病毒的分子进化动力学可能相差很大，这主要取决于病毒自身遗传进化、免疫压力和传播规律等的不同，如母婴传播与静脉注射传播的分子进化特征有着明显的不同。从而也给分子进化流行病学研究提供了新的手段。

HBV的分子进化和系统发育动力学特征的研究对了解乙肝在一个地区的传播规律有着重要作用。HBV全基因组学往往是系统发生和进化动力学分析的主要资源。

近期日本有一项相关研究值得我们思考。其研究者收集了57例日本1992—2002年期间的急性乙肝患者的病毒株，同时结合发表在GenBank中1991—2010年分离到的HBV病毒株，利用GMRF（gaussian markov random field）Bayesian Skyride法分析这些HBV毒株的进化和种群动态。结果这些HBV毒株有4种基因型，分别为A、B、C和H，其中C基因型占主要型别。种系动态学研究表明该地区20世纪60年代至90年代早期HBV种群有一个明显的指数增长，1995年后明显下降（图11-4）。提示乙肝疫苗普及接种的成功效果。

然而，从1990年至2004年HBV A基因型持续增加，然后开始下降。在近10年间HBV A基因型持续增加，种系动态学分析明显提示稳定的种群生长（图11-5）。提示可能是由于青少年免疫力的消失等因素所致。这些研究结果为该地区HBV的分子流行病学和长期演化动力学提供了必要的资料。

HCV的非结构蛋白NS5A区的变异和分子进化与干扰素抗病毒治疗的应答密切相关，因此开展丙肝患者抗病毒治疗过程中HCV准种分子进化的检测，对评估其疗效具有重要帮助。

Bittar等研究者采用分子克隆技术对3a基因型丙肝患者的治疗前、中、后期的分子进化特征进行了深入分析，每例患者在不同治疗时期分别挑取了15个病毒克隆株，重点分析了HCV的分子进化史、遗传多样性和选择差异。结果发现：在抗病毒药物无应答的大多数患者中，治疗后的病毒毒株与治疗前为同一族群，表明这些患者携带的病毒对药物产生了适应性逃避。而抗病毒药物应答者中，种群结构发生了很大变化，遗传多样性和选择差异出现明显减少。结果提示抗病毒药物耐药性与HCV基因进化有明显的关联，在整个治疗过程中每例HCV患者都存在着不同的进化动力学变化特征，无应答者很有可能治疗伊始就携带了耐药毒株。