引起上呼吸道感染的病原体主要是病毒，其他还有细菌、不典型病原体、立克次体等。上呼吸道感染70%～80%是由病毒感染引起的，仅有20%～30%的上呼吸道感染是由细菌或其他病原体所致。常见的病毒有副流感病毒、鼻病毒、腺病毒、柯萨奇病毒等；细菌感染以甲型溶血性链球菌最为多见，其次为流感嗜血杆菌、肺炎链球菌、葡萄球菌等。