民族始祖的发明：黄帝
梁既自诩为新国民史学的奠基人，如果多偏重外国史例，将会失去听众。况且，湖南时务学堂时代的梁曾宣传晚明抗清之史实，可谓开风气之先，后来由革命阵营将其发扬光大。梁的这一方面虽为乃师康有为所压抑，却一直都潜在。但在革命与改良已经两极分化的情形下，梁的《新民丛报》也开始歌颂岳飞和袁崇焕，只会助长种族革命的气焰。
1902年，章太炎等在日本横滨举行“支那亡国二百四十二年纪念会”，亮出鲜明的反清旗帜。章用公共回忆的方式来重新想象汉族团体，把明清的改朝换代说成是“亡国”，但却把日本称呼中国的“支那”当本国名称，透露出“民族国家”的确是一个外来观念。章在会上颂扬南明抗清志士，并呼吁江浙人士模仿他们。
章在维新派时代曾筹“兴浙会”，呈现同类倾向。在“亡国纪念会”后，留日学生界以省份命名的反清刊物如雨后春笋，如《江苏》《浙江潮》《湖北学生界》等。
1903年初，来自浙江的鲁迅剪掉了象征满族统治的辫子，并拍了一张“断发照”，送给同乡好友许寿裳，相片后提了一首诗，有著名的“我以我血荐轩辕”之句。这句脍炙人口的诗句不会出现在19世纪90年代，乃是20世纪初“黄帝”正成为大红特红的民族偶像的一个征候。此时，各地之汉民族主义者有树立黄帝为共祖之运动。革命党机关报《民报》第一期刊首印有黄帝像，图下说明“世界第一之民族主义大伟人黄帝”。为了把“民族国家”的起源推得比明代更远，上溯至近五千年前的黄帝，他们遂用黄帝纪年来取代光绪纪年和耶稣纪年，它首先由刘师培1903年的《黄帝纪年论》提出，有“师法日本以神武天皇纪年之意”。响应者众，但计算的方式并不统一。于1904年创刊的《黄帝魂》将该年定为黄帝纪元4614年，而《国民报汇编》则把同年推算为4395年，《二十世纪之支那》《民报》《洞庭波》《汉帜》则用同一系统，分别把创刊年1905、1906、1907年改为黄帝纪元4603、4604、4605年。在符号学意义上，清朝两百六十年的“异族统治”遂被五千年的“黄统”所排挤。
反讽之处是：以抗“异族”体现汉民族精神的历史英雄们——赵武灵王、张骞、班超、岳飞、文天祥、袁崇焕、史可法——被供上新建的众神殿之同时，汉族的始祖黄帝却被说成是外来的征服者。刘师培颇得意地说：“……汉族初入中国时，犹之西班牙入美洲也；异族之消灭，犹之南洋岛屿被化于欧人也；异族之迁徙，犹之夷狄人种摒迹北海也。”宋教仁甚至构想写作一部《汉族侵略史》。说来说去，这位“黄帝”是消灭原住民的外来征服者！
一位美国学者指出：当时这股“黄帝热”来得有点突然，因为早几年黄帝还寂寂无闻，因此多半与拉库伯里（Terrien de Lacouperie）的学说之传入日本有关。这位法国学者是泛巴比仑说的提倡者，认为黄帝是两河流域的君主尼科黄特（Nakhunte），他率领巴克（Bak）民族东徙，途经昆仑山，辗转来到中土定居，“巴克”亦即“百姓”，乃汉民族之前身。此说被章太炎、黄节、蒋观云、宋教仁等人采纳，而梁启超、刘师培等人亦因而相信黄帝与中国民族起自昆仑山。至1915年袁世凯政府制定国歌，仍按此说，因此有“华胄从来昆仑巅”的歌词。
拉库伯里以黄帝为中国文明奠基者，当本于《史记·五帝本纪》的帝系，与王夫之所据同。王氏所倡黄帝界定中国“种类”畛域之说，在晚清已成汉民族主义者之共识。革命派的黄节说：“衡阳王氏，当有明鼎革，抱种族之痛，发愤著书，乃取轩辕肇纪，推所自出，以一吾族而统吾国。”改良派的梁启超也以轩辕为本民族肇纪：“黄帝以后，我族滋乳渐多，分布于中原，而其势不相统合……逮嬴秦兴，而中国始统于一。”
但王夫之时代并无人种分黄、白、黑之概念。他建议“述古继天而王者，本轩辕之治，建黄中，拒间气殊类之灾，扶长中夏以尽其材，治道该矣”。这个“黄中”是一种抽象的帝德。应劭《风俗通》卷一“五帝”条下释黄帝曰：“黄者，光也，厚也，中和之色，德施四季，与地同功……”晚清的汉民族主义者，既经现代西方种族主义洗礼，势不免扯上人种关系。蒋观云认为“夫我人种，自移居中国后，固划然自为一种族，然以大种族而言，固为东洋之黄种”。这里既可与大亚洲主义相呼应，又能划清中国这个历史民族的畛域，以别于其他亚洲民族。
此时的中国思想界面对西方总不免有点自卑感，“中国民族西来说”可以补偿这个心理，也有助于黄、白二色人种共同主宰世界之构想。为了迎合当时的达尔文主义“优胜劣败”原理，中国民族必须是外来征服者而不是原住民，有如入主印度的雅利安人、征服英格兰的诺曼人、建立美国的英裔，以及来自东北亚的大和民族。康有为的一段话最能透露此种心理：“我南省原皆猫、猺、狪、獞之地方，今已为我黄帝子孙逼处，猫、猺、狪、獞亦将绝矣”，因此，面临“今白种将遍地球”之局，中国人该力求避免同一命运。
中华帝国历来是一个多民族的世界帝国，在清末强被纳入“民族国家”这件紧身衣。因当时满汉矛盾的环境，汉族中心思想势不免成为此转化之机制。这个偏失，在中华民国成立后曾用“五族共和”的公式去补救。但黄帝崇拜至今犹存，而“中华民族都是黄帝子孙”和“汉族是黄帝子孙”这两个命题是否可以混为一谈，也鲜有引起疑问。