教会的衰败
文艺复兴始于意大利绝非偶然。1453年，君士坦丁堡败给了穆罕默德二世统治下的土耳其，拜占庭的珍宝和手工艺品大量流入西方。其中最为重要的珍宝就是整个古希腊手稿的库藏。单是地理位置就决定了意大利学者是西欧最早对这批藏品进行考察的学者，他们点燃了人们长期沉寂的对希腊艺术、文学和建筑的兴趣，但意大利对分裂的拜占庭王国的接近，既是福祉也是诅咒。艺术得到了巨大的发展，尤以雕塑和绘画为甚，教会在这些方面给予那些富有创造力的天才巨大的空间。不幸的是，在科学方面，宗教教条严酷之手束缚了严谨科学探索的发展。在这一章中出现过的所有名人中，仅有一位一生中大多数时间都是在阿尔卑斯山南部地区度过的，他就是伽利略·伽利雷。伽利略1564年出生于佛罗伦萨，即教会和科学发生冲突的焦点地区。
伽利略的父亲文森罗·伽利雷是一个没落托斯卡纳贵族家庭的子弟。正如现在的许多家长一样，文森罗认为家族重返贵族阶层的最好出路就是儿子从事医生职业。文森罗·伽利雷自己就是一名出色的数学家，他发现了儿子在数字方面的才能，于是揣测，如果儿子发现了数学之美，那么他一定会放弃从医。文森罗的推测是对的。当伽利略在当地一名公爵的庭院里意外地听到了一场为其他学生讲授的数学课后，他就被数学之美深深地吸引了。
他最终在比萨谋到了一份薪水很低的数学相关工作。他在比萨斜塔上做的自由落体试验也开始吸引人们的注意。通过这个试验，他证明了亚里士多德关于物体下落速度同物体质量成正比的理论是错误的。伽利略不是一个容易忍受愚昧的人，他因为批评了科西莫·德·梅第奇家族一位私生子所设计的港口清扫机而惹恼了公爵，于是不得不返回佛罗伦萨老家。
很快，他在帕多瓦一所大学得到了一个数学相关职位。当时，该大学处于威尼斯人的掌管之下。他在那里得到了事业发展，给大量的听众讲课，并进行发明创造。在他所发明的众多物品中，较为著名的就是第一个密封球体温度计。
1608年，一名荷兰光学仪器制造商约翰尼斯·利珀希（Johannes Lippershey）发明了一架简陋的天文望远镜，并在荷兰申请了专利。第二年，这一发明的有关信息传到了意大利。在对光学原理思考了几个小时以后，伽利略就设计出了属于自己的望远镜。他不断地对望远镜进行改进，在他32岁的时候，他的望远镜实现了32倍放大，远远强于荷兰人的装置。伽利略制造了几百架这样的望远镜，并把它们卖到欧洲各地。但是，谁也不会想到因为那些从望远镜中看到的东西，伽利略几乎献出了自己的生命。
天文望远镜给世界带来了激动人心的影响。天文学家可以将银河划分为一个个独立的星星，他们发现了月球上有山脉，并发现了月光是太阳光在地球上反射的结果。从天文望远镜中人们可以看出行星是球形的，但是无论放大多少倍，星星看起来依然是闪烁不定的亮点。通过天文望远镜，人们发现了许多“新的”星星，光在（金牛座）昴宿星团（Pleiades）就达40多颗，而在这之前人们在该星团所发现的星星只有7颗。人们经过观察还发现太阳上有黑子，土星有“三重结构”，而随后一名叫做克里斯蒂安·惠更斯（Christian Huygens）的杰出天文学家和数学家发现土星是环状结构的。
上述发现的重要性与伽利略对木星拥有卫星这一发现相比就相形见绌了。与伽利略同时期的任何人通过伽利略天文望远镜都能发现，这些新的天体围绕另一个天体运行，这与托勒密的宇宙学说直接相悖。更为可怕的是，金星的相位与托勒密模型所预测的完全不同。行星存在规律性的运动，这一发现使人们萌生了一个想法，即行星或许能够以某种方式被用做极度精确的“天文钟”，并解决当时航海上最大的难题，即对经度的计算。
尽管帕多瓦大学为伽利略提供了丰厚的报酬以挽留他，但是佛罗伦萨的赞助人也想吸引他回到家乡。新发现的木星的卫星被重新命名为“梅第奇星”（Medi-cean Stars）。但是，伽利略回到佛罗伦萨是一个可怕的错误。
1605年，伽利略在帕多瓦任职期间，教皇保罗五世同长期脱离教会权威的威尼斯之间发生了一场重大的宗教冲突，双方互相对立起来。冲突的起因是很小的事情，即两名威尼斯的牧师以企图诱骗和故意伤害罪被起诉。威尼斯方面希望由民事法庭来审判该案，但是教皇坚持只有教会才有权审判神职人员。由于这两名神职人员没有被移交到罗马教廷，教皇发布了一项“禁令”，事实上这一禁令将整个共和国都逐出了教会。威尼斯方面拒绝服从罗马教廷的要求，对上述禁令最直接的反抗就是牧师们继续庆祝弥撒。
共和国把主教逼到了绝境。上帝之手并没有击倒这个“最平静的共和国”，它的大无畏反而证明了罗马教廷在世界范围内神学上的无能为力。最终，主教做出了让步。由于帕多瓦处于威尼斯的保护之下，帕多瓦的大学就具有了世界上最自由的学术环境。相反，佛罗伦萨的统治者梅第奇家族的财富和权利的多少与罗马教廷对它的支持程度相关，梅第奇家族对此也非常了解。因此，与帕多瓦相比，梅第奇能够为伽利略提供的保护要少得多。
为了掩盖与《圣经》的冲突，哥白尼声称自己的学说是一种假设，而伽利略却坦率地向教会教条提出了挑战。冲突是难以避免的，导火索被点燃了，伽利略冲动的个性无疑使之燃烧得更为猛烈。
尽管伽利略勇敢迎战，但他在这一斗争过程中的表现却显得过于天真了。在写给大公夫人克莉斯蒂娜资助人科西莫·德·梅第奇的母亲的一封信中，伽利略带着对科学研究的激情辩论道，哥白尼体系实际上与《圣经》是一致的。但是教会当局并没有善待支持日心说的伽利略，相反，被一名傲慢的新人教导该如何解读《圣经》更令他们感到恼怒。在1615年年初，罗马教廷把伽利略召唤到了罗马，并将其送入宗教裁判所。
最初，伽利略的处境还不是很糟糕。检举人是罗伯特·贝拉名，他是最有影响力的红衣教团成员，也是伽利略的朋友。一开始检察官们并没有直接处罚伽利略，由于哥白尼《天体运行论》中的内容仅仅是“理论上的”，因此检察官们只是简单地中止了它的讲授。检察官们命令伽利略不要“支持、讲授或为这些违禁教条辩护”。伽利略很乐意地服从了他们的命令，作为交换条件，贝拉名为伽利略提供一份证明，表明裁判所没有对他进行任何形式的责难和惩罚。
当伽利略确认自己已经躲过了这场劫难后，他回到了佛罗伦萨并在之后的7年中保持了沉默。1624年，当红衣教团中对伽利略最有力的支持者马菲奥·巴贝里尼（Maffeo Barberini）被选为罗马教皇后，伽利略带着胜利的喜悦回到了罗马。当时教会权力最大的教皇，即现在所说的乌尔班八世以及不少于6名新教皇的拥护者盛情款待了伽利略。在每个场合，伽利略都努力为1615年的禁令翻案，而乌尔班每次都拒绝他的请求。
伽利略对此百思不得其解，他没有领略乌尔班的暗示。在1624年拜访罗马后的几年中，伽利略都确信教皇实际上是支持自己撤销禁令的。实际上，是朋友的善意使他心存幻想。1630年，一位叫做托马索·康帕内拉的修道士给伽利略写信说，教皇曾经表达过对那次禁令的不满。这更加坚定了伽利略的想法，他坚信自己是正确的。他开始写作《关于托勒密和哥白尼两大世界体系的对话》（Dialogo dei due massimi sistemi del mondo）。
这一著作中包含三个角色。第一个角色名叫萨尔维阿蒂，是一名有耐心且有条理的教师，代表伽利略本人；第二个角色名叫萨格列多，是一个聪明且富有同情心的朋友和知己；第三个角色名叫辛普利西奥，是一名有点傻气的学者。从表面上来看，辛普利西奥这一名字来源于一名亚里士多德的解说者，实际上一语双关的意味非常明显。为了扩大影响力，该书用意大利语写作而不是拉丁语，并旗帜鲜明地指出了托勒密宇宙学说的错误之处：使用新发明的天文望远镜，金星的相位对所有人都是可见的。更糟糕的是，一些流言称伽利略书中的辛普利西奥不是别人，正是主教本人。
1632年1月，《关于托勒密和哥白尼两大世界体系的对话》一经出版立即引起激烈的反响。同年8月，教会就禁止该书出售，10月，伽利略再次面临宗教裁判所的审判。以年老体弱多病为借口，他1633年2月才到达罗马，并往返于宗教裁判所的居民“公寓”和朋友的住所之间。在这期间，这位年老的天文学家受到了酷刑折磨。6月，当他最终出现在法庭上时，他声称自己从未真正相信过日心说，他公开表示放弃对该学说的支持。最终他被判决为“强烈的异教徒嫌疑犯”（罪名仅次于异教徒，异教徒将被处以火刑），并签署一份无关痛痒的忏悔书。传说当伽利略从锡耶纳的忏悔室中被释放出来以后，他大声喊了一句：“它仍旧是转动的啊！”但伽利略的这一宣言在130年后才有人提出，所以这个传说很可能是捏造的。
教会的胜利是一种惨胜。伽利略表面上输了，可是实际上赢了。在与威尼斯早期的较量中，教会神学力量的没落已经初现端倪，而在与伽利略的这场战役中，教会教条的核心缺乏理性思维应有的诚实。在这场致命的冲突中，教会丧失了大部分的公信力，它再也无力阻挡那些有意义的科学的发展。伽利略的这场战役为人类发展扫清了障碍。
尽管伽利略晚年双目失明，但是他坚持工作到1642年去世之时（就是在这一年牛顿出生了）。伽利略的成就是惊人的，但是也存在一些不足之处。他拒绝接受开普勒关于椭圆轨道的理论，支持哥白尼完美正圆轨道附加本轮的理论。在对重力本质的构思方面，他没有实现学术上的突破，只是朦胧地意识到，某种强大力量的存在将地球保持在绕日轨道上，同样的力量将月球约束在地球周围以及将木星的卫星约束在木星周围。像布拉赫一样，伽利略的过人之处也在于他的观察能力和创造能力。最终，在伽利略伟大实践和观测成果的基础上，加之牛顿那无与伦比的天赋，宇宙运动的终极秘密才得以揭开。