第三章
生物进化研究中的方法论问题

善行无辙迹，善言无瑕谪，善数不用筹策，善闭无开楗而不可开，善结无绳约而不可结。

——老子：《道德经》

生物进化的主要研究内容大体上可分为两部分：其一是研究进化的过程（将进化作为一个历史过程来研究），包括进化的事实和证据、生物界的连续性（系统发生）和不连续性（物种形成和绝灭）、进化的速度和方向（趋势）等；其二是研究进化的机制和原因（将进化作为进行中的过程来研究），遗传、变异以及进化因素（内因与外因）。涉及生物学的各学科领域（例如，遗传学、分类学等），都有其具体的研究途径和方法，这不是我们要讨论的。

生物进化理论是建立在各相关领域知识的综合分析基础之上的，我们要讨论的是如何在综合分析相关知识的同时建立和验证进化理论。我们还要讨论关于某些已经应用的研究方法的争论，因为这些争论多涉及认识或方法论问题。