蠢蠢欲动的后南朝势力
幕府之所以会因大和的混乱而神经紧张，是因为这时候发生了后南朝问题。
明德三年（1392）闰十月，所谓的南北朝合一（明德和约）得以实现，南朝退出历史舞台。然而，侍奉南朝的武士们并未对幕府心服，时常拥立旧南朝的皇族叛乱。这样的南朝复兴运动，被学术界称为“后南朝”。
后南朝问题最初出现，是应永十七年（1410）的后龟山法皇外逃事件。此事件发生在南北朝合一时，我们由这一背景看看这一事件。
明德三年，后龟山同意南北朝合一，率领四十余名亲随离开大和国吉野，向北朝的后小松天皇交出三件神器。后龟山进入京都西郊的嵯峨大觉寺，以“南主”“大觉寺殿”自称。生活虽然孤寂，后龟山却隐忍坚持了下来。南北朝合一时，将军足利义满开出了一个条件，即皇位恢复两统迭立㉑，也就是今后的天皇由旧南朝、旧北朝双方交替继承。
北朝天皇世系略图
南北朝合一的和谈原本就是足利义满无视北朝的独断之举，由旧南朝一方出任天皇这一约定根本就是不现实的。然而，由于不愿明目张胆地背弃和约，足利义满一直没有将后小松天皇之子立为皇太子。因而，后龟山对旧南朝一系的皇子被立为皇太子，在后小松天皇之后即位一事尚存一线希望。
但是，应永十五年足利义满去世，嫡子足利义持继将军位，成为幕府最高掌权者。足利义持并非明德和约的当事人，故而对后龟山不以为意。他意图让后小松天皇的长子躬仁即位。
后龟山了解到幕府并无向旧南朝移交皇位的意向之后，于应永十七年十一月逃出嵯峨，抵达吉野。尽管同时代的史料记载说，后龟山的外逃是因为生活困苦（《看闻日记》），但正如森茂晓所指出的，这是后龟山“对躬仁即位计划的抗议”。
然而，足利义持无视后龟山，毅然推进拥立躬仁的进程。应永十八年十一月二十五日，躬仁被立为亲王，当月二十八日元服㉒，次年八月二十九日践祚㉓（从上一任天皇手中接受三件神器）。称光天皇诞生了。因为称光天皇年仅十二岁，后小松上皇实施院政。也许有人会认为，反正也是后小松统率朝廷，让位毫无必要，但其实在中世，院政才是普遍的情况，天皇亲政反倒是例外。为了确立旧北朝一系对皇位的独占，让称光天皇践祚、让后小松实施院政是必不可少的。
刚刚开启新体制就面临国中之战的幕府，也一定看到了其背后吉野后龟山的影子。因此，幕府拼尽全力试图终结国中之战。大和的混乱平定之后，应永二十一年十二月十九日，称光天皇正式即位。
但是，应永二十二年二月，伊势的北畠满雅因不满称光即位而起兵。（《满济准后日记》）北畠满雅就是那位有名的南朝忠臣北畠亲房㉔的曾孙。伊势北畠氏是南朝势力的中心，南北朝合一之后北畠氏向幕府靠近，作为实际上的伊势守护活动。应永十年，足利义满参拜伊势神宫时途经平尾（今三重县松阪市大平尾町、町平尾町），参加了北畠氏为他举办的欢迎宴会。（《吉田家日次记》）北畠氏意在讨幕府的欢心，以让旧南朝一系皇子的即位得到幕府认可。应永十九年六月，北畠显泰（满雅之父）特地上京同幕府交涉。（《山科家礼记》）交涉内容于史料无载，鉴于后龟山外逃的状况，想必与皇位继承问题有关。
然而如前所述，北畠氏的努力白费功夫，称光天皇还是诞生了。这样，北畠满雅决意放弃合作路线，转而同幕府开战。（不过根据《寺院事条条闻书》，起兵是因为领地的问题。）
南朝天皇世系略图
应永二十二年四月中旬，幕府命京极持光、土岐持益、一色义范讨伐北畠。讨伐军从近江越过铃鹿岭进入伊势，遭到激烈抵抗，陷入苦战。另外，与伊势国境相接的大和国宇陀郡这边，北畠氏的影响力也很大，宇陀郡的泽和秋山两氏遂响应北畠起兵。于是幕府命令众徒、国民出兵宇陀郡，击退泽和秋山。（《寺院事条条闻书》）
同年六月十九日，眼看泽和秋山的活动渐渐平息，足利义持命畠山满庆经大和国宇陀郡进攻伊势。（《满济准后日记》）其兵力仅一百二三十骑，应该是寄希望于众徒、国民的兵力。不过当月二十四日，畠山、众徒、国民等幕府军在宇陀郡的石破一带（大概是现在奈良县宇陀市榛原赤埴吧）遭遇土一揆㉕袭击，军粮等物资尽被抢去。（《寺院事条条闻书》）即便如此，畠山仍攻向伊势，众徒、国民却半途折返。
七月，楠木某响应北畠氏起兵，侵入大和国宇智郡及河内国，放火烧民宅。据说大和国武士中有与楠木相通之人。（《寺院事条条闻书》）七月十九日，畠山满庆分兵一队，派往河内。当月二十四日，楠木某被斩杀。（《满济准后日记》）
根据伊藤裕伟的说法，在北畠这一边，幕府军最终未能攻下北畠氏的根据地多气城（位于现在的三重县津市美杉町上多气）。幕府军与北畠满雅签订停战协议，撤了回来。八月十八日，畠山满庆等人回京。（《满济准后日记》）
将军足利义持十月赦免了北畠满雅（《满济准后日记》），实际上是议和。次年，即应永二十三年九月，足利义持率领诸位大名去奈良，首次参拜兴福寺，之后向后龟山法皇承诺恢复他的领地，邀请他回归嵯峨大觉寺。（《看闻日记》）足利义持对后龟山法皇成为后南朝势力的旗号，再度出现北朝与南朝对立的状况十分戒备。后龟山判断，北畠满雅既然已降伏于幕府，就不必再做无谓的抵抗了，遂回到了京都。
在北畠满雅叛乱之际，兴福寺一直协助幕府，这是因为后南朝势力侵入大和，兴福寺也不可回避。此后，兴福寺在讨伐后南朝势力的问题上与幕府保持步调一致。