GAGA因子是连接PcG蛋白和三腔组蛋白(trxG)的第二个蛋白,是由三腔组蛋白(Trithorax)样基因所编码的。GAGA因子可以作为序列特异性激活蛋白在一些启动子发挥作用,也是可以与多梳蛋白抑制元件(PRE)结合的主要蛋白之一,与GAGA因子结合的序列在PRE功能中具有重要作用。GAGA因子在维持激活(通过其转录激活特性)和维持阻遏(通过与PcG蛋白的交互作用)中发挥关键作用。