疾病发展过程中由于脏腑功能失调，而变生的病邪，进一步作用于人体，成为影响疾病发展的重要中间环节，谓之病理因素，现代称之为“第二病因”，以区别于导致疾病发生的“第一病因”，大致包括痰、浊、水、饮、湿、瘀、火、毒等。每种病理因素的产生及致病均有一定的规律可循，临床当灵活审察这些病理因素的来龙去脉，即从何而生、向何方向发展、有何危害、如何防治，这对认识疾病的性质，抓住主要矛盾，阻断和控制病情的发展有重要价值。

从某种意义上而言，审证求机的核心即是求其第二病因。因为许多疾病发生以后，在众多的证候群中，往往已找不到“第一病因”的依据。疾病的病机实质由病理因素所决定。如风温肺热，初起如表现为恶寒、发热、无汗、脉浮紧，审证求因，是感受风寒病邪。但由于病邪易于化热的特点，以及素体阳气偏亢、用药过于辛热发散等原因，使风寒之邪迅即热化，导致肺热内盛，肺气不利，津凝成痰，痰热阻肺，而表现为以咳嗽、胸痛、咯吐黄浓痰为主症，此时已突出了“痰热”的特性，第一病因“风寒”虽说是转化成为“痰热”的条件，但实际上可以理解为风温肺热病以“痰热”为其主要病理因素。

其次，临床上还经常遇到特定病因的证据不足，难以追询和确定病因的情况，尤其对小儿疾病、神识痴呆患者，更是如此。这里，就需以望诊、闻诊、切诊为主，依据病位、病理因素的发病特点，进行推理定性。水、饮、湿、痰、浊同属阴类，互相派生。水邪流动，易于泛溢肌肤而为水肿；饮留于内，多在脏腑组织之间，如悬饮、支饮；湿邪黏滞，常病在脘腹下肢；痰则随气上下，无处不到；浊邪氤氲，常犯脑腑清窍。瘀血则易闭阻经隧脉络，影响肢体功能。风性走窜，动摇不定。毒之为病，不论外感，还是内生之毒，每有起病急，病情重，痼结难愈，后果严重的特点。

第三，临床上病理因素很少孤立存在，而多错杂为病。如胃脘痛常见湿（痰）热互结；毒邪多与他邪兼夹，如火毒、瘀毒、水毒、湿毒等，如慢性乙型肝炎常因湿热瘀毒胶结为患，而流行性出血热少尿期则常见热毒、瘀毒、水毒“三毒”错杂并见，糖尿病每见湿热、瘀热、燥热“三热”复合的情况。因此，必须注意抓住主要矛盾方面，如痰瘀相兼者，应分析是因痰致瘀，还是因瘀停痰，探求其形成原因，权衡其孰轻孰重，以明确治痰治瘀的缓急、主次，或是通过间接地调整脏腑功能，如运脾化湿，绝其生痰之源，通过治痰之本、治瘀之因而消除病理因素。