一 寻根意识的科学化
寻根问祖的精神追求在世界范围内具有跨文化的性质，这种共性似乎暗示着在人性深处有和某种共同来源相一致的积蕴。各种非科学的对于人类来源的传说有着惊人的一致性，在细节上的差异使这些流传久远的说法成为神创论的不同版本。萌生于古希腊的演化论观点经过长期的哲学思考的磨砺，受益于文艺复兴以来建立的各门自然科学迅速发展的推力，在19世纪成为立足于具体科学证据的体系化表达，将原本属于神话、宗教和哲学的寻根意识科学化，将造就人类的力量由神力置换为自然力，为人类构建能追溯自身由来的“荒野记忆”开辟了新的路径。而在演化论的广袤视野中，要对人类的自然形成提供可信的解释，就必须聚焦处于人类文化最前端的工具行为。
（一）寻根意识的普遍存在
人从何处来？我们人类的最早祖先是谁？“即使人类不是同一系统的一员，不需要遵从相同的规则，但一旦人类的智力高出了日常所需的水平，关于自身的起源问题，自己与宇宙中其他现象间的因果关系，必定会吸引人们的注意力。”[1]可见，对于人类全体而言，追问自身所在的智人物种的由来是一种普遍的心理倾向和思维习惯，既体现了人类智能的正常发挥，也是为寻求更多问题的答案、在更大范围规划人类的未来、把握人类自身的命运找到一个公共的起点。穿越由神秘的传说和思辨的假说作为背景的历史观念长廊，“我们究竟来自哪里？我们如何成为这种生物”的疑问——这是个所有人都绕不开也未必说得好的大问题——因为达尔文基于一次偶然远航的经历而生发的奇思妙想有了一个迥异于传统解释的解答。不知是出于致敬还是调侃，在众多题材相近的关于人类起源的科普著作中，达尔文眉骨高耸的脑袋被漫画家嫁接在猩猩多毛的躯干上。这种具有喜剧效果亦不乏恐怖意味的形象让人过目难忘，试图提示每一个现代人，泥土和神性相混合的古老传说荒诞不经，依照已经常识化的演化理论，人的确是某种未免令人憎恶的动物[2]的后裔，至少目前的科学进展不断地为这种说法提供着层出不穷的证据，同时智人起源于东非的时间也仰赖基因组测序之功一再向历史深处延展，已经由此前通行的约20万年前上溯至约35万年前。[3]在惊叹之余，完全有理由相信，现代人的足印将借助原本深藏不露的化石证据，会不定期地在更遥远的未知领域中浮现出来，终有一天会抵达类似于“线粒体夏娃”（Mitochondrial Eve）或“Y染色体亚当”（Y-chromosomal Adam）这样的人类祖先脚下，但仅仅达到这一目标是不够的，因为借用亚当、夏娃这样的名称依然隐含着一个无所不能却百密一疏的创造者，如此看来，从其最根本的含义而言，当下的思维沿袭了古老的习惯，追问“人从何处来”实际上就是追问“什么创造了人”，是神还是自然？
对于个人而言，正如我们通常所知道的，现时的大多数人也许可以不假思索地说出祖父母乃至曾祖父母的名字和籍贯，但对于高祖父母以及之前的宗族先辈，则所知甚少。如果执意要追寻更多与自己具有血脉传承关系的宗族信息，则不免茫然无措，虽然可能有大量的史料供钩沉稽古，但一个人所能得到的关于自己根生何处的解释往往芜杂难辨。距今年代愈是久远，愈像在昏暗的烛光中观摩一幅风吹雨蚀过的图画，似有某种实存的模样，又似在预定的轮廓中想象。更可能的情况是，大多数时候，并无可靠的常规性资料保存下来可供翻检，个人寻求自身来源的努力往往会湮没于时间的荒漠之中。好在现有的已经商业化的、具有将科学娱乐化的基因检测已经以较为低廉的价格面向公众开放，通过采集2ml唾液进行基因位点测试，追溯大致的祖源所在地已成为可能[4]，虽然这一途径提供的相关说明依然是粗略的，而且主要产生一种娱乐的效应，无法把我们寻根的期待精确地定格于某张具体的面孔和某个具体的地点，但已经比前述大海捞针式的绝望摸索可靠多了。
可见，从人类整体到个体，可用寻根意识来概括的对自身来源的持久深沉的关怀总是在寻求一种可信赖的满足，但是与各个文化传统密切关联的神话传说、宗教典籍与口述历史往往是一些素材杂多、含义模糊的文化样本，所能提供的人之来源的根本解释也是神创论的大同小异的表达而已。值得注意的是，哲学思维中最早生发了与现代科学观点近似的猜测：公元前6世纪时，古希腊米利都学派中的阿那克西曼德就提出，潮湿的环境产生了最初的被硬皮包裹的动物，这层硬皮破裂后，它们就变成另外的动物。同理，从热的水和土中产生的鱼或鱼形生物破裂后，就生长出了男人和女人。[5]虽然这一观点在古希腊仅仅被看成是初步的经验观察和相似性思维的不足为奇的产物，但恩格斯对这种朴素的物种可变的思想评价很高，将其视为现代演化论观点的萌芽。无独有偶，在阿那克西曼德把鱼和人相提并论大约一个世纪以后，具有传奇经历和异常举止的哲人恩培多克勒颇有先见之明地提出了关于动物生成的充满怪诞想象力、具有立体主义风格[6]的奇幻描述，在很大程度上超出了同时代的目的论思维，被认为是“适者生存”思想的萌芽。在他看来，土中长出的肢体和器官偶然组合，由怪异到正常，由自然生长到自身繁殖，根源于自然元素和自然力量，显然这种说法具有和神创说不同的路向，与2000多年后的现代演化论的基本观点颇为接近，但由于后来居上的柏拉图哲学的巨大影响力[7]，这种创见的思想价值被大大低估了。
西方古代世界的主流观念中洋溢着对恒定不变的至高存在的崇尚，在古希腊，柏拉图的著名的将世界二重化的划分无论是从本体论还是认识论方面，都表现出了对真实存在的、可作为知识对象的理念世界的推崇，人们所在的现实世界只被看作是模仿真实世界的影像。在其自然哲学代表作《蒂迈欧》中，柏拉图特别说明了世界的创造过程、人的灵魂和躯体的构成及作用，这一整套学说实际上是将理性作为最高本原和基本原则的模仿创世论。理性的、整体的创造者以火、气、水、土这四种元素创造出了由灵魂和躯体构成的宇宙，并创造出贯注了创造者意愿因而不朽的诸神。作为整体性的理性生物的完美宇宙应该包括除神以外的生活于空中、水里和陆上的生物，由于人可以分有永生之名，创造者亲自将与宇宙灵魂中的理性成分相同但纯净度更低的理性给予人的灵魂。诸神接手其后的工作，从宇宙中借来火、气、水、土，用细小得不可见的钉子（也可以称作栓）将这些元素连接在一起，将不朽的灵魂捆绑在这元素构成的形体中。人的肉体构造是对宇宙形状的模仿，包括视觉、听觉和语言在内的能力是神的恩赐，是为了让人看到理性的运动、听到和谐的声音并用来服务于智慧，使灵魂保持其内在运动的秩序。人的欲望及生殖行为也是神意所为。至于那些能飞的、爬行的和水生的动物，则是轻率、无知和愚蠢程度不同的人所变成的。创造者就这样以“必要和至善的目的”[8]成就了一个伟大和完善的宇宙。
这位想象力和膂力都异常发达的哲人对于人的起源的长篇大论无疑是具有明显的目的论、机械论和特创论色彩的，因为造物主依照理性为达成和谐创造了包括人在内的宇宙，整个过程颇似一位功力深厚的大厨行云流水的操作，灵魂可以放在大杯（钵）里像搅拌汤汁一样进行掺和调制，而且造物主特地亲自将灵魂培植和分配给人类。同时，宇宙和人的创造过程具有同构性，都是由四元素构成的躯体和灵魂相结合的产物，其中包含着柏拉图也无法摆脱、直到今天依然牢固地占据人的思维的灵与肉的二分法，以理性为中心的灵魂和以四元素为质料的肉体被视为人的基本构成。对于动物间的关系，由于把灵魂中理性含量的多少及智慧的有无作为判断标准，柏拉图持一种与今天的观念完全相反的看法，他认为动物是人变来的，从物种受造的顺序上，人优于动物。如果不是沉浸在优美的文字中尽情发挥想象并为其中数学的内容伤脑筋的话，柏拉图对人的来源的描述放在今天并不比恩培多克勒的奇思妙想更可信。
与柏拉图的思辨性学说有很大不同，亚里士多德的具有明显博物学风格的生物学已经有了在当时而言足够充分的经验观察基础。由于他认为自然是包含变化的，所以他对于人和其他动物关系的理解看上去很像是我们今天所说的演化论观点，但是这种评价只是看到二者表面上的相似而已。亚里士多德认为，由于人的灵魂（除了营养灵魂、感觉灵魂以外还具有理性灵魂）最为完善，人乃是所有动物之中最高级的。他还讨论了很多在今天看来亦很前沿的话题，比如人的直立行走、身体的对称性和人手的元工具性质，并通过分析人的口腔结构认为人是唯一能说话的动物。尽管有学者认为亚里士多德编制了一个将各种生命形式都包括在内、各自处于固定等级、彼此之间再无任何变动的自然阶梯图谱[9]，从而，实际上亚里士多德只是强调有理性的人处于自然阶梯的最高等级，既然人与动物都可以通过种内的繁殖行为得以永存，那么在物种超越个体生死的层面上，人就不可能由低等的动物产生出来。所以亚里士多德从自然万物渐进发展的角度把人看作动物的自然延续，“这里达尔文主义是没有一点位置的。那末，究竟在什么意味里而可谓这个是发展或进化的学说呢？这当中所包含的程序并非一时间的程序，乃是一论理的程序，而其发展便是一论理的发展。较低的总是潜然地包含着较高的。所以人是观念地存乎猿的内里。而较高的又总是实际地包含着较低的。所以人尽有猿之形式而又过之。不过其在较低的形式里仅乎是隐伏的，到了较高的形式里便成为明显的。在较低的存在里面，其挣扎而求出现，但是看不明白的形式，到了较高的里面，便把它自己实现出来。较高的同于较低的，只是一样的东西存于进化得更高的情况之里。较高的必依较低的为基础。较高的便是形式，较低的便是物质。较高的便实际地是较低的之所挣扎而求成的东西。所以世界是一连续的链锁。它是一个程序，但不是一时间的程序，而是一永劫的程序。那唯一的终极的实在、上帝、理性、绝对的形式，永恒地把自己表露于它的发展的各个阶段里。所以所有的阶段都是永远并存的”[10]。可见亚里士多德是用潜能和现实、形式和质料的基本概念来衡量物种的，在他看来，世界由自然界中已有的自然形成的物种构成，他的生物分类中贯穿着与繁殖方式密切相关的等级观念，至于物种间的关系，他的态度是矛盾的，一方面，他承认自然界中有着从无生命的存在到生物的发展过程，但是，“自然由无生命进展到动物是一个积微渐进的过程，因而由于其连续性，我们难于觉察这些事物间的界限及中间物隶属于哪一边”[11]。另一方面，他认为生物变化的动力源于自然本体中的“目的”，在《动物志》中，他认为动物以本质、属性、习性和身体机能的圆满实现达成目的，因此，“自然本体就是自然目的，各种动物的本体就是各自的目的，自然就像是一个最聪慧的工匠，能使得每一类动物的结构都合乎它的本体、它的目的”[12]。这种目的论相对于柏拉图观点的积极意义在于将自然的力量放在最根本的意义上来考虑，但是亚里士多德认为自然对生物的构造做了最佳安排，因此各种生物一经形成之后，便稳居于已有的位置，只在各自的种系内生殖繁衍。与动物不同，具备沉思理性的人能够自觉地选择和追求生活的目的，因此“整个宇宙就是一个有等级的合目的的体系，其中人是自然的最高目的，理性（神）则是全宇宙的最高目的”[13]。这种强调稳定秩序的“自然阶梯”论很容易和柏拉图的模仿创世论一道被基督教所吸收，直至19世纪，深受亚里士多德思想影响的生物学观点才有了根本改变。到古罗马时期，卢克莱修关于人类起源的观点也很有趣，他对最早出现的人类的生活状态的猜测有一定合理性，有些方面甚至和今天我们对于原始人的描述相一致。比如他认为早期人类不同于罗马人，不会制造工具也没有掌握语言，过着和动物一样的穴居生活，在当时而言这种描述应该出自于合理的想象，并无任何证据的支持，却和考古学逐步揭示的古人类的生存状况有些许重合之处。如今我们通常所说的穴居人是指尼安德特人，虽然对他们的语言能力很难有确定的看法，但他们的工具技能却很高超，可见仅凭基于常识的想象是无法探知原始人类的真实生活的，只能在基本的轮廓方面给出一些因缺乏证据而真假难辨的说法。
总之，古希腊和古罗马的思想家已经把工具制造、掌握火的用法和语言的使用视为人之为人的重要特征，并且能把人视为自然的一部分，有从自然的背景中寻找人类来源的预设，这说明在西方古代思想中就已经萌生了当时的人类源自更早的更原始形态的见解，其中包含一种科学思维的原型，所有与演化论有关的现代思想，其根源和基本构想都可以在古代思想中找到最朴素的表述。
（二）寻根意识的科学表达
由于柏拉图和亚里士多德的思想尤其是柏拉图的学说长期以来在西方文化中处于正统地位，加之渗透着柏拉图哲学的基督教观念的盛行，在西方世界，人们对自身来源的好奇心所能获得的满足在相当长的时间里是由一些神秘的传说所提供的。这些传说维系着一种特别令人感到奇怪的情形：当西方社会总体的知识状况相对于古代社会在很多方面大有改观时，人们对于自身由来的探究并没有获得同步的进展，似乎人所面对的一个更有力量、蕴藏更多财富和谜团的外部世界以及人自身引以为豪的精神活动的原理远比人类究竟从何而来的问题更有吸引力。在很长一段时间里，人们把自己最古老的先祖安放于总体上都可以归为神创论的传说中，整个世界的历史因而被认为是很短的。[14]依照这种解释模式，造物主的智慧通天彻地，创世造物的伟绩具有不可怀疑的正确性，已经造好的物种从低到高各安其位依次排列成以人高居顶端的自然阶梯或生物链，这种将不同生命形态置于简单的线性模式的亚里士多德式的做法曾经用来解决地质学证据与神学观念的冲突。整个世界的来源似乎很自然地囊括了人这种独特生物的起源，人们可以被牛顿所描绘的充满秩序感的世界图像所折服，但却不妨碍人们把牛顿看作上帝的代言人，把他的力学体系看作上帝伟力的最佳证明。直到19世纪初，对以《圣经》为代表的叙事真实性的质疑才越来越多并累积为将人们对于世界和人类的看法进行倒转的力量。人们更乐于看到变化并追究其根源，那些在过去受到轻视的、被忽略的变动不居的不“真实”的种种存在被纳入了逐渐分化的各门学科的研究领域，在此过程中人对自身的来源的观念也有了同步的变化，这一由达尔文倡导的“自然选择”理论开创的以演化论思想来考察人类由来的过程就是人类寻根意识的科学化。
恩斯特·迈尔这样评价《物种起源》的出版，“这一事件或许是人类所经历过的最伟大的知识革命。它不仅挑战了世界是恒定和短暂的这一观念，而且挑战了对于生物奇妙适应性的原因的看法，更令人震惊的是，它挑战了人类在生物界中占据着独特地位的思想”[15]。实际上，达尔文确实将古已有之的观念进行了倒转，鉴于这种倒转在各方面引发的巨大效应尤其是在人类的寻根之旅中别开生面的作用，完全可以将其称为人类思想史上的“进化论转向”。
正如前文所述，进化论思想古已萌生，但仅仅被当作不起眼的奇谈怪论弃置一旁，思想的边角料能否转换为大放异彩的主流观念，取决于人们如何看待世界的状态和判断人在自然中的位置。古人的世界是看重静止的，经验范围的周流不休的事物随处可见，但人们却认为这一切只是不可靠的假象，最高最真实的存在是不动的，神和神创造的秩序就是如此，因此物种作为神的创造也是恒定的。灵与肉的二分法实际上也预置了静与动、恒久和短暂、真实与虚假的判断，人是神的意志、神的气息以及虽然无形却来自神的东西和有形质料相结合的结果。但是文艺复兴以后的世界观转而重视变动的经验，更看重行动的价值，地理大发现所带来的物种证据的扩张，技术进步催生的观测工具揭示的原本不可见的微观世界，不可避免地引发了对于流行的宗教观念的小心翼翼的怀疑，曾被忽视的观点得到重新审视，描绘出新的图景。进化论思想的先行者起初是在保留上帝造物的前提之下来深思生物的起源，比如荷兰博物学家简·施旺麦丹（Jan Swammerdam）曾在17世纪以先成论的立场猜测上帝一开始只创造了一种动物，其后这种动物分为其他物种。在当时的思想条件下，这已经是最明确的万物同源、演化分殊的最大胆表达了，可以将其视为现代演化论将某个原始物种作为所有物种共同祖先的说法的先声。与此同时列文虎克已经观察到细菌和原生动物，能准确描述红细胞的形态，生物多样性的事实得到进一步强化，而关于诸种生物的神创论的解释力却在减退。到了18世纪，法国地质学家贝诺易·德·迈列（Benoit De Maillet）隐忍了20年后在1735年匿名发布了一种和2000多年前的阿那克西曼德的鱼变人的说法颇为相似的观点，认为海里的胚胎发展出了所有生物，事实上现代生物学是在一定程度上认可有关鱼类祖先的猜想的。紧随其后在生物起源方面做出大胆猜测、修改了从亚里士多德时代流传下来生物阶梯图的瑞士博物学家查尔斯·邦纳（Charles Bonnet）不再沿用原有的线性图示，而是用更有说服力的树形图来展示生物谱系，虽然他乐于用当时已知的全部生物填满自然阶梯图的尝试显得过于急切了，但在此过程中他首先使用了“进化”的说法。不过这里所说的“进化”“只是指卵的发育”[16]。虽然邦纳的观点依然停留于科学的进化论破晓而出的前夜，但“进化”一词不仅蕴含着与物种不变论截然不同的变化观念，也赋予了变化趋于更高、更好、更复杂、更完善的方向性，所以这一时期的进化观念意指从无生命物质（如矿石）的底层向植物、低等生命（如珊瑚）、高等动物（如鼠类）直到人类的链条般的上升性的事物排列方式。不过这种排列具有恒定的、与造物主的完美排序相一致的连续性，人们还缺乏勇气更缺乏证据来完全否定创世论。
与此同时，西方文明的扩张开拓了人类的眼界，形成了影响深远的全球性视野和新的世界种族格局，飞速增长的全球贸易和远距海航促进了动植物品种的交融和扩散，使欧洲人见到了很多闻所未闻的物种，原有的命名和分类的系统已经不适用了。瑞典学者卡尔·冯·林奈（Carl von Linné）根据生物的外部形态的异同创立了新的等级图谱和分类体系，并用全新的双名法（binomial nomenclature）为它们命名，这种以《圣经·旧约》主张的创世论为绝对正确前提的研究方法被以后的生物学所沿用，表明与宗教观念截然不同的演化论思想的形成存在一个对前人思想进行扬弃的过程，这也是人类寻根意识的科学化路径逐渐明晰的表现。林奈的分类学赋予了相似性思维在生物学研究中的合法性，这种思维方式的运用最初只能从生物外部形态和动物的胚胎及体态方面获得保障，因而承担了相当大的风险，在大约100年以后，随着生物学的发展深入到分子层面，基因型和表现型的统一关系完全确立了相似性思维在生物学当中的地位，也证实了林奈的远见。林奈的物种分类理论还主张来自于同一群体的属（科）可通过迁徙实现分化，并受到具体环境条件的作用。
然而林奈却和同时代的很多人一样，从对基督教的虔信出发，对创世论深信不疑，把生物的相似性归功于上帝的创造，所以人类寻根之旅的探索范围依然未能有相对于宗教传统的实质性的突破。但是在同一时期，法国博物学家乔治·德·布封（Georges-Louis Leclerc de Buffon）并不完全认同林奈的生物等级分类法，并对创世论表示质疑。他认为，如果人类对于自身来源的追问一直前推，直至溯及元祖，那么按照林奈的分类方法，生物学上同族的猴子和人应该具有共同祖先，依此类推，所有的植物和动物都源自同一个遥远的祖先，这意味着只要有足够长的时间，某种动物可以逐渐衍生出其他动物。可以看出，布封在生物的起源方面所持的这种观点显然不同于《圣经》里的教条，他的观点具有明显的无神论和决定论倾向，且在共同祖先可以分化出不同种类方面，有和现代演化观念一致之处。布封主张的物种自然发生论“非常强调物种是通过生殖维持的类群的定义”[17]，并在前人“生命颗粒”的假设基础上提出了抽象程度不逊色于前者的可以保持物种形态的固定“内在模型子”假说，这一假说并无任何实验根据，且会在推论上返回物种不变的老路，但它是一种内因论。在物种的具体发生机制方面，布封主张一种“退化理论”，他并不正确地把某些地域性物种看作是原始类型的退化，而且这种退化在地域特点的变化中因为其内在的限制具有可逆性，比如各种猫科动物就是某种远古猫类的退化，各种猴子是人的退化，这种具有明显的机械唯物论性质的理论与现代演化论相比，在共同祖先这一点可视为达尔文的理论的先声。与此同时，丰富的物种及其化石，也包括在化石方面无迹可寻的现存物种，似乎在提示人们注意要么造物主曾实施物种的连续创造，要么就存在演化过程，布封的学生让·巴蒂斯特·拉马克（Jean-Baptiste Lamarck）明确地主张后者。
应该说，达尔文之前的演化论观念已经从生理结构和胚胎发育方面注意到了生物的多样性和变动性，并猜测到各种生物很可能有共同的自然先祖，而生物形态、功能和习性的差异是远古以来连续变化和有序分化的结果。但这些理论无法彻底摆脱宗教的影响，也无法完全立足于充分的自然科学证据来解释生物演变的因果机制及生物结构和特定功能的形成原理，因此在达尔文的自然选择理论创立和公布之前，演化论的解释力和影响力十分有限，寻根意识的科学化依然处于准备阶段。对达尔文的自然选择理论影响最大的是马尔萨斯的资源有限论和莱伊尔的均变论，也有像华莱士那样的并不彻底的演化论观点，由于无法解释人类为何在精神方面与动物有天壤之别，仍将人类视为上帝的杰作，无法摆脱万能初创者的参与，还有更早的来自威廉佩利的智设论观点，同样徘徊在受超自然力量支配的活动范围内。这些出发点各不相同、表达风格迥异的理论激发了达尔文试图以新理论解释物种来源的热情，他希望自己能够找到现存的每一种生物都能适应其所在环境的根本原因，用自然的过程、以自然科学提供的直接证据对这一切进行合理的解释。
“通过自然界的数据来说服人们相信演化观念的人，达尔文是第一个”，[18]寻根意识科学化的最重要的解释来自达尔文的以细致深入的地理考察和生物学研究为基础的、以变异、遗传和选择为核心要素的自然选择理论（后来为了解释某些动物具有的看上去似乎与生存的直接需求并无明显关系的反常结构，达尔文提出以同性竞争和异性选择为核心观念的性选择理论作为补充性解释）。赫胥黎曾这样推崇达尔文的理论，“它拥有大量显而易见的可能性，它是眼下使得混乱的观察事实理出头绪的唯一手段；最后，它是从自然分类系统建立和胚胎学系统研究开始以来，给博物学家们提供的最强有力的研究工具”[19]。迈尔的评价则说得更为明白，他认为《物种起源》是科学与宗教真正分离获得自身独立形态的标志。
（三）寻根意识科学化的特征
在达尔文看来，“所有的物种都是从共同祖先通过变种的演化而产生；经由自然选择这一过程，首先形成稳定的品种，然后形成新种；本质上，自然选择过程与在人类干预下家养动物产生新品种的人工选择完全一样；在自然选择中生存斗争取代了人的位置，在自然选择中它发挥着人工选择的作用”[20]。对于达尔文所说的演化，迈尔认为其中包含着两个独立的过程：前进演化和支序发生[21]。“世界上没有两片完全相同的树叶”的多样性和差异性信念在达尔文这里涵盖了每一生物个体，并呈现出资源有限前提下适者生存的命运。达尔文的思想除了以一种简洁的方式解释了万物起源和人的由来，还为后人提供了很多相关的思想的出发点，包括非洲同祖论、直立行走对双手的解放、动物行为中的工具萌芽等。根据理查德·利基的概括，达尔文在公布自然选择理论之后，又在《人类的由来及性选择》中确立了关于人类演化的两个关键的表述，这也是现代人类学理论结构的支柱。第一个方面是他根据人类和大猿的密切关系，从只在非洲发现有黑猩猩和大猩猩这两种与已绝灭猿类有关的大猿的事实，推断人类的发源地很可能是在非洲。当时除了发现有与人类演化的较近时段相关的尼安德特人化石外，并未发现其他古人类化石，以20世纪以来人类起源和演化研究的一系列重要成果来看，不能不说这是继否定创世说之后达尔文再次表现出的又一力排众议的远见。尤其是20世纪以来分子生物学的方法应用到人类学范围之后，具有排他性的非洲起源说以比从前有力得多的遗传学证据把现代人类的唯一起源地确定于非洲，从这一看法得到的争议和赞同来说，显然后者更多。第二个方面则是关于人类演化的方式，达尔文认为直立行走、工具能力及脑容量扩大这几个方面的协调产生是人类的重要特征。达尔文相信，直立行走解放了人的上肢，为人类提供了一系列好处，包括产生了能以石头制作武器的能力，正因为有了自然器官以外的更强大的武器，原先用于争斗的牙齿和上下颌就不再那么发达。这些变化进一步促进了社会交往，并对智力提出更高要求，人类的先祖变得更聪明，社会行为和技术能力进而更复杂，接着又对智力提出比之前更高的要求，这种正反馈的状态就是人类演化图景的基调。
如此看来，这种在思想内部具有的连续性甚至被视为人类历史上杰出的思想家们跨时空合作的结果，“尽管查尔斯·达尔文作为演化论的奠基人享有很高的声誉，但需要注意的是，演化论的最初想法是由达尔文和华莱士共同提出的。演化论光辉的历史，常常被归功于达尔文的一个创造性举动以及另外几位学者的发展，事实上是数以千计的思想家历经数个世纪的创新性合作的经典案例”[22]。正是不同时期伟大思想的契合，使人类寻根意识科学化的程度越来越高。
寻根意识的科学化具有以下特征：第一，只从自然角度来寻求人类乃至万物的根源，排除所有神话、宗教和神秘主义的特创论解释，具有典型的无神论和唯物论色彩。自此以后，人们的寻根意识被安置于科学的演化理论中。以万能的造物主的意志及其作品作为解释所有问题尤其是万物由来的根本原因，并同样把人的来源归于神力创造的奇迹的重要组成部分，在科学尚不发达的时代，这种以神意神力作为终极原因的想象和表达是一种颇为轻松、省力和稳妥的叙事方式。但是从启蒙时代以来，上帝创世论在人们观念中的主导地位不断动摇，从天文学、地质学到生物学，迅速增加的科学发现引发和加深了人们对于上帝创造的完美世界及其永恒秩序的怀疑。很多学者也试图在不改变造物模式背景的前提下提出一些类似线性的生物阶梯论[23]这样的具有折中色彩的理论，但类似的理论对复杂的生命现象缺乏令人信服的解释力，也无法真正满足人们内心深处始终挥之不去的寻根的渴望。达尔文的自然选择学说的出现改变了这种窘境，虽然他的理论不是一种从创立之初就能完美解释所有生物演化现象的万有理论，但是生物演化的最主要的机制首次得到了清晰而简要的说明，人类和其他生物一样都在庞大而瑰丽的生命之树上拥有自己的位置，生命在根本上是一体的，人类在根本上是命运相通的，但这一切都是盲目的自然过程渐进积累的结果。此种解释模式也使必然和偶然、先天与后天、连续性和非连续性这样一些哲学上的老问题在新的理论架构中深入持久地继续讨论下去。
第二，从可变性角度来看待物种的存在，彻底打破了宗教意味浓厚的物种不变论。这一特征的呈现可以说是超自然力随着科学发展迅速消解之后的又一积极后果，也是对自古以来崇尚恒定不变的单一性存在的观念的颠覆。由基督徒转变成为怀疑论者的达尔文以有规律的变化观念给整个生物界注入了内在的活力，这在很大程度上是用已知的变化规则来解释过去时代自然现象并以同样的思维模式对人类由来进行科学化表述的思想成果。只有对充满多样性的生物世界的丰富变化和不同结构所具有的适应性进行科学的解释，这种演化理论才是可信的，而要达到这样的效果，对物种可变性的认可和对新物种来源的说明必须共存于同一体系，以摆脱传统目的论的、渐进式的自然选择过程来告诉人们：人类的位置就在扎根于自然界的生生不已的巨树的某一分支上，人类是从和猿类一样的祖先以某种自然过程多次变化而来。在崇尚变化的解释体系中，人类当然可以继续保持其独特性，但这已不是指获得了造物主恩赐的种种高于其他动物之处，而是指在超越日常经验的时间尺度中，先天和后天因素的共同作用，促使古猿的某一种系选择了与其同类不同的生存模式，因此常态化的直立行走、不断增大的脑量、极高的智能、不断提升的工具行为和综合了各方面能力的劳动以及遵循逻辑和语法的语言，还有文化，尽管有各种争议，但都被用来说明人类这一依然处于演化中的物种的独特性。
第三，具有典型的“以今论古”的思维特征。由于达尔文成功地“对进化进行了诠释，这种诠释并不依赖于任何超自然的力量和因素。他从自然的角度来解释进化，也就是说利用任何人在自然界中能日常观察到现象和过程来解释生物的进化”。因此寻根意识的科学化完全秉承了地质学中“将今论古”的原则，以现代人类的自然属性和社会属性作为蓝本，包括以现代人生活中基本生活要素的基本架构，来还原古人类的生活场景，重现其智能、工具和语言的演变。也就是说，构建关于人类演化的“荒野记忆”的逻辑顺序并不是真的以猿类为起点，恰好相反，是以人类为本位。这种模式的优点在于，我们能够把随着技术手段的进步不断获取的考古学证据、行为学证据和遗传学证据纳入一个逐步完整的体系，给出一个统一的解释，在缺乏解释力的宗教体系之外提供一种更可靠的认识路径，可以起到进一步揭示当下的人性，把握人类的共同命运的作用。但以下的缺点也是不可避免的，由于证据的缺乏和芜杂，互证的困难大大增加，研究者基于不同的立场，往往在解释上不能完全免于主观随意性，对于已有证据的新解释和新发现证据的分析使人类的寻根之旅充满了不确定性。
第四，相似性思维。这一特征的表现正如伊恩·莫里斯所言，“无论我们的田野工作和立论如何复杂，对于考古学发现的解读总要不可避免地依赖于在发现物与历史或人种学报告之间寻找相似性”[24]。而在人类演化问题上倚重相似性的做法，实际上很多时候是来自达尔文所开创的从动物的生理构造、生活习性、行为特征与人类的各方面表现相似性的研究方法，这么做的初衷是在万物同源的信念前提下对生物界具有连续性的设定。如达尔文将莱伊尔在地质学研究中的河成论包含的渐变观点应用于生物形态渐变，以解释新物种的产生。林奈的生物分类法也是立足于相似性，特别是在人属的划分和对人类与猿类关系的判断方面，他从相似性方面制定了基本的纲领。但是相似性思维在为到目前为止的人类学研究提供了大量可用分析的同时，也把一些问题的探究引向歧途。理查德·利基就曾举出腊玛古猿化石一开始被误认为人类化石的例子，说明“解剖上的相似，并不一定隐含着进化上的相关性”[25]，因为相似的性状很可能是表面的，后来的血液蛋白作为分子钟的研究结果证明腊玛古猿还不是双足猿，当然更非人类远祖，而是一种更古老的猿类，从这种古猿分化出非洲大猿和人类的共同祖先，其后分子生物学提供的人类与猿类的分化时间与之前遗传学提供的分化时间相吻合。这一事件对人类学研究中对相似性的依赖提出了警告，“用实例显示根据共同的解剖性状来推断共同的进化关系是极其危险的”[26]。关于人类和黑猩猩的基因相似度问题也是这一思维方法使用过程中值得谨慎对待的重要例证。尽管如此，即便对相似性思维保持谨慎态度，也并不意味着这种思维方法的重要性会降低，只是需要跳出单一的、非此即彼的考察模式，“相似性和差异性不能偏废；它们彼此共存”。
第五，从人类种族的历史关系方面对普遍性和特殊性、单一性和多样性的关系进行了深入思考并提供了来自人类演化的越来越充分的证据。最明显的例证便是共同祖先理论的提出，达尔文不仅根据人和猿的解剖学、形态学特征及现代大猿的特殊地理分布正确地预言了非洲是现代人类最初起源地，而且在行为学和习性学研究中也找到了人类可能有一个共同祖先的线索。他曾经说过，“人类所特有的一切主要表情是全世界都相同的，这个事实是很有趣味的，因为它能够提供出一个新的论据来，而有利于几种民族起源于单一的祖先种族的说法；这个祖先种族在还没有分开成彼此不同的人种的期间以前，已经差不多具有完美的人体构造，而且也具有大部分人类的精神”[27]。
第六，与所有划时代的科学理论和科学解释一样，寻根意识科学化的理论表达是极为简约的，这些简约的部分构成了演化论的“硬核”部分，其保护带部分容纳的各种辅助性假说越来越多，已经形成了一个庞大的理论体系。从19世纪就有的共同祖先理论、生命起源学说、渐变理论和自然选择理论开始，20世纪以来，间断平衡理论、中性进化理论、综合进化论的新观点加入进来，
这是一个不断寻求和分析各种生物学证据以便建立一个尽可能完善的人类自然史的过程，万能的神力黯然退场，充满偶然作用的自然力将借助科学的证据，为每个寻根溯祖的现代人，讲述根生何处的古老缘由，唤起每个人都应该有的、以日常经验难以完全对接却在某些方面倍感熟悉的“荒野记忆”。
如前所述，人类寻根意识的科学化所产生的一个最为明显的后果，便是寻找（实际上是构建）一种具有普遍意义的关于人类自身如何从自然中脱颖而出的“荒野记忆”。这种被预设为人类所共有的记忆通常是借助于被简化为从猿到人的在时空上具有明显超出日常经验特征的线性表述来体现的，其理论根源依然要追溯至演化论的初创者从人与猿的相似性入手所产生的丰富联想。在达尔文发表《物种起源》引起人类思想的巨大波动之后，自称为“达尔文的斗犬”的赫胥黎经过对胚胎学证据的分析以及包括骨骼（头颅、躯干、手脚）和大脑构造在内的解剖学特征的比较，于1863年发表《人类在自然界的位置》一书，提出人猿同祖假说，在认可林奈对人的生物分类所关联的自然因果关系的同时，揭示了人类与黑猩猩和大猩猩在生理构造上比大猩猩和其他猴类更接近的事实，提出人类起源的两种可能性：一种情况是“人类很可能由一种类人猿经过逐渐变异演变而来”，另一种情况则是人类和猿类是由共同的原始祖先经过变异出现分支的结果，即人类“和那些猿类由同一原始祖先分支演化而来”[28]。八年后，达尔文基于对人类和较低等动物在胚胎发育、身体构造和体质特征方面的大量相似表现的长期观察比较，并结合对退化器官和返祖现象的思考，提出了“人类和其他哺乳动物乃是一个共同祖先的同系后裔”[29]的重要判断，构成了后来被称为共同祖先理论的最基本的观念。而对于人类从猿类中最初分离出来的进化阶段所关联的地域，达尔文认为“同大猩猩和黑猩猩关系密切的绝灭猿类以前很可能栖居于非洲，而且由于这两个物种现今同人类的亲缘关系最近，所以人类的早期祖先曾经生活于非洲大陆，而不是别处地方，似乎就更加可能了”[30]。从这时起，关于人类起源和演化的探究和表达就确立了两个基本的支点：从生物类别上源自灵长类，从最初发生地定位于非洲大陆。立足于这两点，达尔文思想的后继者对各类证据进行比较、归类和分析，试图用一个与新老物种更替密切相关的树状结构还原出人类起源和演化的基本脉络。
行文至此不难看出，19世纪以来兴起于欧洲的人类寻根意识的科学化进程主要表现为以演化论来探究人类的由来，而这种探究所借助的全部方法和证据只不过是文艺复兴以来西方人的知识从整体上科学化的产物，对各种自然现象的解释摆脱了《圣经》教义的束缚。自然科学的各个门类或者是原有形态中推陈出新，或者是作为前所未有的新兴学科发展起来。首先是解剖学的完善，由于安德烈·维萨里（Andreas Vesalius）突破当时的宗教禁忌和教学惯例[31]，亲力亲为参与到解剖实践中，准确描绘了人体结构，修正了原先被封为权威的盖仑的错误达300多条，他的革命性贡献使解剖学成为“与人类进化研究最为密切”[32]的严密学科之一。这一点很重要，因为对化石的分析和对比完全立足于我们对现代人类身体结构的系统认识，而通常又被称为智人的现代人类实际上就是指解剖学意义上的现代人。这就意味着如果没有可靠的现代解剖学，对人类进化的科学研究就无从谈起。
在同一历史时期，人们对于自然环境的观念也逐步摆脱了神创说的束缚。在对于自然界的地质地貌的认识方面，由于工业革命中道路建造技术的推动，让原本深藏不现的岩层暴露出来，从而要求一种摆脱《圣经》观念的对地貌的新解释，这种要求首先以水成论（Neptunism）[33]、火成论（Plutonism）[34]和均变论（Uniformitarianism）[35]的形式得以呈现，从而使地质学也现身于科学的版图，以科学的自然史表达取代了《创世记》式的神秘讲述。均变论所主张的地质形态渐变的观念直接启发了达尔文，他把这一思想应用于生物形态的演变方面，为新物种的出现找到了一种可信的解释。科学化的地质形态解释模式的跃迁抹去了原先笼罩在化石上的超自然色彩，岩石中的动植物结构不再是神话传说的某次大洪水后的遗存物，而是可在同一位层中并存的与现有物种密切关联的已绝灭物种所遗留，那么人类的起源也就不再是上帝创世故事的一部分，而可以有纯粹依赖于地球的自然历史变化的解释。对寻根意识科学化产生重要推动的还有来自林奈的生物分类法，这种方法本身也经历了一个科学化的过程并被沿用至今。这种分类法是以生物形态和生理功能相似性为依据，克服了原有的仅按时间顺序进行分类的做法，将整个自然界纳入一个具有包容性的层级系统中，不仅将18世纪新发现的诸多物种安放于合理的位置，而且为寻求动植物之间的自然联系搭建了一个基本框架。从这一框架凸显出一个人类居于顶端的树状结构，各种动植物依其复杂程度的差异处于不同层级，并因各层级对应的类群而各归其位，最基本的层级必然指向共同祖先和共同起源，所以原有的具有宗教意味的树形生物链的比喻就转换为科学研究中的实际设定。虽然在生命树系统初创时期，生物间关系亲疏的判定依然以常规的、宏观的形态方面的观察证据为主，但很显然，生物形态相似性是与生物在生命树中的位序直接关联的。
正是依循这种基本原则，从第一块人科动物化石被发现至今，褪去神话外衣的化石才得以和现代人的真实生理结构相对照，古人类学和考古学研究者才能越来越详尽、越来越逼真地绘制出时间线索与类群线索并重的人类起源和演化的图谱。在这张图谱中，对时间的把握由千万年前粗率地跳跃至数百万年前，再力图更准确地定位于数十万年前，从空间而言则横跨亚、欧、非各大陆板块。气候变化被认为是迫使古猿改变树居生活方式的直接原因，这些目前被推测为是人类和现代类人猿共同祖先的多毛猿类为了适应环境变化逐渐具备了迥然有别于其他动物的直立行走之姿，日益灵巧的手臂取代了原本笨拙的上肢，从自然物中打造、使用、携带和升级工具，能更高效地防御外力侵袭并以狩猎、采集和驯化获得更多食物。而对火这种强大自然力的掌控，给古猿的后裔们以更丰富的营养、更充沛的体力和探索未知地带的更多自信，他们的脑量也增大到了一个足以让他们能够具备想象力和更完善的意识活动的程度，这使得他们能在精神上也站立起来，能完成长距离迁徙，穿越广袤大地，把自己的足迹散布各处。在数万年前，数种因素的合力更把野兽般的嚎叫变成人类特有的语言形式，进行前所未有的信息交流，让这智能超群物种的协作能力空前提高。这是人类从体质特征到精神状态都逐步脱离动物界的艰辛历程，也是从懵懂无知、盲目被动的自然乐园状态走向社会性家园的漫长路途，从荒野进入天然洞穴，从洞穴走向自己建造的屋宇。毫无疑问，这一幅对人类追根溯源的长卷中的大部分笔触都是粗线条的，我们依然在用人类这个物种最擅长的想象力从第一人称角度讲述一个错综复杂的故事，构建一段曾经在密林中穿梭，与野兽为伍却又脱颖而出把自己塑造成万物灵长的集体记忆。[36]