一、与现有的法律法规及司法解释不配套，导致约定无效或者权利丧失等后果

1999年以来，全国人大、全国人大常委会、国务院、住建部颁布了一系列法律、行政法规、行政规章，而1999版示范文本当时依据的法律法规以及司法解释均系1999年以前的规定，故部分合同条款与现有的法律法规以及司法解释不配套，导致约定违反法律规定，约定无效或者不受法律保护，不发生承发包双方当事人预期的效果。

如：第33.4款约定，发包人收到竣工结算报告及结算资料后28天内不支付工程竣工结算价款，承包人可以催告发包人支付结算价款。发包人在收到竣工结算报告及结算资料后56天内仍不支付的，承包人可以与发包人协议将该工程折价，也可以由承包人申请人民法院将该工程依法拍卖，承包人就该工程折价或者拍卖的价款优先受偿。

该约定实际上系根据1999年10月1日开始施行的《合同法》第286条建设工程价款优先受偿权规定而作出的约定。但是，2002年6月11日由最高人民法院审判委员会第1225次会议通过，自2002年6月27日起施行的法释〔2002〕16号《最高人民法院关于建设工程价款优先受偿权问题的批复》规定：“四、建设工程承包人行使优先权的期限为六个月，自建设工程竣工之日或者建设工程合同约定的竣工之日起计算。”而第33.4款并未约定必须在建设工程竣工之日或者建设工程合同约定的竣工之日起六个月内行使工程价款优先受偿权，而是约定了发包人在收到竣工结算报告及结算资料后56天内仍不支付的，可以行使优先受偿权。行使优先受偿权的最后期限并没有约定，似乎只要发包人在收到竣工结算报告及结算资料后56天内仍不支付的，从该日起，不管多长期限，均可以行使优先受偿权。显然，该约定与前述司法解释之规定相悖，如果发包人根据本款约定主张优先受偿权时已经超过了建设工程竣工之日或者建设工程合同约定的竣工之日起六个月的，则其优先受偿权的主张将得不到法院或者仲裁委的保护。