国家卫生城市创建活动取得了不少的成效，也出现了一些问题，但目前关于成效问题的阐述仅限于各个散在城市的介绍，缺乏全国宏观数据研究的文献，同时对创建情况缺乏科学的评价体系和机制。

用于评价卫生城市建设的指标不多，综合各种各类文献及书籍，关于卫生城市建设的指标有：群众满意率、健康/卫生知识知晓率、健康行为形成率、14岁以下儿童蛔虫感染率、路灯完好率、道路机械化清扫或高压冲洗率、环卫设施设备完好率、城市生活垃圾和粪便无害化处理率、城市建成区绿化覆盖率、绿地率、人均公共绿地面积、全年API指数< 100的天数占全年天数比例、集中式饮用水源地水质达标率、烟尘控制区覆盖率、城市生活污水集中处理率、区域环境噪声平均值、“五病”调离率、食品量化分级管理率、医疗机构法定传染病漏报率、疫苗安全注射率、流动儿童建证率、疫苗接种率等。

《国家卫生城市标准》和《四川省卫生城市标准》中均把卫生城市建设指标分为10个大类，即：爱国卫生组织管理、健康教育、市容环境卫生、环境保护、公共场所和生活饮用水卫生、食品卫生、传染病防治、病媒生物防制、社区和单位卫生、城中村和城乡结合部卫生。

《国家卫生城市标准》共包括组织管理、健康教育、市容环境卫生、环境保护、公共场所和生活饮水卫生、食品卫生、传染病防治、病媒生物防治、社区和单位卫生和城中村及城乡结合部卫生等10个方面，具有科学合理、内容全面、重点突出、标本兼治等特点，为各级政府开展科学创建卫生城市工作起到了很强的指导作用。但由于卫生城市标准中明确提出的可量化指标很少，对各项指标均没有赋予分值，因而出现了数次调研考核结果无法量化，各卫生城市之间的差别无法显示和比较等问题。

关于国家卫生城市评价指标体系方面的研究不多，比较具代表性的有：周明浩、郦书通等的《德尔菲法在卫生城市建设综合评价指标筛选中的应用》，史祖民、李延平的《卫生城市建设综合评价模型研究》以及李延平、陈晓江等的《卫生城市综合评价方法研究与应用》等，并且大多数国家卫生城市评价的相关研究是国家卫生城市建设与社会、经济发展的探讨，而卫生城市建设综合评价特别是量化评分体系方面的研究屈指可数。虽然2007年四川大学硕士论文中采用德尔菲专家咨询法建立一套适应新时期四川省卫生城市建设工作需要的卫生城市建设评价指标体系，用于评价四川省卫生城市建设的评价。2011年山东大学硕士论文中选取山东省15个国家卫生城市，开展国家卫生城市的绩效评价，比较国家卫生城市标准中的基本指标在创卫前后的变化。但是指标数量较少，代表性不强，面向全国层面的国家卫生城市评价机制尚未建立，无法对全国整个国家卫生城市建设做到全方位多侧面的评价。