通过胃镜钳取胃黏膜组织，石蜡包埋切片，染色进行组织学镜检，检测 H. pylori，对有经验的病理医生来说是诊断该菌感染的“金标准”。采用组织学方法检测 H. pylori具有以下优势：①在胃镜取材时明确胃内的大体病变，如溃疡、胃癌；②在明确 H. pylori感染的同时，确定胃内炎症的程度和类型；③对接受 H. pylori根除治疗后复查的患者，可明确胃十二指肠病变的转归。

用组织学方法检测 H. pylori时活检标本应尽量大；胃活检组织应定向垂直切片。悉尼系统推荐在胃窦和胃体各取两块胃黏膜标本，而临床应用在胃窦取1块标本已能诊断98%的 H. pylori感染。常用的HE染色可满意地显示胃黏膜的组织学形态，但用于诊断 H. pylori感染则敏感性较差；特殊染色，如Warthin-Starry银染色阳性率较高，但操作复杂、染色技术要求较高、价格较贵；Giemsa染色简便、价廉，值得推广；免疫组化染色特异性高，但费用高，通常不作为临床常规的诊断技术；荧光原位杂交（FISH）检测 H. pylori感染具有较高敏感性，也被用于 H.pylori对克拉霉素耐药的检测。

镜下幽门螺杆菌呈S状或短棒状，稍带弯曲的短杆菌（图4-1），位于胃黏液层下，黏膜上皮表面，可侵入至胃腺窝深部及上皮细胞连接处。根据细菌定植累及的范围确定细菌定植的密度。重度定植为大量细菌累及2/3活检材料中的胃腺窝；轻度定植为单个细菌或少量细菌累及1/3活检材料中的胃腺窝；中度定植界于两者之间。

诊断细菌感染最准确的方法是细菌培养，只要 H. pylori培养成菌落后，可以用各种生化及分子生物方法进行菌落鉴定，其特异性可达100%。因此，用细菌培养方法检测 H. pylori常作为诊断 H. pylori感染的“金标准”。然而用培养的方法检测 H. pylori作为常规诊断 H. pylori的检测手段临床应用较少，临床上 H. pylori培养的方法主要用于体外检测抗生素的敏感性以指导临床用药，还可作为“金标准”评价新的诊断方法。事实上， H. pylori的细菌培养主要用于科研方面，如 H. pylori的分型，构建动物模型，以及 H. pylori的致病机制研究。经胃镜活检钳取胃黏膜组织用于培养时，应无菌操作；通常由胃窦部取材，对服用抑酸剂特别是质子泵抑制剂者，应增加胃体部组织1块。

H. pylori的培养包括固体培养和液体培养。固体培养基包括含抗生素的选择性培养基和不含抗生素的非选择性培养基；液体培养基为布氏肉汤或脑心浸液。 H. pylori的生长条件为37℃，微需氧。细菌培养后应依据菌落形态、涂片染色的细菌形态以及细菌的生化反应常规进行鉴定。培养物涂片Gram染色呈Gram阴性短棒状、S状弯曲菌（图4-2左）；培养阳性的 H. pylori菌落呈半透明针尖样（直径1～2mm）（图4-2右）。通常应同步进行的生化反应为尿素酶、过氧化氢酶和氧化酶检测；如需进行进一步的体外药敏试验或其他研究，需转种增菌并冻存菌液。

H. pylori可产生活性很强的特征性的尿素酶，分解胃酸中的尿素为NH ₄和CO ₂，NH ₄使局部pH升高，中和胃酸便于细菌定植致病。 H. pylori试验就是利用这一原理检测胃镜活检标本中的 H. pylori，活检组织中的 H.pylori分解尿素产氨，使尿素酶试剂的pH变为碱性，使试剂中的酚红由黄色变为红色。由于胃内环境仅适于螺杆菌大量定植，胃液中其他产生尿素酶的过路菌要么菌量太少，要么尿素酶活性低，其改变试剂中pH的能力被缓冲液所缓冲，不致使试剂变色出现假阳性结果（图4-3）。

目前，国内外有多种商品尿素酶试剂盒出售，也可自行配制液体尿素酶试剂。快速尿素酶试验的敏感性和特异性在90%～95%。由于快速尿素酶试验可在胃镜检查时快速进行，操作简便易行。因此，特别适合于在基层单位开展。然而，标本的大小、反应时间、环境温度等均可影响尿素酶试验的结果。观察时间短，敏感性低，特异性高；观察时间长，敏感性高，特异性差。由于结果判断是通过肉眼完成的，故结果易产生误差。还应注意的是，在胃内有活动性出血时，因出血造成胃内pH的变化，可影响尿素酶试验的敏感性和特异性。近期应用抗生素、铋剂或质子泵抑制剂可暂时减少细菌的数量，导致假阴性结果。有研究表明，标本中要有10 ⁴以上的细菌才能显示阳性，因此，此方法不宜单独作为 H.pylori根除治疗后的结果评价。