肺动脉内膜损伤、血液黏稠度增高、血液流速减缓等原因导致原发于肺动脉的血栓形成，临床诊断时主要需与其他部位血栓流动至肺动脉导致肺动脉栓塞相区别。例如，肺气肿患者由于血液黏稠度增加、血管内皮功能异常及活动减少，容易发生肺动脉原位血栓形成。