大部分开放骨折后的急性感染是由医院内部的病原体造成的。Gustilo和Anderson在1976年进行的前瞻性研究中发现，326例开放骨折中大部分的感染是继发的。伤口开放时间超过2周，即可被医院内细菌污染，如假单胞菌及其他革兰阴性细菌。既往已有研究显示，从伤口最初的分泌物培养中预测继发的感染病原体变得越来越困难。近期的研究中，Patzakis等发现，仅有18%的术后感染和清创术中培养的病原体是一致的，这与早期研究报道的73%形成鲜明的对比。最近研究提示：清创术中所取细菌培养不能有效预测后续感染，郝明等分析了术后发生伤口感染的61例开放骨折患者，结果术中和术后细菌感染一致率仅3.3%，术中培养菌以革兰阴性菌为主（68.8%），主要为铜绿假单胞菌，其余均为革兰阳性菌（31.2%），主要为金黄色葡萄球菌；术后培养菌革兰阴性菌占绝大多数（91.3%），主要为鲍曼不动杆菌（49.3%），其次为铜绿假单胞菌（21.7%）和大肠埃希菌（7.2%），而革兰阳性菌仅占8.7%，主要为耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（methicillinresistant staphylococcus aureus，MRSA），这同样证实，开放骨折术后感染是由院内感染造成的。由此可见，开放骨折微生物感染的预防重在加强院内感染的控制。