疑难病证多非一脏一腑为病，病变往往涉及多个层次、多个脏腑。既可同时患有数病，也可见于同一疾病，如合病（起病即二经、三经病证同时出现）、并病（一经未愈，另一经证候又起）等。由于五脏互为资生制约，脏与腑表里相合，病则互相影响，故治疗不仅要按其相生、相克关系从整体角度立法，有时还需两脏或多脏同治，把握疾病传变的规律，采取先期治疗，切忌顾此失彼，只看表象，不求本质，只看现状，忽视因果关系。

由于病的特异性，首犯部位不同，所病脏腑亦有先后主次之别。如哮喘的病变过程涉及肺、心、肾等多个脏器，但总以肺气上逆为主，病变主脏在肺，同时因肺为气之主，肾为气之根，心脉上通于肺，病则互为因果，故与心、肾亦有密切关系，后期可因肺不主气、肾不纳气、命门火衰、心阳失用导致喘脱。此外，基于脏腑之间的生克制约关系，疑难病证极易传及相关脏腑，如表里相传（胃病传脾等）、母子相传（肾病及肝等）、乘侮相传（肝病及脾等）。或因某一脏腑功能失调产生的病理产物，损伤其他脏腑而致病，如水邪凌心犯肺、痰瘀蒙蔽心脑神机等。

人体各个脏腑是一个统一的有机整体，在疾病过程中可以互相传变，尤其在疑难急症中就更为突出。因此，治疗某一系统的病，不仅要针对其主要病变脏腑，还要根据症状表现从脏腑的相关性辨析，采取对应处理。同时，必须把握病的特异性传变规律，进行先期治疗，未病先防，既病防变。正如张仲景所说“见肝之病，知肝传脾，当先实脾”。