采集粪便标本的方法因检查目的不同而有差别，如常规检验留取新鲜指头大小(约5g)即可，放入干燥、清洁、无吸水性的有盖容器内送检。不应采取尿壶、便盆中的粪便标本，因标本中混入尿液和消毒剂等，可破坏粪便的有形成分，混入植物、泥土、污水等，因腐生性原虫、真菌孢子、植物种子、花粉等易干扰检验结果。粪便标本检验时，应选择其中脓血黏液等病理成分，若无病理成分，可多部位取材。采集标本后，应在1小时内完成检查，否则可因pH及消化酶等影响，使粪便中细胞成分破坏分解。

粪便必须新鲜，送检时间一般不宜超过24小时。如检查肠内原虫滋养体，应于排便后迅速送检，立即检查，冬季需采取保温( 35～37℃)措施。血吸虫毛蚴孵化应留新鲜便，不少于30g。检查蛲虫卵需用透明胶带，在清晨排便前由肛门四周取标本，也可用棉签拭取，但均须立即镜检。检查寄生虫体及虫卵计数，须用洁净、干燥的容器，并防止污染;粪便不可混入尿液及其他体液等，以免影响检查结果。

采用化学法做隐血试验应嘱患者于收集标本前3天起禁食动物性和含过氧化物酶类食物(如萝卜、西红柿、韭菜、木耳、花菜、黄瓜、苹果、柑橘和香蕉等)，并禁服铁剂和维生素C等，以免假阳性反应;连续检查3天，并选取外表及内层粪便;收集标本后须迅速送检，以免因长时间放置使隐血反应的敏感度降低。粪胆原定量检查应收集3天粪便，混合称量，从其中取出约20g送验;查胆汁成分的粪便标本不应在室温中长时间放置，以免阳性率减低。

粪便标本应收集于灭菌有盖容器内，勿混入消毒剂及其他化学药品，并立即送检。

应按生物危害物处理，遵照各级医院规定的医疗废弃物处理方法进行处理。

使用后置入医疗废弃物袋中，统一处理。

使用后可先浸入消毒液(如0.5%过氧乙酸、5%甲酚皂液等)浸泡消毒12～24小时后再处理。