，在麦里姆达，死者按照一定的方向下葬，而这种情况在奥玛里文化中并不存在，在法尤姆则没有发现任何坟墓。尽管奥玛里文化中零星存在将陶器与死者一同下葬的情况，但也仅限于此，大部分情况下并不存在随葬品。

新石器时代生活方式中最有价值的遗迹并非出自尼罗河谷，而是位于纳巴塔·普拉亚（阿布辛贝以西约100公里）。据发掘发现，小圈的石块指向夏至，并伴有朝向多颗恒星（如天狼星或北极星）的巨石阵；还发现了坟墓，人工堆砌的丘状物和类似祭坛的建筑物。尽管规模不大，但这些元素并非没有价值，因为它们很可能是穿越该地区的游牧民族的聚会场所。在奥玛里文化末期（公元前4600年—公元前4400年），埃及中部距尼罗河东岸约30公里处出现了巴达里文化。与北方文化一样，其村庄仅在一年中的某些时候有人居住。另一方面，巴达里墓地则大不相同，它们提供了更加丰富的考古信息。

显然，当时人们非常注重死者：他们将死者埋葬在地面发掘的椭圆形的墓穴中，身体侧卧，头部向南，面部朝西，用皮或布包裹尸体。随葬品数量很多，墓与墓之间随葬品丰富程度差异悬殊。按区域分布的不同墓穴，似乎显示出社会等级化以及出现了前所未有的信仰。

在中部地区巴达里文化不断发展的同时，北部地区则以一种相对统一的文化为主，其主要遗址位于布托（位于三角洲上）和迈哈迪（开罗附近）。与巴达里文化不同，这里保留了北部地区墓葬鲜有随葬品的传统习惯。在大约公元前4000年，在下埃及迈哈迪文化获得发展的同时，在南部的上埃及则出现了一个新的文化，即涅伽达文化Ⅰ期（或称为阿姆拉特文化）。